Як отримати нуклеотидні послідовності ДНК з бази даних генетичного банку
Ключові слова:
NCBI, локус, мРНК, нуклеотидні послідовності, інтрони, екзони
Анотація
Запропонований метод вилучення нуклеотидних послідовностей мРНК генів людини з даних
внутрішнього формату генетичного банку Національного центру біотехнологічної інформації США (NCBI [1]). Метод заснований на застосуванні регулярних виразів мови PERL на основі розширених нормальних форм Бэкуса-Науэра. Пропонований в роботі набір регулярних виразів, може бути використаний для аналізу послідовностей інших геномів, представлених у форматі "gbk" (Gene Bank flat format).
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Web-resource: http://www.ncbi.nih.gov/
2. Cochrane G. R., Galperin M. Y. The 2010 Nucleic Acids Research Database Issue and online database collection: a community of data resources // Nucl. Acids Res. – 2010.– V.38.– D1-D4; doi:10.1093/nar/gkp1077.
3. Sayers E. W., Barrett T., Benson D. A. [et al.]. Database resources of the National Center for Biotechnology Information // Nucl. Acids Res. – 2010.– V. 38.– D5-D16; doi:10.1093/nar/gkp967.
4. The NCBI C++ Toolkit [Internet] / edit. Vakatov D., Siyan, K., Ostell J. – Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2004.
5. Gilat A. MATLAB: An Introduction with Applications 2nd Edition. – John Wiley & Sons. ISBN 978-0-471-69420-5.– 2004.
6. MATLAB technical documentation [Access] http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/seqtool.html
7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/SDKDOCS/INDEX.HTML
8. Водолазкий В,Семериков В. Энциклопедия PERL. СПб.: Питер. - 2002.-576С.
9. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens
10. International Human Genome Sequencing Consortium. The NCBI Handbook [Web resource]: Bethesda National Library of Medicine (US), NCBI 2002-2005 / edit. J. McEntyre, J. Ostell . – [Access]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook
11. The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition [Web resource]: Bethesda.– 2007 / International Sequence Databank Collaboration.– [Access]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/collab/FT/index.html#7.4
12. NCBI Help Manual.– Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2005-2009.
13. Компиляторы: принципы, технологии и инструментарий / А. В. Ахо, М. С. Лам, Р. Сети, Д. Д. Ульман. – М.: Вильямс. –2008. –2-е издание. –1184 c.
14. Wain H. M., Bruford E. A., Lovering R. C., Lush M. J., Wright M. W. and Povey S. Guidelines for Human Gene Nomenclature//Genomics.-2002.-№79(4). - Р. 464-470.
15. Пат. 43786 Україна, МПК (2007) G 06 F, 17/21. Спосіб перетворення структури послідовностей генів бази даних / Дуплій Д.Р., Калашніков В.В., Чащин Н.А., заявник та патентовласник Київ. Ін-т Молекулярної Біології и Генетики; Держ.реєстр. від 25.08.09.
2. Cochrane G. R., Galperin M. Y. The 2010 Nucleic Acids Research Database Issue and online database collection: a community of data resources // Nucl. Acids Res. – 2010.– V.38.– D1-D4; doi:10.1093/nar/gkp1077.
3. Sayers E. W., Barrett T., Benson D. A. [et al.]. Database resources of the National Center for Biotechnology Information // Nucl. Acids Res. – 2010.– V. 38.– D5-D16; doi:10.1093/nar/gkp967.
4. The NCBI C++ Toolkit [Internet] / edit. Vakatov D., Siyan, K., Ostell J. – Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2004.
5. Gilat A. MATLAB: An Introduction with Applications 2nd Edition. – John Wiley & Sons. ISBN 978-0-471-69420-5.– 2004.
6. MATLAB technical documentation [Access] http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/seqtool.html
7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/SDKDOCS/INDEX.HTML
8. Водолазкий В,Семериков В. Энциклопедия PERL. СПб.: Питер. - 2002.-576С.
9. ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens
10. International Human Genome Sequencing Consortium. The NCBI Handbook [Web resource]: Bethesda National Library of Medicine (US), NCBI 2002-2005 / edit. J. McEntyre, J. Ostell . – [Access]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook
11. The DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table: Definition [Web resource]: Bethesda.– 2007 / International Sequence Databank Collaboration.– [Access]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/collab/FT/index.html#7.4
12. NCBI Help Manual.– Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2005-2009.
13. Компиляторы: принципы, технологии и инструментарий / А. В. Ахо, М. С. Лам, Р. Сети, Д. Д. Ульман. – М.: Вильямс. –2008. –2-е издание. –1184 c.
14. Wain H. M., Bruford E. A., Lovering R. C., Lush M. J., Wright M. W. and Povey S. Guidelines for Human Gene Nomenclature//Genomics.-2002.-№79(4). - Р. 464-470.
15. Пат. 43786 Україна, МПК (2007) G 06 F, 17/21. Спосіб перетворення структури послідовностей генів бази даних / Дуплій Д.Р., Калашніков В.В., Чащин Н.А., заявник та патентовласник Київ. Ін-т Молекулярної Біології и Генетики; Держ.реєстр. від 25.08.09.
Цитовано
Як цитувати
Duplij, D. R., Kalashnikov, V. V., & Chashyn, N. A. (1). Як отримати нуклеотидні послідовності ДНК з бази даних генетичного банку. Біофізичний вісник, 1(24). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/4026
Розділ
Методи біофізичних досліджень
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
