Взаємодія нового фосфонієвого зонду з ліпідними мембранами: Молекулярно-динамічне дослідження

  • Ольга Житняківська Кафедра медичної фізики та біомедичних нанотехнологій, Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, Харків, Україна https://orcid.org/0000-0002-2068-5823
Ключові слова: фосфонієвий барвник, ліпідний бішар, молекулярно-динамічне моделювання

Анотація

У даній роботі з використанням 100-нс молекулярно-динамічного моделювання (MD) у силовому полі CHARMM36m пакету GROMACS досліджено локалізацію в ліпідному бішарі та механізми взаємодії між новим фосфонієвим барвником TDV та модельними ліпідними мембранами, що складались із фосфатидилхоліну. (ФC) та його сумішей з холестерином (Холl) та/або аніонним фосфоліпідом кардіоліпіном (КЛ). При варіюванні початкового положення та орієнтації барвника було виявлено, що однозарядна форма TDV, яка спочатку була розташована на відстані 20 Å від центру бішару, проникає глибше у внутрішню частину мембрани і залишається всередині ліпідного бішару протягом усього часу моделювання. Виявлено, що вбудовування зонду в модельні мембрани супроводжується переорієнтацією молекули TDV з перпендикулярної на паралельну до поверхні мембрани. Результати молекулярно-динамічного дослідження свідчать про те, що розподіл в ліпідну фазу та локалізація однозарядної форми TDV в ліпідному бішарі в значній мірі залежать від складу мембрани. Барвник швидше зв’язується з ФХ-бішаром, у порівнянні з модельними мембранами, що містять КЛ та Хол. Продемонстровано, що у ФХ бішарі та мембранах, що містять КЛ, однозарядна форма TDV локалізується на рівні карбонільних груп ліпідів (на відстані ~ 1.1 нм, 1.2 нм і 1.3 нм від центру бішару для  ФХ, КЛ10 і КЛ20 ліпідних мембран, відповідно), тоді як у бішарах, що містили Хол, зонд розташовується на рівні гліцеринів (~ 1,5 нм та 1,6 нм для  Хол30 та КЛ10/Хол30 ліпідних мембран, відповідно). Виявлено, що взаємодія барвника з ліпідним бішаром не впливає на структурні властивості мембрани.

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Посилання

R.M. Venable, A. Kramer, R.W. Pastor, Chem. Rew. 119, 5954-5997 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.8b00486.

M.L. Berkowitz, Biochim. Biophys. Acta. 1788, 86-96 (2009). https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2008.09.009

M. Pasenkiewicz-Gierula, T. Rog, K. Kitamura, A. Kusumi, Biophys J. 78, 1376-1389 (2000), https://doi.org/10.1016/S0006-3495(01)75867-5.

T. Rog, M. Pasenkiewicz-Gierula, FEBS Letters, 502, 68-71 (2000). https://doi.org/10.1016/S0014-5793(01)02668-0.

L. Heo, M. Feig, PNAS, 115, 13276-13281 (2018). https://doi.org/10.1073/pnas.1811364115.

B. Urbanc, M. Betnel, L. Cruz, G. Bitan, D.B. Teplow, J. Am. Chem. Soc., 132, 4266-4280 (2010). https://doi.org/10.1021/ja9096303.

Z. Qin, M. J. Buehler, Phys. Rev. Lett. 104, 198304 (2010). https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.104.198304.

L. Tran, T. Ha-Duong, Peptides, 69, 86-91 (2015). https://doi.org/10.1016/j.peptides.2015.04.009.

A. D. MacKerell, N. K. Banavali, J. Comp. Chem. 21, 105-120 (2000). https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<105::AID-JCC3>3.0.CO;2-P.

K.E. Furse, S. A. Corcelli, J. Phys. Chem. Lett. 1, 1813-1820 (2010). https://doi.org/10.1021/jz100485e.

A. Noy, A. Perez, F. Lankas, F.J. Luque, M. Orozco. J. Mol. Biol. 343, 627-638 (2004). https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.07.048.

I.-C. Yeh, G. Hummer. Biophys. J. 86, 681-689 (2004). https://doi.org/10.1016/S0006-3495(04)74147-8.

H. Ode, M. Nakashima, S. Kitamura, W. Sugiura, H. Sato, Front. Microbiol. 3, 00258 (2012). https://doi.org/10.3389/fmicb.2012.00258.

