Фізичні механізми взаємодії похідних актиноцину із ДНК. 8. Моделювання структури та гідратації похідних актиноцину з різною довжиною аміноалкільних ланцюжків.
Ключові слова:
Похідні актиноцину, квантово-хімічні розрахунки, гідратація, моделювання методом Монте Карло
Анотація
Вперше за допомогою квантово-хімічних розрахунків визначено рівноважні молекулярні структури та заряди на атомах новосинтезованих похідних актиноцину. Методом Монте Карло виконано комп'ютерне моделювання гідратації похідних актиноцину з різною довжиною аміноалкільних ланцюжків. Результати моделювання дозволяють оцінити гідратні властивості досліджуваних сполук на молекулярному рівні та порівняти результати розрахунків з наявними даними експериментальних досліджень гідратації похідних актиноцину.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Schneider B., Cohen D., Berman H.M. // Biopolymers. 1992. V.32, P.725-750.
2. Малеев В Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В. А. // Биофизика 1993. Т. 38. № 5. С. 768-790.
3. Semenov M.A.. Bereznvak E.G. //J.Comments on Mol. Cell. Biophys. 2000. V.1, N l, P.1-23.
4. Semenov MA., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. // Journal Mol.Struct., 1997 V.408/409. P.213-217.
5. Shui X., Sines C.C., McFail-Isom L., Van Derveer D., Williams L.D. // Biochemistry. 1998. V 37 P 16877-16887
6. Гасан А.И., Вирник К.М., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. // Биофизика. 2002. Т.47 № 3. С 420-426
7. Vossen K.M., Wolz R., Daughertv M.A., Fried M.G. //Biochemistry. 1997. V.36. P. l1640-11647.
8. Wenner J.R., Bloomfield V.A. // J.Biomol.Struct.Dvn. 1999. V.17. P461-471.
9. Shien H.S., Berman H.M., Dabrow M., Neidle S. // Nucl.Acids Res. 1980. V.8. N I. P.85-97
10. Takusagawa F.T., Carlson R.G., Weaver R.F. // Bioorg.Med.Chem.1997 V.5, P. 1197-1203.
11. Balendiran K., Rao S.T...Sekharudu C.Y, ZonG., Sundaralmgam M. // Acta crxstallogr. sect.D. 1995. V.51 Nl.P 190-200.
12. Resat H., Mezei M. // Biophys.J. 1996. V.71. N3. P 1179-1190.
13. Qu X., Chaires J.B. // J.Amer.Chem.Soc. 2001 V. 123.N 1. P. 1-7
14. Березняк Е.Г., Зинченко Н.А. и др.// Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9,2001 (2), Р. 40-44
15. Круглова Е. Б и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вил. 10, 2002 (1), Р.21 -29
16. Сагайдакова Н. и др. // Вісник ХДУ. №497, Біофізичний вісник, вип.7. 2000 (2), Р.16-23.
17. Духопельников Е В. и др // Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9, 2001 (2), Р 33-39
18. Больбух Т В. и др. // Вісник ХДУ. № 560, Біофізичний вісник. вип. 10,2002 (1), Р 30-35.
19. Круглова Е.Б. и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вип. 10, 2002 (1), Р. 12-20
20. Schmidt M W., Baldridge K.K., Boatz J.A. and oth. // J.Comput.Chem 1993 V. 14 P 1347-1363
21. Granovsky Alex A., www http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index html
22. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка. 1991. Т.7. № 5. С. 5-14.
23. Шестопалова А.В., Анищенко Д.Б.,Малеев В Я. // Вісн. ХДУ, № 450, Біофізичн. вісн., вип 4. 1999. с. 17-22.
2. Малеев В Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В. А. // Биофизика 1993. Т. 38. № 5. С. 768-790.
3. Semenov M.A.. Bereznvak E.G. //J.Comments on Mol. Cell. Biophys. 2000. V.1, N l, P.1-23.
4. Semenov MA., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. // Journal Mol.Struct., 1997 V.408/409. P.213-217.
5. Shui X., Sines C.C., McFail-Isom L., Van Derveer D., Williams L.D. // Biochemistry. 1998. V 37 P 16877-16887
6. Гасан А.И., Вирник К.М., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. // Биофизика. 2002. Т.47 № 3. С 420-426
7. Vossen K.M., Wolz R., Daughertv M.A., Fried M.G. //Biochemistry. 1997. V.36. P. l1640-11647.
8. Wenner J.R., Bloomfield V.A. // J.Biomol.Struct.Dvn. 1999. V.17. P461-471.
9. Shien H.S., Berman H.M., Dabrow M., Neidle S. // Nucl.Acids Res. 1980. V.8. N I. P.85-97
10. Takusagawa F.T., Carlson R.G., Weaver R.F. // Bioorg.Med.Chem.1997 V.5, P. 1197-1203.
11. Balendiran K., Rao S.T...Sekharudu C.Y, ZonG., Sundaralmgam M. // Acta crxstallogr. sect.D. 1995. V.51 Nl.P 190-200.
12. Resat H., Mezei M. // Biophys.J. 1996. V.71. N3. P 1179-1190.
13. Qu X., Chaires J.B. // J.Amer.Chem.Soc. 2001 V. 123.N 1. P. 1-7
14. Березняк Е.Г., Зинченко Н.А. и др.// Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9,2001 (2), Р. 40-44
15. Круглова Е. Б и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вил. 10, 2002 (1), Р.21 -29
16. Сагайдакова Н. и др. // Вісник ХДУ. №497, Біофізичний вісник, вип.7. 2000 (2), Р.16-23.
17. Духопельников Е В. и др // Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9, 2001 (2), Р 33-39
18. Больбух Т В. и др. // Вісник ХДУ. № 560, Біофізичний вісник. вип. 10,2002 (1), Р 30-35.
19. Круглова Е.Б. и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вип. 10, 2002 (1), Р. 12-20
20. Schmidt M W., Baldridge K.K., Boatz J.A. and oth. // J.Comput.Chem 1993 V. 14 P 1347-1363
21. Granovsky Alex A., www http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index html
22. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка. 1991. Т.7. № 5. С. 5-14.
23. Шестопалова А.В., Анищенко Д.Б.,Малеев В Я. // Вісн. ХДУ, № 450, Біофізичн. вісн., вип 4. 1999. с. 17-22.
Опубліковано
2002-06-05
Цитовано
Як цитувати
Аніщенко, Д., Березняк, Є., А.В. Шестопалова, А., & Малєєв, В. (2002). Фізичні механізми взаємодії похідних актиноцину із ДНК. 8. Моделювання структури та гідратації похідних актиноцину з різною довжиною аміноалкільних ланцюжків. Біофізичний вісник, 2(11), 25-29. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/18491
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
