Рухливість азотистих основ при гідратації двунітєвих полінуклеотидів в плівках
Ключові слова:
полі (рА) -полі (рУ), полі (рГ) -полі (рЦ), полі (дА) -полі (дТ), гідратація, резонансні взаємодії, спіральний кут, рухливість, ІК спектроскопія
Анотація
На підставі теорії молекулярних екситонів з використанням даних рентгеноструктурного аналізу і ІК спектроскопії двунітєвих гюлінуклеотидів полі (РА) -полі (РУ), полі (РГ) -полі (РЦ) та полі (дА) - полі (дт) у вологих плівках проведено розрахунок резонансних взаємодій валетних карбонільних С = 0 і всередині кільцевих C=N коливань азотистих основ. На базі проведених розрахунків і експериментальних даних про частотни зрушення основних смуг поглинання досліджуваних полінуклеотидів при переході їх з дегидратованного в повністю гідратований стан, досліджена рухливість азотистих основ в процесі структурних перебудов полінуклеотидів, викликаних гідратацієй. Показано, що в сухому стані двунітєві полінуклеотіди знаходяться в формі, яка незначно відрізняється від двоспірального стану.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Семенов М.А., Больбух Т.В. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в спиральных полипептидах // ДАМ УССР. Сер. «Б». - 1982. -№ 12. - С.66-69.
2. Semenov M.A., Bolbuch T.V. Carbonyl vibration resonance interactions helical polynucleotides Poly(dA)Poly(dT)and PolyGPolyC // Studia biophysica. - 1984.-Vol. 102, N 3. - P. 215-220.
3. Semenov M.A., Bolbuch T.V., Starikov E.B. Infrared spectroscopic study of the hydration of polyadenylic acid potassium salt films//Studia biophysica. - 1985.-Vol. 106, N 3. - P. 181-192.
4. Семенов М.А., Больбух Т.В,, Малеев В.Я. Исследование гидратации двуспирального комплекса поли А-поли У методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. - 1985. - Т. 30. - С. 571-577.
5. Семенов М.А., Стариков Е.Б., Больбух Т. В., Малеев В.Я. Гидратация односпиральной поли Ц по данным ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. - 1989. - Т.34. - №3. - С. 389-395.
6. Семенов М.А. Гидратация и структурное состояние нуклеиновых кислот в конденсированном состоянии: Дис. док. физ.-мат. наук. -- М: МГУ, 1990. -410 с.
7. Семенов М.А., Малеев В Я., Березняк Е.Г., Гасан А.И., Больбух Т.В. Гидратация и стабильность комплекса поли (гС)- поли (гС) // Мол.биология. - 1991. - Т.25. - №6.
- С. 1626-1634.
8. Давыдов А. С. Теория поглощения света в молекулярных кристаллах. - Киев: изд-во АН УССР. - 1951.- 296 с.
9.Малеев В.Я. Исследование структурных переходов биополимеров в растворе. Дис. док. физ.-мат. наук. - X.: ФТИМТ, 1975.-278 с.
10. Семенов М.А., Больбух Т.В. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в спиральных полипептидах: Препр. /АН УССР; ИРЭ; 190. - X.: 1982. - 28 с.
11. Семенов М.А., Матвеев Д.А., Больбух Т.В. Малеев В.Я. Гидратация и стабильность двуспирального комплекса ро1у(dА)ро1у(dТ) // Биофизика. - 1994. - Т. 39. - С. 628-636.
12. Arnott S, Hukins D.W. Dover S.D., Fuller W., Hodgson A.R. Structures of synthetic polynucleotides in the A-RNA and A'-RNA conformations: x-ray diffraction analyses of the molecular conformations of polyadenylic acid-polyuridylic acid and polyinosinic acid-polycytidylic acid // J Mol Biol. - 1973. - Vol. 81, N 2. - P. 107-122.
13. Arnott S. The geometry of nucleic acids. // In J.A.V. Butler, D. Noble editors, Progress in Biophysics and Molecular Biology. - Oxford: Pergamon Press, 1970. - Vol. 21. - P. 265-319.
14. Arnott S., Chandrasckarun R., Hall I.H., Puigjaner L.C. Heteronomous DNA // Nucleic Acids Res. - 1983. - Vol. 11, N 12. - P. 4141-4155.
