ВЛИЯНИЕ ГИДРАТАЦИИ НА ТАУТОМЕРИЮ ОСНОВАНИЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ: КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО

  • В. И. Данилов Институт молекулярной биологии и генетики, Национальная Академия Наук Украины, 252143, Киев, ул. Академика Заболотного, 150

Анотація

Проведено экстенсивное компьютерное моделирование гидратации оснований нуклеиновых кислот и их основных таутомерных форм методом Монте-Карло. Показано, что в воде лактамная форма гуанина и аминная форма цитозина энергетически более предпочтительны, чем их лактимная и иминная формы соответственно. Большая стабильность в водном кластере обычных форм этих оснований по сравнению с их редкими таутомериыми формами целиком обусловлена энергетически более выгодным взаимодействием молекул воды друг с другом. В то же время обнаружено, что иминная форма аденина и лактимная формы тимина и урацила более стабильны, чем соответствующие аминная и лактамная формы. Этот факт определяется более выгодным взаимодействием редких форм оснований с водой.

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: нуклеотидные основания, таутомерия, гидратация, метод Монте-Карло, компьютерное моделирование

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Посилання

1. Kwiatkowski J.S., Pulman В. //Adv. Heterocyclic Chem. 1975. V.18. P. 199-335


2. Kwiatkowski J.S., Zielinski T.J., Rein R. //Adv. Quant. Chem. 1986. V.18. P.85-131


3. Nowak M. J., Lapinski L., Kwiatkowski J.S., Leszczynski J. // In "Computational Chemistry: Reviews of Current
Trends". World Scientific Publication. 1997. V.II. P. 140-216


4. Leszczynski J. // In "The Encyclopedia of Computational Chemistry", John Wiley & Sons. 1998

5. Tapia O., Silvi B. // J. Phys. Chem. 1980. V.84. P.2646-2652


6. Metropolis N., Rosenbluth A.W., Rosenbluth M.N., Teller A.N., Teller E. // J. Chem Phys. 1953. V.21. P. 1087-1092


7. Lee J.K., Barker J.A., Abraham F.F. // J. Chem. Phys. 1973. V.58. P.3166-3180

Abraham F.F., Lee J.K., Barker J.A. //J. Chem. Phys. 1974. V.60. P.246-250


Abraham F.F. //J. Chem. Phys. 1974. V.61. P. 1221 -1225


10. Mruzik M.R., Abraham F.F., Schreiber D.E., Pound G.M. // J. Chem. Phys. 1976. V.64. P. 481-491


11. Данилов В.И., Желтовский H.B., Слюсарчук O.H., Альдерфер Дж.Л. // Биополимеры и клетка. 1997. V. 13. С.46-54


12. Danilov V.I., Zheltovsky N.V., Slyusarchuk O.N., Poltev V.I., Alderfer J.L. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. V.15. P.69-80


13. Alderfer J.L., Danilov V.I., Poltev V.I., Slyusarchuk O.N. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1999. V.16. P. 1107-1117


14. В.И. Данилов, Дж.Л. Альдерфер // Биополимеры и клетка. 1999. Т. 15. N 6.


15. Sukhodub L.F., Yanson I.K., Shelkovski V.S., Wierzchowski К. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P.149-155


16. Веркин Б.И., Янсон И.К., Суходуб Л.Ф., Теплицкий А.Б. Взаимодействия биомолекул: Новые
экспериментальные подходы и методы. К. Наукова Думка, 1985. 164 с.


17. Teplitsky A.B., Yanson I.К., Glukhova О.Т., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1980. V.11. P. 17-21


18. Глухова O.T., Киселев В.Д., Теплицкий А.Б., Устюгов А.Н., Янсон И.К. // Биофизика. 1981. Т.26. С.351-352


19. Teplitsky A.B., Glukhova О.Т., Sukhodub L.F., Yanson I.К., Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Kosinski J., Wierzchowski K.L. // Biophys. Chem. 1982. V.15. P. 139-147


20. Zielenkiewicz A., Zielenkiewicz W., Sukhodub L.F., Glukhova O.T., Teplitsky A.B., Wierzchowski K.L. // J. Solution. Chem. 1984. V.13. P. 757-765


21. Kilday M.V. // J. Res. Nat. Bur. Stand. (U.S.). 1981. V.86. P. 367-382


22.Danilov V.I., Shvartsman A.S. // Молекулярная генетика и биофизика. 1982. N 7. С.28-35


23. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Молекулярная генетика и биофизика. 1984. N 9. С.47-54


24. Scordamaglia R., Cavallone F., Clementi E. // J. Am. Chem. Soc. 1977. V.99. C.5545-5550


25. Clementi E., Corongiu G. // J. Chem. Phys. 1980. V.72. P.3979-3992


26. Poltev V.I., Grokhlina T.I., Malenkov G.G. // J. Biomol. Struct. Dyn. 1984. V.2. P.413-429

27. Шарафутдинов M.P., Данилов В.И., Полтев В.И. // Доклады Академии Нук Украинской ССР. 1983. N 12. С.69-72


28. Danilov V.I., Tolokh I.S. //J. Biomol. Struct. Dyn. 1990. V.7. C. 1167-1183


29. Шестопалова A.B., Данилов В.И, Малеев В.Я. //ДАН СССР. Т.282. С. 1000-1003


30. Danilov V.I., Shestopalova A.V. // Int. J. Quant. Chem. 1989. V.35. P. 103-112

31. Poltev V.I., Malenkov G.G., Gonzalez E.J., Teplukhin A.V., Rein R, Shibata M., Miller J.H. Hi. Biomol. Struct. Dyn. 1996. V.13. P.717-725

32. Cieplak P., Bash P., Singh U.C., Kollman P.A. // J. Am. Chem. Soc. 1987. V.109. P.6283-6289
Цитовано
Як цитувати
Данилов, В. И. (1). ВЛИЯНИЕ ГИДРАТАЦИИ НА ТАУТОМЕРИЮ ОСНОВАНИЙ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ: КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ МЕТОДОМ МОНТЕ-КАРЛО. Біофізичний вісник, 3(5). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2453
Розділ
Молекулярна біофізика