КОЛЕБАТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ УОТСОН-КРИКОВСКОЙ ПАРЫ АДЕНИН-УРАЦИЛ. НЕЭМПИРИЧЕСКОЕ КВАНТОВОХИМИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ.
Анотація
Впервые проведены расчеты колебательных спектров Уотсон-Криковской пары аденин-урацил методом DFT/B3LYP/6-31++G** учитывающим эффекты электронной корреляции. Проведен полный анализ фундаментальных колебаний и определены силовые поля мономерных молекул и димера. Установлены спектральные проявления Н-связывания в паре аденин-урацил. Рассчитанные методами МР2 и DFT с расширенным базисным набором и с учетом поправок на энергию нулевых колебаний энергии образования пары A-U составляют -47.8 и —46.0 кДж/моль соответственно и находятся в хорошем согласии с экспериментом.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: аденин-урацил, квантовохимические ab initio расчеты, колебательные спектры, молекулярные параметры.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Радченко Е.Д., Плохотниченко A.M., Шеина Г.Г., Благой Ю.П. // Биофизика. 1984. Т. 29. С. 553.
2. Stepanian S.G., Sheina G.G., Radchenko E.D., Blagoi Yu.P. // J. Molec. Struct. 1985. V. 131. P. 333.
3. Sheina G.G., Radchenko E.D., Stepanian S.G., Blagoi Yu.P. // Studia Biophys. 1986. V. 114. P. 123.
4. Novak M.J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S. // Chem. Phys. Lett. 1989. V. 157. P. 14.
5. Novak M.J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S. et al. // Spectrochimica Acta. 1991. V. 47A, N 1. P. 87-103.
6. Радченко Е.Д., Плохотниченко A.M., Шеина Г.Г., Благой Ю.П. // Биофизика. 1983. Т. 28. С. 980.
7. Szczesniak М., Novak M.J., Rostkowska Н. et al. // J. Am. Chem. Soc. 1983. V. 105. P. 5969.
8. Chin S., Scott., Szczepaniak K., Person W.B. // J. Am. Chem. Soc. 1984. V. 106. P. 3415.
9 Barnes A.J., Stuckey M.A., Le Gall L. // Spectrochimica Acta. 1984. V, 40A. P. 419.
10. Graindourze M., Smets J., Zeegers-Huyskens Th., Maes G. // J. Molec. Struct. 1990. V. 222. P. 345.
11. Les A., Adamowicz L., Novak M.J., Lapinski L. // Spectrochimica Acta. 1992. V. 48A. P. 1385.
12. Novak M.J. // J. Molec. Struct. 1989. V. 193. P. 35-49.
13. Stepanian S.G., Smorygo N.A., Sheina G.G. et al. // Spectrochimica Acta. 1990. V. 46A, N 3. P. 355-361.
14. Шеина Г.Г., Радченко Е.Д., Благой Ю.П. // Докл. Акад. Наук СССР. 1985. Т. 282. С. 1497.
15. Sheina G.G., Stepanian S.G., Radchenko E.D., Blagoi Yu.P. // J. Molec. Struct. 1987. V. 158. P. 275.
16. Szczepaniak K., Szczesniak M. // J. Molec. Struct. 1987. V. 156. P. 294.
17. Radchenko E.D., Sheina G.G., Smorygo N.A., Blagoi Yu.P.// J. Molec. Struct. 1984. V. 116. P. 387-396.
18. Szczesniak M., Szczepaniak K., Kwiatkowski J.S. et al. // J. Am. Chem. Soc. 1988. V. 110, N 25. P. 8319-8330.
19. Nowak M.J., Lapinski L., Fulara J. // Spectrochimica Acta. 1989. V. 45A, N 2. P. 229-242.
20. MacCarthy W., Smets J., Adamowicz L. et al.//Molec. Phys. 1997. V. 91, N3. P. 513-525.
21. MacCarthy W., Plokhotnichenko A.M., Radchenko E.D. et al. // J. Phys. Chem. 1997. V. 101A. P. 7208-7216.
22. Plokhotnichenko A.M., Radchenko E.D., Stepanian S.G. et al. // Resent Res. Devel. In Phys. Chem. 1998. V. 2. P. 1087.
