Изучение молекулярных механизмов взаимодействия кофеина и производных актиноцина с ДНК методом молекулярной динамики. Роль различных факторов при образовании комплекса ДНК-лиганд
Анотація
Методом молекулярной динамики изучены два типа комплексов между фрагментами ДНК и лигандами - кофеином и производными актиноцина. Получены молекулярные модели интеркаляции кофеина и производного актиноцина в GC-сайт дуплекса d(AGCT)2 и их внешнего связывания в малом желобке дуплекса d(GATAC)2. Проанализированы энергетические характеристики изученных систем и изменения первичных гидратных оболочек взаимодействующих компонентов при их комплексообразовании. Показано, что образование комплексов производного актиноцина с ДНК является энергетически и структурно более выгодным, чем комплексов кофеина с ДНК. Установлено, что степень разрушения моногидратного слоя двойной спирали при образовании комплекса ДНК-лиганд определяется способом связывания лиганда, его возможностью образовывать водородные связи с молекулами воды и мало зависит от линейных размеров лиганда.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Lazaridis T. Current Organic Chemistry. 2002;6:1319-32.
Maleev VYa, Semenov MA, Gasan AI, Kashpur VA. Biofizika. 1993;38(5):768-90. (in Russian).
Woda J, Schneider B, Patel K, Mistry K, Berman HM. Biophys J. 1998;75(5):2170-7.
Auffinger P, Westhof E. In: Ross YH, Leslie RB, Lillford PJ, editors. Water management in the design and distribution of quality foods. Basel:Technomic Pulishing Co Inc; 1999. p. 165-198.
Warters RL, Lyons BW, Kennedy K, Li TM. Mutat Res. 1989;6(1):43-55.
Jafari M, Rabbani A. Toxicology. 2000;149(2-3):101-8.
Deplanque G, Vincent F, Mah-Becherel MC, Cazenave JP, Bergerat JP, Klein-Soyer C et al. Cancer. 2000;83(3):346-53.
Stockert JC. Acta Histochem. 1989;87(1):33-42.
Bedher E, Du L, Traganos F, Darzynkiewicz Z. Cytomery. 2001;43(1):38-45.
Veselkov DA, Kodintcev VV, Pakhomov VI, Dymant LN, Devis DB, Veselkov AN. Biofizika. 2000;45(2):193-201. (in Russian).
Wadkins RM, Vladu B, Tung Ch-Sh. Biochemistry. 1998;37:11915-23.
Glibin EN. Synthesis of phenoxazone drugs. In: Veselkov AN, Davies DB, editors. Anti-Cancer drug design. Sevastopol:SEVNTU PRESS;2002. p.23-30.
Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI. J Amer Chem Soc. 1995;117:5179.
Jorgensen WL, Chandrasekhas J, Madura JD, Impey RW, Klein ML. J Chem Phys. 1983;79:926-35.
Naberukhin IuI. Zhurn Struktur Khimii.1984;25:60-7. (In Russian).
Malenkov GG, Tytik DL, Zheligovskaya EA. J Mol Liquids. 1999;82:27-38.
Anishchenko DB, Berezniak EG, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vesnik. 2002;560:36-41. (in Russian).
Schmidt MW, Baldrige KK, Boatz JA. J Comput Chem. 1993;14:1347-63.
Wang J, Wang W, Huo S, Lee M, Kollman PA. J Phys Chem. 2001;105:5055-67.
Bodor N, Gabanyi Z, Wong C. J Am Chem Soc. 1989;111:3783.
Baginski M, Polucci P, Antonini I, Martelli S. J Mol Model. 2002;8:24-32.
Tao NJ, Lindsay SM, Rupprecht A. Biopolymers. 1988;27:1655-71.
Tao NJ, Lindsay SM, Rupprecht A. Biopolymers. 1989;28:1019-30.
Semenov MA, Bereznyak EG. J Comments on Mol Cell Biophys. 2000;1:1-23/
Qu X, Chaires JB. J Am Chem Soc. 1999;121:2649-50.
Qu X, Chaires JB. J Am Chem Soc. 2001;123:1-7.
Maleev VYa, Semenov MA, Gasan AI, Kashpur VA. Biofizika. 1993;38(5):768-90. (in Russian).
Woda J, Schneider B, Patel K, Mistry K, Berman HM. Biophys J. 1998;75(5):2170-7.
Auffinger P, Westhof E. In: Ross YH, Leslie RB, Lillford PJ, editors. Water management in the design and distribution of quality foods. Basel:Technomic Pulishing Co Inc; 1999. p. 165-198.
Warters RL, Lyons BW, Kennedy K, Li TM. Mutat Res. 1989;6(1):43-55.
Jafari M, Rabbani A. Toxicology. 2000;149(2-3):101-8.
Deplanque G, Vincent F, Mah-Becherel MC, Cazenave JP, Bergerat JP, Klein-Soyer C et al. Cancer. 2000;83(3):346-53.
Stockert JC. Acta Histochem. 1989;87(1):33-42.
Bedher E, Du L, Traganos F, Darzynkiewicz Z. Cytomery. 2001;43(1):38-45.
Veselkov DA, Kodintcev VV, Pakhomov VI, Dymant LN, Devis DB, Veselkov AN. Biofizika. 2000;45(2):193-201. (in Russian).
Wadkins RM, Vladu B, Tung Ch-Sh. Biochemistry. 1998;37:11915-23.
Glibin EN. Synthesis of phenoxazone drugs. In: Veselkov AN, Davies DB, editors. Anti-Cancer drug design. Sevastopol:SEVNTU PRESS;2002. p.23-30.
Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI. J Amer Chem Soc. 1995;117:5179.
Jorgensen WL, Chandrasekhas J, Madura JD, Impey RW, Klein ML. J Chem Phys. 1983;79:926-35.
Naberukhin IuI. Zhurn Struktur Khimii.1984;25:60-7. (In Russian).
Malenkov GG, Tytik DL, Zheligovskaya EA. J Mol Liquids. 1999;82:27-38.
Anishchenko DB, Berezniak EG, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vesnik. 2002;560:36-41. (in Russian).
Schmidt MW, Baldrige KK, Boatz JA. J Comput Chem. 1993;14:1347-63.
Wang J, Wang W, Huo S, Lee M, Kollman PA. J Phys Chem. 2001;105:5055-67.
Bodor N, Gabanyi Z, Wong C. J Am Chem Soc. 1989;111:3783.
Baginski M, Polucci P, Antonini I, Martelli S. J Mol Model. 2002;8:24-32.
Tao NJ, Lindsay SM, Rupprecht A. Biopolymers. 1988;27:1655-71.
Tao NJ, Lindsay SM, Rupprecht A. Biopolymers. 1989;28:1019-30.
Semenov MA, Bereznyak EG. J Comments on Mol Cell Biophys. 2000;1:1-23/
Qu X, Chaires JB. J Am Chem Soc. 1999;121:2649-50.
Qu X, Chaires JB. J Am Chem Soc. 2001;123:1-7.
Опубліковано
2018-06-25
Цитовано
Як цитувати
Anischenko, D. B., Shestopalova, A. V., Bereznyak, E. G., & Maleev, V. Y. (2018). Изучение молекулярных механизмов взаимодействия кофеина и производных актиноцина с ДНК методом молекулярной динамики. Роль различных факторов при образовании комплекса ДНК-лиганд. Біофізичний вісник, 1(12), 13-19. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12059
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