J.R. Perilla, J.A. Hadden, B.C. Goh, C.G. Mayne, K. Schulten, J. Phys. Chem. Lett. 7, 1836-1844 (2016). https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.6b00517.

D. Suarez, N. Diaz, J. Chem. Inf. Model. 60, 5815-5831 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00575.

C. M. Quinn, M. Wang, M. P. Fritz, B. Runge, J. Ahn, C. Xu, J.R. Perilla, A. Grohenborn, T. Polenova, PNAS, 115, 11519-11524 (2018). https://doi.org/10.1073/pnas.1800796115.

A. Damjanović, I. Kosztin, U. Kleinekathöfer, K. Schulten. Phys. Rev. E. 65, 031919 (2002). https://doi.org/10.1103/PhysRevE.65.031919.

D. Chandler, J. Strumpfer, M. Sener, S. Scheuring, K. Schulten, Biophys. J. 106, 2503-2510 (2014). https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.04.030.

L. Liang, J.-W. Shen, Q. Wang, Colloids Surf. B 153, 168-173 (2017). https://doi.org/10.1016/j.colsurfb.2017.02.021.

H. Zhao, A. Caflisch, Eur. J. Med. Chem. 91 4-14 (2015). https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2014.08.004.

P.-C. Do, E.H. Lee, L. Le, J. Chem. Inf. Model. 58 1473-1482 (2018). https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00261.

M. Hernandez-Rodriguez, M. C. Rosales-Hernandez, J. E. Mendieta-Wejebe, M. Martinez-Archundia, J. Correa Basurto, Curr. Med. Chem. 23 3909-3924 (2016).

J. Wang, C. Ma, G. Fiorin, V. Carnevale, T. Wang, F. Hu, R. Lamb, et al. J. Am. Chem. Soc. 133, 12834-12841 (2011). https://doi.org/10.1021/ja204969m.

J. Fantini, H. Chahinian, N. Yahi, Int. J. Antimicrob Agents 56, 106020 (2020). https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.106020.

M. Métifiot, K. Maddali, B. Johnson, S. Hare, S. Smith et al. ACS Chem. Biol. 8, 209-217 (2012). https://doi.org/10.1021/cb300471n.

Z. Dolenc, C. Oostenbrink, J. Koller, W. van Gusteren, Nucleic Acids Res. 33, 725-733 (2005). https://doi.org/10.1093/nar/gki195.

T.A. de Oliveira, L.R. Medaglia, E.H. Bechelane Maia, et al. Pharmaceuticals 15, 132 (2022). https://doi.org/10.3390/ph15020132.

A. Hospital, J.R. Goni, M. Orozco, J. L. Gelpi, Adv. Appl. Bioinform. Chem. 8, 37-47 (2015). https://doi.org/10.2147/AABC.S70333.

N. Ahalawat, R.K. Murarka, J. Biomol.Struct. Dyn. 33, 1-13 (2015). https://doi.org/10.1080/07391102.2014.996609.

Y. Fu, J. Zhao, Z. Chen, Comput. Math. Methods Med. 2018, 3502514 (2018). https://doi.org/10.1155/2018/3502514.

K. Goossens, H. De Winter, J. Chem. Inf. Model. 58, 2193-2202 (2018). https://doi.org/10.1021/acs.jcim.8b00639.

J. Loschwitz, O. Olubiyini, J.S. Hub, B. Strodel, H.S. Poojari, PMBTS, 170, 273-403 (2020). https://doi.org/10.1016/bs.pmbts.2020.01.001.

Yi. Wang, D.E. Schalamadinger, J.D. Kim, J.A. McCammon, Biochim. Biophys. Acta, 1818, 1402-1409 (2012). https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2012.02.017.

H. Jang, B. Ma, T.Woolf, R. Nussinov, Biophys. J., 91, 2848-2859 (2006). https://doi.org/10.1529/biophysj.106.084046.

T.J, Yacoub, A.S. Reddy, I. Szleifer, Biophys J. 101, 378-385 (2011). https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.06.015.

A. Kabedev, S. Hossain, M. Hubert, P. Larson, C. Bergstrom, J. Pharm. Sci. 110, 176-185 (2021). https://doi.org/10.1016/j.xphs.2020.10.061.

X. Zheng, D. Wang, W. Xu, S. Cao, Q. Peng, B. Zhong Tang, Mater. Horiz. 6, 2016-2023 (2019). https://doi.org/10.1039/C9MH00906J.