23. Komarov V.M. //J. Biol. Phys. 1999. V. 24. P. 167-184.
24. Sponer J., Leszczynski J., Hobza P. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 1996. V. 14. P. 117-135.
25. Sponer J., Leszczynski J., Hobza P. // J. Phys. Chem. 1996. V. 100. P. 1965-1974.
26. Sponer J.. Hobza P. // Chem. Phys. 1996. V. 204. P. 365-372.
27. Sponer J, Florian J., Hobza P., Leszczynski J. //J. Biomol. Struct. Dynamics. 1996. V. 13. P. 827-833.
28. Gould I.R., Kollman P.A. // J. Am. Chem. Soc. 1994. V. 116. P. 2493-2499.
29. Komarov V.M. // Biophysics. 1994. V. 39, N 5. P. 863-868.
30. Becke A.D. // Phys. Pev. B. 1988. V. 38. P. 3098.
31. Lee C, Yang W., Parr R.G. // Phys. Rev. В. 1988. V. 37. P.785.
32. Vosko S.H. Wilk L., Nusair M. // Can. J. Phys. 1980. V. 58. P. 1200.
33. Stepanian S.G., Reva I.D.. Rosado M.T.S. et al. //J. Phys. Chem. 1998. V. 102A. P. 1041-1054.
34. Leszczynski J. // Int. J. Quant Chem.: Quant. Biol. Symp. 1992. V. 19. 43-45.
35. Sponer J., Hobza P. // J. Phys. Chem. 1994. V. 98. P. 3161-3164.
36. Stepanian S.G., Reva I.D., Radchenko E.D., Adamowicz L. //J. Phys. Chem. 1998. V. 102A. P. 4623-4629.
37. Stepanian S.G., Reva I.D., Radchenko E.D., Adamowicz L. // J. Phys. Chem. 1999. V. 103А. P. 4404-4412.
38. Binklye J.S., Pople J.A., // Int. J. Quant. Chem. 1975. V. 9. P.229.
39. Pople J.A, Binkley J.S., Seeger R. // Int J. Quant Chem.: Quant Chem. Symp. 1976. V. 10. P. 1.
40. Boys S.F., Bernardi F. // Molec. Phys. 1970. V. 19. P. 553.
41. Frisch M.J., Trucks G.W,, Schlegel H.B. et al. Gaussian 94, Revision E.2. Gaussian Inc. Pittsburgh, PA, 1994.
42. Говорун Д.Н., Мищук Я.Р.. Кондратюк И.В. // Доповіді HAH України. 1995. Т. 11. С. 121-123.
43. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F. // Biopolymers. 1979. V. 18. P. 1149-1179.
44. Galetich I., Kosevich M., Shelkovsky V., Stepanian S.G. // J. Molec. Struct. 1999. V. 478. P. 155-162.
2. Stepanian S.G., Sheina G.G., Radchenko E.D., Blagoi Yu.P. // J. Molec. Struct. 1985. V. 131. P. 333.
3. Sheina G.G., Radchenko E.D., Stepanian S.G., Blagoi Yu.P. // Studia Biophys. 1986. V. 114. P. 123.
4. Novak M.J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S. // Chem. Phys. Lett. 1989. V. 157. P. 14.
5. Novak M.J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S. et al. // Spectrochimica Acta. 1991. V. 47A, N 1. P. 87-103.
6. Радченко Е.Д., Плохотниченко A.M., Шеина Г.Г., Благой Ю.П. // Биофизика. 1983. Т. 28. С. 980.
7. Szczesniak М., Novak M.J., Rostkowska Н. et al. // J. Am. Chem. Soc. 1983. V. 105. P. 5969.
8. Chin S., Scott., Szczepaniak K., Person W.B. // J. Am. Chem. Soc. 1984. V. 106. P. 3415.
9 Barnes A.J., Stuckey M.A., Le Gall L. // Spectrochimica Acta. 1984. V, 40A. P. 419.
10. Graindourze M., Smets J., Zeegers-Huyskens Th., Maes G. // J. Molec. Struct. 1990. V. 222. P. 345.
11. Les A., Adamowicz L., Novak M.J., Lapinski L. // Spectrochimica Acta. 1992. V. 48A. P. 1385.
12. Novak M.J. // J. Molec. Struct. 1989. V. 193. P. 35-49.
13. Stepanian S.G., Smorygo N.A., Sheina G.G. et al. // Spectrochimica Acta. 1990. V. 46A, N 3. P. 355-361.
14. Шеина Г.Г., Радченко Е.Д., Благой Ю.П. // Докл. Акад. Наук СССР. 1985. Т. 282. С. 1497.