15. Alexeev D.G., Lipanov A.A.. Skuratovskii I.Ya. Poly(dA).poly(dT) is a B-type double helix with a distinctively narrow minor groove // Nature. - 1987. - Vol. 325, KB 6107. - P. 821-3.
16. Park H.S., Arnott S., Chandrasekaran R., Millane R.P., Campagnari F. Structure of the alpha-form of poly[d(A)], poly[d(T)] and related polynucleotide duplexes // J Mol Biol. - 1987. - Vol. 197, Xs 3. - P. 513-523.
17. Lipanov A.A., Chuprina V.P., Alexeev D.O., Skuratovskii I.Ya Bh-DNA: variations of the poly[d(A)].poly[d(T)] structure within the framework of the fibre diffraction studies //J Biomol Struct Dyn. - 1990. - Vol 4. - P. 811-826.
18. Tsuboi M., Takahashi S., Harada I. Infrared and Raman spectra of nucleic acids-vibrations in the base residues // In J. Duchesne, editor. Physico-Chemical Properties of Nucleic Acids. - New York: Academic press, 1973. - Vol. 2. - P. 91-145.
19. Brandes R., Void R.R., Kearns D.R., Ryprecht A. Static disorder and librational motions of purine bases in films of oriented Li-DNA // J. Mol. Biol. - 1988. - Vol. 202. - P. 321-332.
20. Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А. Резонансные взаимодействия основных амидных колебаний в упорядоченных пептидных структурах // Докл. АН СССР. - 1973. - Т. 208, № 2. - С. 447-450.
21. Мележик Е.П., Семенов М.А. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в коллагеновых структурах // В|сник ХНУ № 606. - Біофізичний вісник. - 2003. - Вин. 13. - С.62-68.
22. Гиршфельдер Д., Кетисс Ч., Берд Р. Молекулярная теория газов и жидкостей: Пер. с англ. - М.: Иностр. лит., 1961.-С. 652-655.
23. Miyazawa T. Perturbation treatment of the characteristic vibrations of polypeptide chains in various configurations // J.Chem.Phys. - I960. - Vol. 32. – N 6. - P. 1647-1652.
24. Березняк Е.Г.,Семенов М.А. Спектральиые параметры нуклеотидов и полинуклеотидов в D20: Препр. /АН УССР; ИРЭ; 379. - X.: 1989. - 16 с.
25. D'Albis A., Wickens M.P., Gratzer W.B. Base pairing of adenine and uracil derivatives in the presence of water // Biopolymers. - 1975. - Vol. 7. - P. 1423-1435.
2. Semenov M.A., Bolbuch T.V. Carbonyl vibration resonance interactions helical polynucleotides Poly(dA)Poly(dT)and PolyGPolyC // Studia biophysica. - 1984.-Vol. 102, N 3. - P. 215-220.
3. Semenov M.A., Bolbuch T.V., Starikov E.B. Infrared spectroscopic study of the hydration of polyadenylic acid potassium salt films//Studia biophysica. - 1985.-Vol. 106, N 3. - P. 181-192.
4. Семенов М.А., Больбух Т.В,, Малеев В.Я. Исследование гидратации двуспирального комплекса поли А-поли У методами ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. - 1985. - Т. 30. - С. 571-577.
5. Семенов М.А., Стариков Е.Б., Больбух Т. В., Малеев В.Я. Гидратация односпиральной поли Ц по данным ИК-спектроскопии и пьезогравиметрии // Биофизика. - 1989. - Т.34. - №3. - С. 389-395.
6. Семенов М.А. Гидратация и структурное состояние нуклеиновых кислот в конденсированном состоянии: Дис. док. физ.-мат. наук. -- М: МГУ, 1990. -410 с.
7. Семенов М.А., Малеев В Я., Березняк Е.Г., Гасан А.И., Больбух Т.В. Гидратация и стабильность комплекса поли (гС)- поли (гС) // Мол.биология. - 1991. - Т.25. - №6.
- С. 1626-1634.
8. Давыдов А. С. Теория поглощения света в молекулярных кристаллах. - Киев: изд-во АН УССР. - 1951.- 296 с.
9.Малеев В.Я. Исследование структурных переходов биополимеров в растворе. Дис. док. физ.-мат. наук. - X.: ФТИМТ, 1975.-278 с.