A.M.T.M. do Canto, J.R. Robalo, P.D. Santos, et al., Biochim. Biophys. Acta, 1858, 2647-2661 (2016), https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2016.07.013.

P. S. Orekhov, E. G. Kholina, M. E. Bozdaganyan, A. M. Nesterenko, I.B. Kovalenko, M. G. Strahovskaya, J. Phys. Chem. B 122, 3711-3722 (2018). https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.7b11707.

R.P. Gullapalli, M. Demirel, P.J. Butler, Phys Chem Chem.Phys. 10, 3548-3560 (2008). https://doi.org/10.1039/b716979e.

Y.O. Posokhov, A. Kyrychenko, Biophys. Chem. 235, 9-18 (2018). https://doi.org/10.1016/j.bpc.2018.01.005.

O. Garcia-Beltran, N. Mena, O. Yanez, J. Caballero, V. Vargas, M. Tunes, et al., Eur. J. Med. Chem. 67, 60-63 (2013), https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2013.06.022.

O. Zhytniakivska, East Europian Journal of Physics, 3, 134-140 (2020). https://doi.org/10.26565/2312-4334-2020-3-17.

M.W. Baig, M. Pederzoli, P. Jurkiewicz, L. Cwiklik, J. Pittner, Molecules, 23, 1707 (2018). https://doi.org/10.3390/molecules23071707.

J. Barucha-Kraszewska, S. Kraszewski, P. Jurkiewicz, C. Ramseyer, M. Hof, Biochim. Biophys. Acta, 1798, 1724-1734 (2010). https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2010.05.020.

N. I. Ercan, P. Stroeve, J.W. Tringe, R. Faller, Langmuir 34, 4314-4323 (2018). https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b00372.

S. Jo, T. Kim, V. G. Iyer, W. Im. J. Comp. Chem. 29, 1859-1865 (2008). https://doi.org/10.1002/jcc.20945

.S. Kim, J. Lee, S. Jo, C.L. Brooks, H.S. Lee, W. Im, J. Comp. Chem. 38, 1879-1886 (2017). https://doi.org/10.1002/jcc.24829.

J. Lee, D.S. Patel, J. Ståhle, S-J. Park, N.R. Kern, S. Kim, et al., J. Chem. Theory Comp. 15, 775-786 (2017), https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b01066.

T. Darden, D. Yolk, L. Pedersen, J. Chem. Phys. 98, 10089-10092 (1993). https://doi.org/10.1063/1.464397.

B. Hess, H. Bekker, H.J.C. Berendsen, J.G.E.M. Fraaije, J. Comp. Chem. 18, 1463-1472 (1997). https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(199709)18:12<1463::AID-JCC4>3.0.CO;2-H.

H. Berendsen, J. Postma, W. van Gunsteren, A. DINola, J. Haak, J.Chem. Phys. 81, 3684-3690 (1984). https://doi.org/10.1063/1.448118.

S. Buchoux, FATSLiM/fatslim: FATSLiM v 0.2.1 (2016). http://doi.org/10.5281/zenodo.158942.

G. Gorbenko, V. Trusova, T. Deligeorgiev, N. Gadjev, C. Mizuguchi, H. Saito, J. Mol. Liq. 294 111675 (2019). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2019.111675.

G. Gorbenko, O. Zhytniakivska, K.Vus, U. Tarabara, V. Trusova, Phys. Chem. Chem. Phys. 23, 14746-14754 (2021). https://doi.org/10.1039/D1CP01359A.

O. Zhytniakivska, U. Tarabara, K.Vus, V. Trusova G. Gorbenko, East. Eur. J. Phys. 2, 19-26 (2019). https://doi.org/10.26565/2312-4334-2019-2-03.

O. Zhytniakivska, East Europian Journal of Physics, 4, 107-113 (2021). https://doi.org/10.26565/2312-4334-2021-4-12

S.J. Marrink, H.J.C. Berendsen, J. Phys. Chem. 98, 4155-4168 (1994). https://doi.org/10.1021/j100066a040.

Опубліковано
2022-03-17
Цитовано
Як цитувати
Житняківська, О. (2022). Взаємодія нового фосфонієвого зонду з ліпідними мембранами: Молекулярно-динамічне дослідження. Східно-європейський фізичний журнал, (1), 77-84. https://doi.org/10.26565/2312-4334-2022-1-11

Найбільш популярні статті цього автора (авторів)

1 2 > >>