15. Sheina G.G., Stepanian S.G., Radchenko E.D., Blagoi Yu.P. // J. Molec. Struct. 1987. V. 158. P. 275.
16. Szczepaniak K., Szczesniak M. // J. Molec. Struct. 1987. V. 156. P. 294.
17. Radchenko E.D., Sheina G.G., Smorygo N.A., Blagoi Yu.P.// J. Molec. Struct. 1984. V. 116. P. 387-396.
18. Szczesniak M., Szczepaniak K., Kwiatkowski J.S. et al. // J. Am. Chem. Soc. 1988. V. 110, N 25. P. 8319-8330.
19. Nowak M.J., Lapinski L., Fulara J. // Spectrochimica Acta. 1989. V. 45A, N 2. P. 229-242.
20. MacCarthy W., Smets J., Adamowicz L. et al.//Molec. Phys. 1997. V. 91, N3. P. 513-525.
21. MacCarthy W., Plokhotnichenko A.M., Radchenko E.D. et al. // J. Phys. Chem. 1997. V. 101A. P. 7208-7216.
22. Plokhotnichenko A.M., Radchenko E.D., Stepanian S.G. et al. // Resent Res. Devel. In Phys. Chem. 1998. V. 2. P. 1087.
23. Komarov V.M. //J. Biol. Phys. 1999. V. 24. P. 167-184.
24. Sponer J., Leszczynski J., Hobza P. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 1996. V. 14. P. 117-135.
25. Sponer J., Leszczynski J., Hobza P. // J. Phys. Chem. 1996. V. 100. P. 1965-1974.
26. Sponer J.. Hobza P. // Chem. Phys. 1996. V. 204. P. 365-372.
27. Sponer J, Florian J., Hobza P., Leszczynski J. //J. Biomol. Struct. Dynamics. 1996. V. 13. P. 827-833.
28. Gould I.R., Kollman P.A. // J. Am. Chem. Soc. 1994. V. 116. P. 2493-2499.
29. Komarov V.M. // Biophysics. 1994. V. 39, N 5. P. 863-868.
30. Becke A.D. // Phys. Pev. B. 1988. V. 38. P. 3098.
31. Lee C, Yang W., Parr R.G. // Phys. Rev. В. 1988. V. 37. P.785.
32. Vosko S.H. Wilk L., Nusair M. // Can. J. Phys. 1980. V. 58. P. 1200.
33. Stepanian S.G., Reva I.D.. Rosado M.T.S. et al. //J. Phys. Chem. 1998. V. 102A. P. 1041-1054.
34. Leszczynski J. // Int. J. Quant Chem.: Quant. Biol. Symp. 1992. V. 19. 43-45.
35. Sponer J., Hobza P. // J. Phys. Chem. 1994. V. 98. P. 3161-3164.
36. Stepanian S.G., Reva I.D., Radchenko E.D., Adamowicz L. //J. Phys. Chem. 1998. V. 102A. P. 4623-4629.
37. Stepanian S.G., Reva I.D., Radchenko E.D., Adamowicz L. // J. Phys. Chem. 1999. V. 103А. P. 4404-4412.
38. Binklye J.S., Pople J.A., // Int. J. Quant. Chem. 1975. V. 9. P.229.
39. Pople J.A, Binkley J.S., Seeger R. // Int J. Quant Chem.: Quant Chem. Symp. 1976. V. 10. P. 1.
40. Boys S.F., Bernardi F. // Molec. Phys. 1970. V. 19. P. 553.
41. Frisch M.J., Trucks G.W,, Schlegel H.B. et al. Gaussian 94, Revision E.2. Gaussian Inc. Pittsburgh, PA, 1994.
42. Говорун Д.Н., Мищук Я.Р.. Кондратюк И.В. // Доповіді HAH України. 1995. Т. 11. С. 121-123.
43. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F. // Biopolymers. 1979. V. 18. P. 1149-1179.
44. Galetich I., Kosevich M., Shelkovsky V., Stepanian S.G. // J. Molec. Struct. 1999. V. 478. P. 155-162.
Цитовано
Як цитувати
Степаньян, С. Г. (1). КОЛЕБАТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ УОТСОН-КРИКОВСКОЙ ПАРЫ АДЕНИН-УРАЦИЛ. НЕЭМПИРИЧЕСКОЕ КВАНТОВОХИМИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ. Біофізичний вісник, 3(5). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2457
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