10. Семенов М.А., Больбух Т.В. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в спиральных полипептидах: Препр. /АН УССР; ИРЭ; 190. - X.: 1982. - 28 с.
11. Семенов М.А., Матвеев Д.А., Больбух Т.В. Малеев В.Я. Гидратация и стабильность двуспирального комплекса ро1у(dА)ро1у(dТ) // Биофизика. - 1994. - Т. 39. - С. 628-636.
12. Arnott S, Hukins D.W. Dover S.D., Fuller W., Hodgson A.R. Structures of synthetic polynucleotides in the A-RNA and A'-RNA conformations: x-ray diffraction analyses of the molecular conformations of polyadenylic acid-polyuridylic acid and polyinosinic acid-polycytidylic acid // J Mol Biol. - 1973. - Vol. 81, N 2. - P. 107-122.
13. Arnott S. The geometry of nucleic acids. // In J.A.V. Butler, D. Noble editors, Progress in Biophysics and Molecular Biology. - Oxford: Pergamon Press, 1970. - Vol. 21. - P. 265-319.
14. Arnott S., Chandrasckarun R., Hall I.H., Puigjaner L.C. Heteronomous DNA // Nucleic Acids Res. - 1983. - Vol. 11, N 12. - P. 4141-4155.
15. Alexeev D.G., Lipanov A.A.. Skuratovskii I.Ya. Poly(dA).poly(dT) is a B-type double helix with a distinctively narrow minor groove // Nature. - 1987. - Vol. 325, KB 6107. - P. 821-3.
16. Park H.S., Arnott S., Chandrasekaran R., Millane R.P., Campagnari F. Structure of the alpha-form of poly[d(A)], poly[d(T)] and related polynucleotide duplexes // J Mol Biol. - 1987. - Vol. 197, Xs 3. - P. 513-523.
17. Lipanov A.A., Chuprina V.P., Alexeev D.O., Skuratovskii I.Ya Bh-DNA: variations of the poly[d(A)].poly[d(T)] structure within the framework of the fibre diffraction studies //J Biomol Struct Dyn. - 1990. - Vol 4. - P. 811-826.
18. Tsuboi M., Takahashi S., Harada I. Infrared and Raman spectra of nucleic acids-vibrations in the base residues // In J. Duchesne, editor. Physico-Chemical Properties of Nucleic Acids. - New York: Academic press, 1973. - Vol. 2. - P. 91-145.
19. Brandes R., Void R.R., Kearns D.R., Ryprecht A. Static disorder and librational motions of purine bases in films of oriented Li-DNA // J. Mol. Biol. - 1988. - Vol. 202. - P. 321-332.
20. Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А. Резонансные взаимодействия основных амидных колебаний в упорядоченных пептидных структурах // Докл. АН СССР. - 1973. - Т. 208, № 2. - С. 447-450.
21. Мележик Е.П., Семенов М.А. Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в коллагеновых структурах // В|сник ХНУ № 606. - Біофізичний вісник. - 2003. - Вин. 13. - С.62-68.
22. Гиршфельдер Д., Кетисс Ч., Берд Р. Молекулярная теория газов и жидкостей: Пер. с англ. - М.: Иностр. лит., 1961.-С. 652-655.
23. Miyazawa T. Perturbation treatment of the characteristic vibrations of polypeptide chains in various configurations // J.Chem.Phys. - I960. - Vol. 32. – N 6. - P. 1647-1652.
24. Березняк Е.Г.,Семенов М.А. Спектральиые параметры нуклеотидов и полинуклеотидов в D20: Препр. /АН УССР; ИРЭ; 379. - X.: 1989. - 16 с.
25. D'Albis A., Wickens M.P., Gratzer W.B. Base pairing of adenine and uracil derivatives in the presence of water // Biopolymers. - 1975. - Vol. 7. - P. 1423-1435.
Опубліковано
2007-06-05
Цитовано
Як цитувати
Semenov, M. A., Boryskina, O. P., & Maleev, V. Y. (2007). Рухливість азотистих основ при гідратації двунітєвих полінуклеотидів в плівках. Біофізичний вісник, 2(19), 20-28. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/17102
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2007 Біофізичний вісник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
