ВЛИЯНИЕ ГИДРАТАЦИИ НА ТАУТОМЕРИЮ ОСНОВАНИЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ: КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО
Анотація
Проведено экстенсивное компьютерное моделирование гидратации оснований нуклеиновых кислот и их основных таутомерных форм методом Монте-Карло. Показано, что в воде лактамная форма гуанина и аминная форма цитозина энергетически более предпочтительны, чем их лактимная и иминная формы соответственно. Большая стабильность в водном кластере обычных форм этих оснований по сравнению с их редкими таутомериыми формами целиком обусловлена энергетически более выгодным взаимодействием молекул воды друг с другом. В то же время обнаружено, что иминная форма аденина и лактимная формы тимина и урацила более стабильны, чем соответствующие аминная и лактамная формы. Этот факт определяется более выгодным взаимодействием редких форм оснований с водой.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: нуклеотидные основания, таутомерия, гидратация, метод Монте-Карло, компьютерное моделирование
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Kwiatkowski J.S., Pulman В. //Adv. Heterocyclic Chem. 1975. V.18. P. 199-335
2. Kwiatkowski J.S., Zielinski T.J., Rein R. //Adv. Quant. Chem. 1986. V.18. P.85-131
3. Nowak M. J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S., Leszczynski J. // In "Computational Chemistry: Reviews of Current
Trends". World Scientific Publication. 1997. V.II. P. 140-216
4. Leszczynski J. // In "The Encyclopedia of Computational Chemistry", John Wiley & Sons. 1998
5. Tapia O., Silvi B. // J. Phys. Chem. 1980. V.84. P.2646-2652
6. Metropolis N., Rosenbluth A.W., Rosenbluth M.N., Teller A.N., Teller E. // J. Chem Phys. 1953. V.21. P. 1087-1092
7. Lee J.K., Barker J.A., Abraham F.F. // J. Chem. Phys. 1973. V.58. P.3166-3180
Abraham F.F., Lee J.K., Barker J.A. //J. Chem. Phys. 1974. V.60. P.246-250
Abraham F.F. //J. Chem. Phys. 1974. V.61. P. 1221 -1225
10. Mruzik M.R., Abraham F.F., Schreiber D.E., Pound G.M. // J. Chem. Phys. 1976. V.64. P. 481-491
11. Данилов В.И., Желтовский H.B., Слюсарчук O.H., Альдерфер Дж.Л. // Биополимеры и клетка. 1997. V. 13. С.46-54
12. Danilov V.I., Zheltovsky N.V., Slyusarchuk O.N., Poltev V.I., Alderfer J.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. V.15. P.69-80
13. Alderfer J.L., Danilov V.I., Poltev V.I., Slyusarchuk O.N. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1999. V.16. P. 1107-1117
14. В.И. Данилов, Дж.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. 1999. Т. 15. N 6.
15. Sukhodub L.F., Yanson I.K., Shelkovski V.S., Wierzchowski К. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P.149-155
16. Веркин Б.И., Янсон И.К., Суходуб Л.Ф., Теплицкий А.Б. Взаимодействия биомолекул: Новые
экспериментальные подходы и методы. К. Наукова Думка, 1985. 164 с.
17. Teplitsky A.B., Yanson I.К., Glukhova О.Т., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1980. V.11. P. 17-21
18. Глухова O.T., Киселев В.Д., Теплицкий А.Б., Устюгов А.Н., Янсон И.К. // Биофизика. 1981. Т.26. С.351-352
19. Teplitsky A.B., Glukhova О.Т., Sukhodub L.F., Yanson I.К., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Kosinski J., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P. 139-147
20. Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Sukhodub L.F., Glukhova O.T., Teplitsky A.B., Wierzchowski K.L. // J. Solution. Chem. 1984. V.13. P. 757-765
21. Kilday M.V. // J. Res. Nat. Bur. Stand. (U.S.). 1981. V.86. P. 367-382
22.Danilov V.I., Shvartsman A.S. // Молекулярная генетика и биофизика. 1982. N 7. С.28-35
23. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Молекулярная генетика и биофизика. 1984. N 9. С.47-54
24. Scordamaglia R., Cavallone F., Clementi E. // J. Am. Chem. Soc. 1977. V.99. C.5545-5550
25. Clementi E., Corongiu G. // J. Chem. Phys. 1980. V.72. P.3979-3992
26. Poltev V.I., Grokhlina T.I., Malenkov G.G. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1984. V.2. P.413-429
27. Шарафутдинов M.P., Данилов В.И., Полтев В.И. // Доклады Академии Нук Украинской ССР. 1983. N 12. С.69-72
28. Danilov V.I., Tolokh I.S. //J. Biomol. Struct. Dyn. 1990. V.7. C. 1167-1183
