Physical mechanisms of interaction of actinocin derivatives with DNA. 8. Computer modeling of structure and hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains
Keywords:
Actinocin derivatives, quantum-chemical calculations, hydration, Monte Carlo simulation
Abstract
For the first time the equilibrium molecular structures and atomic charges of new synthesized actinocin derivatives have been determined by quantum-chemical calculations. Computer simulation of hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains has been carried out with help of Monte Carlo method. The results of computer modeling allow us to estimate the hydration properties of investigated compounds on the molecular level and to compare them with experimental data of investigation the hydration of actinocin derivatives.
Downloads
Download data is not yet available.
References
1. Schneider B., Cohen D., Berman H.M. // Biopolymers. 1992. V.32, P.725-750.
2. Малеев В Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В. А. // Биофизика 1993. Т. 38. № 5. С. 768-790.
3. Semenov M.A.. Bereznvak E.G. //J.Comments on Mol. Cell. Biophys. 2000. V.1, N l, P.1-23.
4. Semenov MA., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. // Journal Mol.Struct., 1997 V.408/409. P.213-217.
5. Shui X., Sines C.C., McFail-Isom L., Van Derveer D., Williams L.D. // Biochemistry. 1998. V 37 P 16877-16887
6. Гасан А.И., Вирник К.М., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. // Биофизика. 2002. Т.47 № 3. С 420-426
7. Vossen K.M., Wolz R., Daughertv M.A., Fried M.G. //Biochemistry. 1997. V.36. P. l1640-11647.
8. Wenner J.R., Bloomfield V.A. // J.Biomol.Struct.Dvn. 1999. V.17. P461-471.
9. Shien H.S., Berman H.M., Dabrow M., Neidle S. // Nucl.Acids Res. 1980. V.8. N I. P.85-97
10. Takusagawa F.T., Carlson R.G., Weaver R.F. // Bioorg.Med.Chem.1997 V.5, P. 1197-1203.
11. Balendiran K., Rao S.T...Sekharudu C.Y, ZonG., Sundaralmgam M. // Acta crxstallogr. sect.D. 1995. V.51 Nl.P 190-200.
12. Resat H., Mezei M. // Biophys.J. 1996. V.71. N3. P 1179-1190.
13. Qu X., Chaires J.B. // J.Amer.Chem.Soc. 2001 V. 123.N 1. P. 1-7
14. Березняк Е.Г., Зинченко Н.А. и др.// Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9,2001 (2), Р. 40-44
15. Круглова Е. Б и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вил. 10, 2002 (1), Р.21 -29
16. Сагайдакова Н. и др. // Вісник ХДУ. №497, Біофізичний вісник, вип.7. 2000 (2), Р.16-23.
17. Духопельников Е В. и др // Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9, 2001 (2), Р 33-39
18. Больбух Т В. и др. // Вісник ХДУ. № 560, Біофізичний вісник. вип. 10,2002 (1), Р 30-35.
19. Круглова Е.Б. и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вип. 10, 2002 (1), Р. 12-20
20. Schmidt M W., Baldridge K.K., Boatz J.A. and oth. // J.Comput.Chem 1993 V. 14 P 1347-1363
21. Granovsky Alex A., www http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index html
22. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка. 1991. Т.7. № 5. С. 5-14.
23. Шестопалова А.В., Анищенко Д.Б.,Малеев В Я. // Вісн. ХДУ, № 450, Біофізичн. вісн., вип 4. 1999. с. 17-22.
2. Малеев В Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В. А. // Биофизика 1993. Т. 38. № 5. С. 768-790.
3. Semenov M.A.. Bereznvak E.G. //J.Comments on Mol. Cell. Biophys. 2000. V.1, N l, P.1-23.
4. Semenov MA., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. // Journal Mol.Struct., 1997 V.408/409. P.213-217.
5. Shui X., Sines C.C., McFail-Isom L., Van Derveer D., Williams L.D. // Biochemistry. 1998. V 37 P 16877-16887
6. Гасан А.И., Вирник К.М., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. // Биофизика. 2002. Т.47 № 3. С 420-426
7. Vossen K.M., Wolz R., Daughertv M.A., Fried M.G. //Biochemistry. 1997. V.36. P. l1640-11647.
8. Wenner J.R., Bloomfield V.A. // J.Biomol.Struct.Dvn. 1999. V.17. P461-471.
9. Shien H.S., Berman H.M., Dabrow M., Neidle S. // Nucl.Acids Res. 1980. V.8. N I. P.85-97
10. Takusagawa F.T., Carlson R.G., Weaver R.F. // Bioorg.Med.Chem.1997 V.5, P. 1197-1203.
11. Balendiran K., Rao S.T...Sekharudu C.Y, ZonG., Sundaralmgam M. // Acta crxstallogr. sect.D. 1995. V.51 Nl.P 190-200.
12. Resat H., Mezei M. // Biophys.J. 1996. V.71. N3. P 1179-1190.
13. Qu X., Chaires J.B. // J.Amer.Chem.Soc. 2001 V. 123.N 1. P. 1-7
14. Березняк Е.Г., Зинченко Н.А. и др.// Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9,2001 (2), Р. 40-44
15. Круглова Е. Б и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вил. 10, 2002 (1), Р.21 -29
16. Сагайдакова Н. и др. // Вісник ХДУ. №497, Біофізичний вісник, вип.7. 2000 (2), Р.16-23.
17. Духопельников Е В. и др // Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9, 2001 (2), Р 33-39
18. Больбух Т В. и др. // Вісник ХДУ. № 560, Біофізичний вісник. вип. 10,2002 (1), Р 30-35.
19. Круглова Е.Б. и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вип. 10, 2002 (1), Р. 12-20
20. Schmidt M W., Baldridge K.K., Boatz J.A. and oth. // J.Comput.Chem 1993 V. 14 P 1347-1363
21. Granovsky Alex A., www http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index html
22. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка. 1991. Т.7. № 5. С. 5-14.
23. Шестопалова А.В., Анищенко Д.Б.,Малеев В Я. // Вісн. ХДУ, № 450, Біофізичн. вісн., вип 4. 1999. с. 17-22.
Published
2002-06-05
Cited
How to Cite
Anischenko, D., Bereznyak, E., Shestopalova, A., & Maleev, V. (2002). Physical mechanisms of interaction of actinocin derivatives with DNA. 8. Computer modeling of structure and hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains. Biophysical Bulletin, 2(11), 25-29. Retrieved from https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/18491
Section
Molecular biophysics
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
- Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
