Physical mechanisms of interaction of actinocin derivatives with DNA. 8. Computer modeling of structure and hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains

  • D.B.Anischenko V.N. Karazin Kharkov National University
  • E.G.Bereznyak Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine
  • A.V.Shestopalova Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine
  • V.Ya.Maleev Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine
Keywords: Actinocin derivatives, quantum-chemical calculations, hydration, Monte Carlo simulation

Abstract

For the first time the equilibrium molecular structures and atomic charges of new synthesized actinocin derivatives have been determined by quantum-chemical calculations. Computer simulation of hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains has been carried out with help of Monte Carlo method. The results of computer modeling allow us to estimate the hydration properties of investigated compounds on the molecular level and to compare them with experimental data of investigation the hydration of actinocin derivatives.

Downloads

Download data is not yet available.

Author Biographies

D.B.Anischenko, V.N. Karazin Kharkov National University

4 Svobody Sq.,61077, Kharkov, Ukraine

E.G.Bereznyak, Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine

12 Ak.Proskura str., 61085, Kharkov, Ukraine

A.V.Shestopalova, Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine

12 Ak.Proskura str., 61085, Kharkov, Ukraine

V.Ya.Maleev, Institute for Radiophysics and Electronics NAS of Ukraine

12 Ak.Proskura str., 61085, Kharkov, Ukraine

References

1. Schneider B., Cohen D., Berman H.M. // Biopolymers. 1992. V.32, P.725-750.


2. Малеев В Я., Семенов М.А., Гасан А.И., Кашпур В. А. // Биофизика 1993. Т. 38. № 5. С. 768-790.

3. Semenov M.A.. Bereznvak E.G. //J.Comments on Mol. Cell. Biophys. 2000. V.1, N l, P.1-23.

4. Semenov MA., Bolbukh T.V., Maleev V.Ya. // Journal Mol.Struct., 1997 V.408/409. P.213-217.

5. Shui X., Sines C.C., McFail-Isom L., Van Derveer D., Williams L.D. // Biochemistry. 1998. V 37 P 16877-16887

6. Гасан А.И., Вирник К.М., Шестопалова А.В., Малеев В.Я. // Биофизика. 2002. Т.47 № 3. С 420-426

7. Vossen K.M., Wolz R., Daughertv M.A., Fried M.G. //Biochemistry. 1997. V.36. P. l1640-11647.

8. Wenner J.R., Bloomfield V.A. // J.Biomol.Struct.Dvn. 1999. V.17. P461-471.

9. Shien H.S., Berman H.M., Dabrow M., Neidle S. // Nucl.Acids Res. 1980. V.8. N I. P.85-97

10. Takusagawa F.T., Carlson R.G., Weaver R.F. // Bioorg.Med.Chem.1997 V.5, P. 1197-1203.

11. Balendiran K., Rao S.T...Sekharudu C.Y, ZonG., Sundaralmgam M. // Acta crxstallogr. sect.D. 1995. V.51 Nl.P 190-200.

12. Resat H., Mezei M. // Biophys.J. 1996. V.71. N3. P 1179-1190.

13. Qu X., Chaires J.B. // J.Amer.Chem.Soc. 2001 V. 123.N 1. P. 1-7

14. Березняк Е.Г., Зинченко Н.А. и др.// Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9,2001 (2), Р. 40-44

15. Круглова Е. Б и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вил. 10, 2002 (1), Р.21 -29

16. Сагайдакова Н. и др. // Вісник ХДУ. №497, Біофізичний вісник, вип.7. 2000 (2), Р.16-23.

17. Духопельников Е В. и др // Вісник ХДУ, № 528, Біофізичний вісник, вип. 9, 2001 (2), Р 33-39

18. Больбух Т В. и др. // Вісник ХДУ. № 560, Біофізичний вісник. вип. 10,2002 (1), Р 30-35.

19. Круглова Е.Б. и др. // Вісник ХДУ, № 560, Біофізичний вісник, вип. 10, 2002 (1), Р. 12-20

20. Schmidt M W., Baldridge K.K., Boatz J.A. and oth. // J.Comput.Chem 1993 V. 14 P 1347-1363

21. Granovsky Alex A., www http://classic.chem.msu. su/gran/gamess/index html

22. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка. 1991. Т.7. № 5. С. 5-14.

23. Шестопалова А.В., Анищенко Д.Б.,Малеев В Я. // Вісн. ХДУ, № 450, Біофізичн. вісн., вип 4. 1999. с. 17-22.
Published
2002-06-05
Cited
How to Cite
Anischenko, D., Bereznyak, E., Shestopalova, A., & Maleev, V. (2002). Physical mechanisms of interaction of actinocin derivatives with DNA. 8. Computer modeling of structure and hydration of actinocin derivatives with different length of aminoalkyl chains. Biophysical Bulletin, 2(11), 25-29. Retrieved from https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/18491

Most read articles by the same author(s)