Дослідження взаємодії між ціаніновими барвниками та ДНК методом молекулярного докінгу

  • Ольга Житняківська Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0002-2068-5823
  • Уляна Тарабара вський національний університет імені В.Н. Каразіна, Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0002-7677-0779
  • Пилип Кузнєцов Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Кафедра фізики ядра та високих енергій імені О.І. Ахієзера, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0001-8477-1395
  • Катерина Вус Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0003-4738-4016
  • Валерія Трусова Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0002-7087-071X
  • Галина Горбенко Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0002-0954-5053
Ключові слова: ціанінові зонди, ДНК, взаємодії зонд-ДНК, молекулярний докінг

Анотація

Серед різноманітних флуоресцентних зондів, які в даний час використовуються для біомедичних і біохімічних досліджень, значну увагу привертають ціанінові барвники, що характеризуються суттєвими переваги при комплексоутворенні з біомолекулами, зокрема нуклеїновими кислотами. Враховуючи широкий спектр застосувань ціанінів при дослідженні ДНК, краще розуміння їх моди зв’язування та міжмолекулярних взаємодій, що регулюють утворення комплексу барвник-ДНК, сприяло б синтезу нових молекулярних зондів сімейства ціанінів з оптимізованими властивостями та призвело б до розробки нових стратегії на основі ціанінів для виявлення та характеристики нуклеїнових кислот. У данній роботі за допомогою молекулярного докінгу були досліджено механізми взаємодію одного представника монометинів (AK12-17), трьома триметинами (AK3-1, AK3-3, AK3-5), трьома пентаметинами (AK5-1, AK5-3, AK5-9) та один гептаметиновим (AK7-6) ціаніновими барвниками та додекамером B–DNA d(CGCGAATTCGCG)2 (PDB ID: 1BNA). Результати молекулярного докінгу вказують на те, що: i) усі досліджувані ціаніни (за винятком AK5-9 і AK7-6) утворюють найбільш стабільні комплекси барвник-ДНК із малою борозенкою дволанцюгової ДНК; ii) ціаніни AK5-9 і AK7-6 взаємодіють з великою борозенкою ДНК на основі їх більш розширеної структури і вищої ліпофільності в порівнянні з іншими барвниками; iii) зв’язування ціанінів регулюється гідрофобною та Ван-дер-Ваальсовою взаємодіями із нуклеотидними залишками C9A, G10A (за винятком AK3-1, AK3-5), A17B (за винятком AK3-5, AK5-3) та A18B у малій борозенці ДНК та залишками великої борозенки С16B, A17B, A18B, C3A, G4A, A5A, A6A (AK5-9 та AK7-6); iv) усі досліджувані барвники (за винятком AK3-1, AK3-5 та AK5-39 мають спорідненість із залишками аденіну та цитозину, тоді як AK3-1, AK3-5 та AK5-3 також взаємодіють із залишками тиміну дволанцюгового ДНК.

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Посилання

C. Shi, J.B. Wu, D. Pan. J. Biomed. Opt. 21(5), 05901 (2022). https://doi.org/10.1117/1.JBO.21.5.050901

O. Cavuslar, and H. Unal, RSC Advances. 5, 22380-22389 (2015). https://doi.org/10.1039/C5RA00236B

M. Bokan, G. Gellerman, L. Patsenker. Dyes Pigm., 171, 107703 (2019). https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2019.107703.

M. Guo, P. Diao, Y.-J. Ren, F. Meng, H. Tian and S.-M. Cai, Sol. Energy Mater. Sol. Cells, 88, 33–35 (2005). https://doi.org/10.1016/j.solmat.2004.10.003.

C. Mu, F. Wu, R. Wang, Z. Huang, et al., Sens Actuators B. Chemical., 338, 29842, (2021). https://doi.org/10.1016/j.snb.2021.129842.

C. Schwechheimer, F. Rönicke, U. Schepers, H.-A. Wagenknecht, Chem Sci., 9, 6557-6563, (2018). https://doi.org/10.1039/C8SC01574K.

C. Sun, W. Du, B. Wang, B. Dong, B. Wang. BMC Chemistry, 14, 21, (2020). https://doi.org/10.1186/s13065-020-00677-3.

M.G. Honig, R.I. Hume, Trends Neurosci., 12, 333-341, (1989). https://doi.org/10.1016/0166-2236(89)90040-4.

K.A. Mesce, K.A. Klukas, T.C. Brelje, Cell Tissue Res., 271, 381-397, (1993). https://doi.org/10.1007/BF02913721.

Z. Wang, X. Yue, Y. Wang, C. Qian, et al., Adv. Healthc. Mater., 3, 1326-1333, (2014). https://doi.org/10.1002/adhm.201400088.

C. Zhang, X. Tan, T. Liu, D. Liu, L. Zhang, et al., Cell Transplantation, 20, 741-751, (2011). https://doi.org/10.3727/096368910X536536.

D. Oushiki, H. Kojima, T. Terai, M. Arita, et al., J. Am. Chem. Soc., 132 (8), 2795-2801, (2010). https://doi.org/10.1021/ja910090v.

K. Yin, F. Yu, W. Zhang, L. Chen, Biosens. Bioelectron., 74, 156-164, (2015). https://doi.org/10.1016/j.bios.2015.06.039.

X. Lin, Y. Hu, D. Yang, B. Chen, Dyes Pigm., 174, 107956 (2020). https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2019.107956.

