ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЕ И ДИНАМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ВОДЫ В ГИДРАТНОЙ ОБОЛОЧКЕ ДНК
Ключові слова:
ДНК, Калориметрия, моделирование Монте-Карло, энергетика, динамические свойства
Анотація
В настоящей работе предложен принципиально новый подход к изучению динамических свойств молекул воды, связанных на матрицах биополимеров (нуклеиновых кислот). Он основан на калориметрических измерениях энергии дегидратации систем биополимер-вода при различных уровнях относительной влажности. Обнаружена корреляция между энергией дегидратации и нуклеотидным составом природной ДНК. Из экспериментальных данных были рассчитаны некоторые динамические характеристики молекул воды в гидратных оболочках изученных биополимеров. Кроме того, методом Монте-Карло были изучены системы, содержащие динуклеотиды АрА, ТрТ, UpU и водные кластеры различных размеров (20, 40 и 200 молекул воды). Результаты монтекарловского моделирования коррелируют с соответствующими данными калориметрических исследований.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
1. Edelhoch Н, Osborne J.C. Jr. // Adv. Protein Chem. 1976. V.30. P. 183-250.
2. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. М. Мир, 1987. 584с.
3. Saenger W. // Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1987. V. 16. P.93-114.
4. Малеев В.Я., Семенов M.A., Гасан А.И., Кашпур В.А. // Биофизика. 1993. Т.38. С.768-790.
5. Lindsay S.M., Lee S.A., Powell J.M., Weidlich Т., DeMarko С, Lewen G.D., Tao N.J., Rupprecht A. // Biopolymers. 1988. V.27. P.1015-1043.
6. Мревлишвили Г.М. // ДАН СССР 1981. T.260. C.761-764.
7. Vovelle F., Goodfellow J.M. // Int. J. Biol. Macromol. 1990. V. 12. P.369-373.
8. Schneider В., Cohen D., Berman H.M. // Biopolymers. 1992. V.32. P.725-750.
9. Andreasson В., Nordenskiöld L., Eriksson D.-O, Rupprecht А. // Biopolymers. 1994. V.34.P.1605-1614.
10. Lahajnar G, Zupancic I., Rupprecht A. In Biophysics of Water (Franks, F. & Mathias, S, eds). Wiley, New York, 1982. P.231-234.
11. Kim U.-S., Fujimoto B.S., Furlong C.E., Sundstrom J.A., Humbert R, Teller D.C., Schurr J.M. //Biopolymers. 1993. V.33. P. 1725-1745.
12. Sprinz H., Döllstodt R, Hübner G. // Biopolymers. 1969. V.7 P.447-452.
13. Dahlborg U., Rupprecht A. // Biopolymers. 1971. V.10. P.849-863.
14. Liepinsh E., Otting G., Wüthrich K. // Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P.6549-6553.
15. Langan P., Forsyth V.T., Mahendrasingam A., Pigram W.J., Mason S.A., Fuller W. // J. Biomol. Struc, and Dyn. 1992. V.10. P.489-503.
16. Jacobson A., Leupin W, Liepinsh E., Otting G. // Nucleic Acids Res. 1996. V.24. P.2911-2918.
17. Семенов M.A., Малеев В.Я, Сухоруков Б.И. //Биофизика. 1978. Т.23. С.1097-1098.
18. Семенов М.А., Больбух Т.В. // Биофизика. 1984. Т.29. С.377-382.
19. Семенов М.А., Малеев В.Я. // Биофизика. 1986. Т.31. С.764-767.
20. Semenov М.А., Starikov Е.В., Bolbukh T.V. // Stud. Biophys. 1988. V.123. P.217-224.
21. Gasan A.I., Maleev V.Ya., Semenov M.A. // Studia Biophys. 1990. V.130. P.171-178.
22. Wu J.Q., Macgregor R.B. Jr. // Biopolymers. 1995. V.35. P.369-376.
23. Семенов M.A., Гасан А.И., Больбух Т.В, Малеев В.Я. // Биофизика. 1996. Т.41. С. 1007-1015.
24. Marlowe R.L, Lukan A.M, Lee S.A., Anthony L, Chandrasekaran R, Rupprecht A. // J. Biomol. Struc. and Dyn. 1996. V. 14. P.373-379.
25. Воронец Д, Козич Д. Влажный воздух: термодинамические свойства и применение. М. Энергоатомиздат, 1984. 135с.
