Вивчення молекулярних механізмів взаємодії кофеїну та похідних актиноцину з ДНК методом молекулярної динаміки. I. Дослідження структури мономерних та димерних форм похідного актиноцину в іон-гідратному оточенні.
Ключові слова:
похідні актиноцину, димеризація, гідратація, метод молекулярної динаміки, ab initio
Анотація
Методом молекулярної динаміки вивчено процеси взаємодії одного з похідних актиноцину в мономерній та димерній формі з іон-гідратним оточенням. Враховано вплив присутніх у розчині іонів на загальний заряд молекули та характер гідратації ліганду. Для всіх розглянутих систем визначено схеми гідратації, що добре узгоджуються з експериментальними даними. Отримано структури найімовірніших форм димерів та проведено аналіз сил, що стабілізують такі комплекси.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Данилов В.И., Слюсарчук О. Н., Полтев В.И. и др. // Биополимеры и клетка, 1991,
том 7. №5. с. 5-14
2. Breusegem S.Y., Sadat-Ebrahimi S.E., Douglas K.T. et al // J. Med. Chem. 2001, 44, 2503-2506.
3. AufFinger P., Westhof E. II in Water management in the design and distribution of quality foods. Ross Y.H., Leslie R.B., and Lillford P.J. - editors. Technomic Pulishing Co Inc., Basel. 1999., pp. 165-198
4. Wadkins R.M., Vladu B., Tung Ch.-Sh. // Biochemistry. 1998.V.37. P. 11915-11923.
5. Karawajew L., Glibin E.N., Maleev V.Ya. et al //Anti-Cancer Drug Design. 2000. V.15. P.331-338.
6. Семенов М.А., Гасан А.И., Малеев В.Я. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. №488.Біофізичний Вісник. 2000. Вип.6(1). С. 14-18.
7. Семенов М.А., Сагайдакова Н.И., Больбух Т.В. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. №497. Біофізичний Вісник.. 2000. Вип.2(7). С. 16-23.
8. Auffinger P., Westhof E. // Current Opinion in Structural Biology 1998, V. 8 P. 227-236
9. Cheatham T.E. Ill, Young M.A. // Biopolymers 2000-2001; V. 56, Xs 4, P. 232-256
10. Cornell W.D., Cieplak P., Bayly C.I. et al // J. Amer. Chem. Soc. 117. 5179 (1995).
11. Gasteiger J. and Marsili M. // Tetrahedron, 36, 3219-3288 (1980).
12. Granonovsky Alex A., www http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
13. Schmidt M.W., Baldrige K.K., Boatz J.A. et al // J. Comput. Chem. 1993. V. 14.
P. 1347- 1363
14.Jorgensen W.L., Chandrasekhas J., Madura J. D.., Impey R.W., Klein M.L. // J. Chem. Phys. 79:926-935, 1983.
15. Наберухин Ю.И. // Журн. структур, химии. 1984. Т.25. С. 60-67
16. Malenkov G.G., Tytik D.L., and Zheligovskaya E.A. // J. Mol. Liquids 82 (1999), p. 27-38.
17.Березняк Е.Г., Семенов М.А., Больбух Т.В. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. Направлено в печагь.
18. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. - М.: Мир, 1987. - 434 с.
19. Круглова Е.Б., Малеев В.Я., Глибин Е.Н., Веселков А.Н. // Вiсн. Харк.ун-ту Направлено в печать.
том 7. №5. с. 5-14
2. Breusegem S.Y., Sadat-Ebrahimi S.E., Douglas K.T. et al // J. Med. Chem. 2001, 44, 2503-2506.
3. AufFinger P., Westhof E. II in Water management in the design and distribution of quality foods. Ross Y.H., Leslie R.B., and Lillford P.J. - editors. Technomic Pulishing Co Inc., Basel. 1999., pp. 165-198
4. Wadkins R.M., Vladu B., Tung Ch.-Sh. // Biochemistry. 1998.V.37. P. 11915-11923.
5. Karawajew L., Glibin E.N., Maleev V.Ya. et al //Anti-Cancer Drug Design. 2000. V.15. P.331-338.
6. Семенов М.А., Гасан А.И., Малеев В.Я. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. №488.Біофізичний Вісник. 2000. Вип.6(1). С. 14-18.
7. Семенов М.А., Сагайдакова Н.И., Больбух Т.В. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. №497. Біофізичний Вісник.. 2000. Вип.2(7). С. 16-23.
8. Auffinger P., Westhof E. // Current Opinion in Structural Biology 1998, V. 8 P. 227-236
9. Cheatham T.E. Ill, Young M.A. // Biopolymers 2000-2001; V. 56, Xs 4, P. 232-256
10. Cornell W.D., Cieplak P., Bayly C.I. et al // J. Amer. Chem. Soc. 117. 5179 (1995).
11. Gasteiger J. and Marsili M. // Tetrahedron, 36, 3219-3288 (1980).
12. Granonovsky Alex A., www http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
13. Schmidt M.W., Baldrige K.K., Boatz J.A. et al // J. Comput. Chem. 1993. V. 14.
P. 1347- 1363
14.Jorgensen W.L., Chandrasekhas J., Madura J. D.., Impey R.W., Klein M.L. // J. Chem. Phys. 79:926-935, 1983.
15. Наберухин Ю.И. // Журн. структур, химии. 1984. Т.25. С. 60-67
16. Malenkov G.G., Tytik D.L., and Zheligovskaya E.A. // J. Mol. Liquids 82 (1999), p. 27-38.
17.Березняк Е.Г., Семенов М.А., Больбух Т.В. и др. // Вiсн. Харк.ун-ту. Направлено в печагь.
18. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. - М.: Мир, 1987. - 434 с.
19. Круглова Е.Б., Малеев В.Я., Глибин Е.Н., Веселков А.Н. // Вiсн. Харк.ун-ту Направлено в печать.
Опубліковано
2002-06-06
Цитовано
Як цитувати
Аніщенко, Д., Є.Г. Березняк, Є., А.В. Шестопалова, А., & Малєєв, В. (2002). Вивчення молекулярних механізмів взаємодії кофеїну та похідних актиноцину з ДНК методом молекулярної динаміки. I. Дослідження структури мономерних та димерних форм похідного актиноцину в іон-гідратному оточенні. Біофізичний вісник, 1(10), 36-41. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/18384
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2002 Біофізичний вісник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