29. Шестопалова A.B., Данилов В.И, Малеев В.Я. //ДАН СССР. Т.282. С. 1000-1003
30. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Int. J. Quant. Chem. 1989. V.35. P. 103-112
31. Poltev V.I., Malenkov G.G., Gonzalez E.J., Teplukhin A.V., Rein R, Shibata M., Miller J.H. Hi. Biomol. Struct. Dyn. 1996. V.13. P.717-725
32. Cieplak P., Bash P., Singh U.C., Kollman P.A. // J. Am. Chem. Soc. 1987. V.109. P.6283-6289
2. Kwiatkowski J.S., Zielinski T.J., Rein R. //Adv. Quant. Chem. 1986. V.18. P.85-131
3. Nowak M. J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S., Leszczynski J. // In "Computational Chemistry: Reviews of Current
Trends". World Scientific Publication. 1997. V.II. P. 140-216
4. Leszczynski J. // In "The Encyclopedia of Computational Chemistry", John Wiley & Sons. 1998
5. Tapia O., Silvi B. // J. Phys. Chem. 1980. V.84. P.2646-2652
6. Metropolis N., Rosenbluth A.W., Rosenbluth M.N., Teller A.N., Teller E. // J. Chem Phys. 1953. V.21. P. 1087-1092
7. Lee J.K., Barker J.A., Abraham F.F. // J. Chem. Phys. 1973. V.58. P.3166-3180
Abraham F.F., Lee J.K., Barker J.A. //J. Chem. Phys. 1974. V.60. P.246-250
Abraham F.F. //J. Chem. Phys. 1974. V.61. P. 1221 -1225
10. Mruzik M.R., Abraham F.F., Schreiber D.E., Pound G.M. // J. Chem. Phys. 1976. V.64. P. 481-491
11. Данилов В.И., Желтовский H.B., Слюсарчук O.H., Альдерфер Дж.Л. // Биополимеры и клетка. 1997. V. 13. С.46-54
12. Danilov V.I., Zheltovsky N.V., Slyusarchuk O.N., Poltev V.I., Alderfer J.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. V.15. P.69-80
13. Alderfer J.L., Danilov V.I., Poltev V.I., Slyusarchuk O.N. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1999. V.16. P. 1107-1117
14. В.И. Данилов, Дж.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. 1999. Т. 15. N 6.
15. Sukhodub L.F., Yanson I.K., Shelkovski V.S., Wierzchowski К. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P.149-155
16. Веркин Б.И., Янсон И.К., Суходуб Л.Ф., Теплицкий А.Б. Взаимодействия биомолекул: Новые
экспериментальные подходы и методы. К. Наукова Думка, 1985. 164 с.
17. Teplitsky A.B., Yanson I.К., Glukhova О.Т., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1980. V.11. P. 17-21
18. Глухова O.T., Киселев В.Д., Теплицкий А.Б., Устюгов А.Н., Янсон И.К. // Биофизика. 1981. Т.26. С.351-352
19. Teplitsky A.B., Glukhova О.Т., Sukhodub L.F., Yanson I.К., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Kosinski J., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P. 139-147
20. Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Sukhodub L.F., Glukhova O.T., Teplitsky A.B., Wierzchowski K.L. // J. Solution. Chem. 1984. V.13. P. 757-765
21. Kilday M.V. // J. Res. Nat. Bur. Stand. (U.S.). 1981. V.86. P. 367-382
22.Danilov V.I., Shvartsman A.S. // Молекулярная генетика и биофизика. 1982. N 7. С.28-35
23. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Молекулярная генетика и биофизика. 1984. N 9. С.47-54
24. Scordamaglia R., Cavallone F., Clementi E. // J. Am. Chem. Soc. 1977. V.99. C.5545-5550
25. Clementi E., Corongiu G. // J. Chem. Phys. 1980. V.72. P.3979-3992
26. Poltev V.I., Grokhlina T.I., Malenkov G.G. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1984. V.2. P.413-429
27. Шарафутдинов M.P., Данилов В.И., Полтев В.И. // Доклады Академии Нук Украинской ССР. 1983. N 12. С.69-72
28. Danilov V.I., Tolokh I.S. //J. Biomol. Struct. Dyn. 1990. V.7. C. 1167-1183
29. Шестопалова A.B., Данилов В.И, Малеев В.Я. //ДАН СССР. Т.282. С. 1000-1003
30. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Int. J. Quant. Chem. 1989. V.35. P. 103-112
31. Poltev V.I., Malenkov G.G., Gonzalez E.J., Teplukhin A.V., Rein R, Shibata M., Miller J.H. Hi. Biomol. Struct. Dyn. 1996. V.13. P.717-725
32. Cieplak P., Bash P., Singh U.C., Kollman P.A. // J. Am. Chem. Soc. 1987. V.109. P.6283-6289
Цитовано
Як цитувати
Данилов, В. И. (1). ВЛИЯНИЕ ГИДРАТАЦИИ НА ТАУТОМЕРИЮ ОСНОВАНИЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ: КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО. Біофізичний вісник, 3(5). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2453
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