P. Zou, S. Xu, S. P. Povoski, A. Wang, et al., Mol. Pharmaceutics, 6 (2), 428-440 (2009). https://doi.org/10.1021/mp9000052.

A. Haque, M.S.H. Faizi, J.A. Rather, M.S. Khan, Bioorg. Med. Chem. 25 (7), 2017-2034 (2017). https://doi.org/10.1016/j.bmc.2917.02.061.

Y. Wu, F. Zhang, View, 1 (4), 20200068 (2020). https://doi.org/10.1002/VIW.20200068.

J. Atchison, S. Kamila, H. Nesbitt, K. A. Logan, D.N. Nicholas, et al., Chem. Commun., 53, 2009-2012 (2017). https://doi.org/10.1039/C6CC09624G.

X. Yang, J. Bai, Y. Qian, Spectrochim Acta A, 228, 117702 (2020). https://doi.org/10.1016/j.saa.2019.117702.

J. Duy, R. L. Smith, S.D. Collins, L.B. Connell. AJPR, 92, 398-409 (2015). https://doi.org/10.1007/s12230-015-9450-z.

N. Kimura, T. Tamura, M. Murakami, Biotechniques, 38, 797-806 (2005). https://doi.org/10.2144/05385MT02.

O. Zhytniakivska, A. Kurutos, U. Tarabara, K. Vus, V. Trusova, G. Gorbenko, N. Gadjev, and T. Deligeorgiev, J. Mol. Liq. 11, 113287 (2020), https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.113287.

K. Vus, M. Girych, V. Trusova, et al. J. Mol. Liq. 276, 541 (2019). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2018.11.149

M. Levitus, S. Ranjit, Quarterly Reviews of Biophysics, 44(1), 123-151. (2011). https://doi.org/10.1017/S0033583510000247.

K. Vus, U, Tarabara, Z. Balklava, D. Nerukh, et al., J. Mol. Liq. 302, 112569 (2020), https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.112569.

O. Zhytniakivska, M. Girych, V. Trusova, et al., Dyes Pigm., 180, 108446 (2020). https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2020.108446.

M. Bengtsson, H.J. Karlsson G. Westman, M. Kubita, Nucleic Acids Res, 31, e45 (2003). https://doi.org/10.1093/nar/gng045.

A. Kurutos, O. Ryzhova, V. Trusova, U. Tarabara, et al. Dyes Pigm., 130, 122-128 (2016). https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2016.03.021.

X. Yan, W. Grace, T. Yoshida, R. Habbersett, N. Velappan, et al., Anal. Chem, 71 (24), 5470-5480 (1999). https://doi.org/10.1021/ac990780y.

B. Armitage, Top. Curr. Chem. 253, 55-76 (2005). https://link.springer.com/chapter/10.1007/b100442.

T. Biver, A. Boggioni, F. Secco, E. Turriani, S. Venturini, S. Yarmoluk. Arch Biochem Biophys., 465, 90-100 (2007). https://doi.org/10.1016/j.abb.2007.04.034.

T. Maximova, R. Moffatt, B. Ma, R. Nussinov, A. Shenu, PLOS Comp. Biol., 12(4): e1004619. (2016). https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004619.

Y. Guo, Q. Yue, B. Gao, Int. J. Biol. Macromol., 49, 55-61 (2011). https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2011.03.009.

A. Mukherjee, B. Singh, J. Lumin. 190, 319-327 (2017). https://doi.org/10.1016/j.jlumin.2017.05.068.

S. Dallakyan, A.J. Olson, Methods Mol. Biol. 1263, 243-250 (2015). https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2269-7_19.

P. Csizmadia, In: Proceedings of ECSOC-3, the third international electronic conference on synthetic organic chemistry, 367-369 (1999). https://doi.org/10.3390/ECSOC-3-01775.

M.D. Hanwell, D.E. Curtis, D.C. Lonie, T. Vandermeersch, E. Zurek, G.R. Hutchison, J. Cheminform. 4, 17 (2012). https://doi.org/10.1186/1758-2946-4-17

A. Kurutos, O. Ryzhova, V. Trusova, U. Tarabara, et al, Dyes Pigments. 130, 122-128 (2016). https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2016.03.021.

A. Kurutos, I. Crnolatac, I. Orehovec, I. Gadjev, I. Piantanida, T. Deligeorgiev, J. Lumin. 174, 70-76 (2016). https://doi.org/10.1016/j.jlumin.2016.01.035.

A. Kurutos, O. Ryzhova, V. Trusova, G. Gorbenko, et al, J. Fluoresc. 26, 177-187 (2016). https://doi.org/10.1007/s10895-015-1700-4.

A. Kurutos, O. Ryzhova, U. Tarabara, V. Trusova, G. Gorbenko, et al, J. Photochem. Photobiol. A. 328, 87-96 (2016). https://doi.org/10.1016/j.jphotochem.2016.05.019.

K. Vus, M. Girych, V. Trusova, et al. J Mol Liq, 276, 541-552 (2019). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2018.11.149.

Опубліковано
2023-06-02
Цитовано
Як цитувати
Житняківська, О., Тарабара, У., Кузнєцов, П., Вус, К., Трусова, В., & Горбенко, Г. (2023). Дослідження взаємодії між ціаніновими барвниками та ДНК методом молекулярного докінгу. Східно-європейський фізичний журнал, (2), 335-340. https://doi.org/10.26565/2312-4334-2023-2-39

Найбільш популярні статті цього автора (авторів)

1 2 > >>