26. MillerA.A.//J.Chem. Phys. 1963. V.38. P.1568-I571.
27. Nemethy G., Scheraga H.A. //J. Chem. Phys. 1962. V.36. P.3382-3387.
28. Мэлвин-Хьюз Э.А. Физическая химия. T.2. М.Изд-во Иностр. лит, 1962. 266с.
29. Brandes R, Void RR, Kearns D.R, Rupprecht A. // J. Mol. Biol. 1988. V.202. P.321-332.
2. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. М. Мир, 1987. 584с.
3. Saenger W. // Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1987. V. 16. P.93-114.
4. Малеев В.Я., Семенов M.A., Гасан А.И., Кашпур В.А. // Биофизика. 1993. Т.38. С.768-790.
5. Lindsay S.M., Lee S.A., Powell J.M., Weidlich Т., DeMarko С, Lewen G.D., Tao N.J., Rupprecht A. // Biopolymers. 1988. V.27. P.1015-1043.
6. Мревлишвили Г.М. // ДАН СССР 1981. T.260. C.761-764.
7. Vovelle F., Goodfellow J.M. // Int. J. Biol. Macromol. 1990. V. 12. P.369-373.
8. Schneider В., Cohen D., Berman H.M. // Biopolymers. 1992. V.32. P.725-750.
9. Andreasson В., Nordenskiöld L., Eriksson D.-O, Rupprecht А. // Biopolymers. 1994. V.34.P.1605-1614.
10. Lahajnar G, Zupancic I., Rupprecht A. In Biophysics of Water (Franks, F. & Mathias, S, eds). Wiley, New York, 1982. P.231-234.
11. Kim U.-S., Fujimoto B.S., Furlong C.E., Sundstrom J.A., Humbert R, Teller D.C., Schurr J.M. //Biopolymers. 1993. V.33. P. 1725-1745.
12. Sprinz H., Döllstodt R, Hübner G. // Biopolymers. 1969. V.7 P.447-452.
13. Dahlborg U., Rupprecht A. // Biopolymers. 1971. V.10. P.849-863.
14. Liepinsh E., Otting G., Wüthrich K. // Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P.6549-6553.
15. Langan P., Forsyth V.T., Mahendrasingam A., Pigram W.J., Mason S.A., Fuller W. // J. Biomol. Struc, and Dyn. 1992. V.10. P.489-503.
16. Jacobson A., Leupin W, Liepinsh E., Otting G. // Nucleic Acids Res. 1996. V.24. P.2911-2918.
17. Семенов M.A., Малеев В.Я, Сухоруков Б.И. //Биофизика. 1978. Т.23. С.1097-1098.
18. Семенов М.А., Больбух Т.В. // Биофизика. 1984. Т.29. С.377-382.
19. Семенов М.А., Малеев В.Я. // Биофизика. 1986. Т.31. С.764-767.
20. Semenov М.А., Starikov Е.В., Bolbukh T.V. // Stud. Biophys. 1988. V.123. P.217-224.
21. Gasan A.I., Maleev V.Ya., Semenov M.A. // Studia Biophys. 1990. V.130. P.171-178.
22. Wu J.Q., Macgregor R.B. Jr. // Biopolymers. 1995. V.35. P.369-376.
23. Семенов M.A., Гасан А.И., Больбух Т.В, Малеев В.Я. // Биофизика. 1996. Т.41. С. 1007-1015.
24. Marlowe R.L, Lukan A.M, Lee S.A., Anthony L, Chandrasekaran R, Rupprecht A. // J. Biomol. Struc. and Dyn. 1996. V. 14. P.373-379.
25. Воронец Д, Козич Д. Влажный воздух: термодинамические свойства и применение. М. Энергоатомиздат, 1984. 135с.
26. MillerA.A.//J.Chem. Phys. 1963. V.38. P.1568-I571.
27. Nemethy G., Scheraga H.A. //J. Chem. Phys. 1962. V.36. P.3382-3387.
28. Мэлвин-Хьюз Э.А. Физическая химия. T.2. М.Изд-во Иностр. лит, 1962. 266с.
29. Brandes R, Void RR, Kearns D.R, Rupprecht A. // J. Mol. Biol. 1988. V.202. P.321-332.
Цитовано
Як цитувати
VirnikК. М., Gasan, A. I., ShestopalovaА. V., & Maleev, V. Y. (1). ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЕ И ДИНАМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ВОДЫ В ГИДРАТНОЙ ОБОЛОЧКЕ ДНК. Біофізичний вісник, 1(1). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/1646
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
