ТЕРМОДИНАМИКА ПЕРЕХОДОВ СПИРАЛЬ-КЛУБОК В ДУПЛЕКСНЫХ И ТРИПЛЕКСНЫХ КОМПЛЕКСАХ ОЛИГОАДЕНИЛАТА С ОЛИГОТИМИДИЛАТОМ. ВЛИЯНИЕ КОВАЛЕНТНО ПРИСОЕДИНЕННОГО КРАСИТЕЛЯ
Анотація
Проведен термодинамический анализ переходов спираль-клубок комплексов олигонуклеотидов (dA)15 с (dT)10 и (dT)12 , а также с олиготимидилатом, модифицированным интеркалирующим красителем феназином. При соотношениях нитей 1:1 и 1:2 и значениях μ = 0.11 и 1 с помощью модели «двух состояний» и модифицированной модели «застежка-молния» рассчитаны термодинамические параметры переходов ∆H, ∆S и ∆G и константы равновесия для дуплексных и триплексных структур. Обнаружено отклонение экспериментальных зависимостей от модели «двух состояний» для дуплексов с ковалентно присоединенным феназином. Этот эффект интерпретируется как результат влияния примесного триплексного состояния. С помощью расчетов по модели «застежка-молния» установлено, что концевые группы комплексов находятся в частично разупорядоченном состоянии, степень которого возрастает с повышением температуры. Показано, что укрепление обоих типов комплексов за счет присоединения красителя может быть учтено путем умножения константы связывания комплекса на константу присоединения красителя к комплементарной структуре.
Завантаження
Посилання
2. Frank-Kamenetskii M.D., Mirkin S.M.// Annu. Rev. Biochem. 1997. V.64. P.65-95
3. Pilch D.S., Levenson C, Shafer R.H.// Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1990. V.87. P. 1942-1946
4. Hopkins H.P., Hamilton D.D., Wilson W.D., Zon G.// J. Phys. Chem. 1993. V.97. P.6555-6563
5. Kibler-Herzog L., Kell В., Zon G., Shinozuka K., Mizan Sh., Wilson W.D. // Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 3545
6. Pilch D., Brousseau R., Shafer RH.// Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 5743-5750
7. Goodchild J. //Bioconjugate Chem. 1990. V.1. P. 165-187
8. Asseline U., Delarue M., Lancelot G., Toulme F., Thuong N.T., Montenay-Garestier T., Helene С. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1984. V.81. P.3297-3301
9. Lokhov S.G., Podyminogin M.A., Sergeev D.S., Silnikov V.N., Kutyavin I.V.Shishkin G.V., Zarytova V.P. // Biocojugate Chem. 1992. V3. P. 414-419 : -
10. Зозуля B.M., Благой Ю.П., Дубей І.Я., Федоряк О.Д., Щербакова A.C., Федоряк Д.М.// Биополимеры и клетка. 1998. Т. 14. С. 1 -8
11. Applequist J. // J. Phys. Chem. 1963. V.38. P. 934
12. Applequist J., Damle V. // J. Am. Chem. Soc. 1965. V.87. P. 1450
13. Zimm B.H. // J. Phys. Chem. 1960. V.33. P. 1349
14. Riley M., Maling В., Chamberlin M.// J. Mol. Biol. 1966. V. 20. P. 359-389
15. Klump H.H.// Can. J. Chem. 1988. V. 66. P. 804-811
16. Hopkins H.P., Hamilton D.D., Wilson W.D., Campbell J., Fumero J.// J. Chem. Thermodynamics. 1993. V.25. P.111-126
17. Zozulya V., Blagoi Yu., Lober G., Voloshin I.,Winter S., Makitruk V., Shalamay A.// Biophysical. Chem. 1997. V. 65. P. 55-63
18. Krakauer H., Sturtevant J.M. // Biopolymers. 1968. V.6. P. 491
19. Martin F.H., Uhlenbeck O.C., Doty P. // J. Mol, Biol. 1971. V. 57. P. 201
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
