Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в коллагеновых структурах
Анотація
Проведен расчет динамического резонансного взаимодействия карбонильных колебаний атомов в модельной коллагеновой структуре [(PRO-PRO-GLY)10]3 в диполь-дипольном приближении на основании теории молекулярных экситонов. Найдено смещение частот валентных колебаний СО-групп за счет резонансного взаимодействия моментов переходов карбонильных колебаний, образования межпептидных водородных связей и водородных связей с водой. Оценен сравнительный вклад энергий водородных связей с водой, межпептидных водородных связей и других типов взаимодействия в общую энергию стабилизации структур коллагенового типа.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Chirgadze IuN. Inrakrasnaia spektroskopiia polimerov i belkov. Itogi nauki i tekhniki. Molekuliarnaia biologiia. Moskva. 1973. (in Russian)
Eliot A. Infrakrasnye spektry i struktura polimerov. M.:Mir; 1972. (in Russian)
Lazarev YuA, Chishkovsky BA, Chromova TB. Amid I band of IR spectrum and structure of collagen and related polypeptides. Biopolymers. 1985;24(7):1449-78.
Yonath A, Traub W. Polymers of as collagen models IV. Structure analysis of poly (L-proly-glycy-L-prolyne). J. Molecular Biol. 1969;43(3):461-77.
Okuyuma K, Arnott S. Crystal and molecular structure of a collagen-like polypeptide (pro-pro-gly)10. J. Mol. Biol. 1981;152(2):427-43.
Lazarev IuA. Strukturoobrazovanie spirali kollagenovogo tipa v sinteticheskikh oligo- i politripeptidakh. Dis. dok. fiz.-mat. Nauk, Moskva, MGU, 1987.
Miyazawa TJ. Pertubation treatment of the characteristic vibrations of polypeptide chains in various configuraytions. J. Chem. Phys. 1960;32:1647-52.
Krimm S, Abe Y. Intermolecular interaction effects in the Amide I vibrations of B polypeptides. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1972;69(10):2788-92.
Chirgadze IuN, Nevskaia NA. Rezonansnye vzaimodeistviia osnovnykh amidnykh kolebanii v uporiadochennykh peptidnykh strukturakh. Dokl. AN SSSR. 1973;208(2):447-50.
Fukushima K, Jdeguchi Y, Miyazawa T. The normal vibrations of polyglycine I. Bull. Chem. Soc. Japan. 1963;36:1301-7.
Semenov MA, Bolbuch TV. Carbonyl vibration resonance interactions helical polynucleotides Poly(dA)-Poly(dT) and PolyG-PolyC. Studia biophysica. 1984;102(3):215-20.
Semenov MA, Bereznyak EG. Hydration and stability of nucleic acids in the condenced state. Comments Mol. Cel. Biophys. 2000;10(1):1-23.
Davydov AS. Teoriia pogloshcheniia sveta v molekuliarnykh kristallakh. Kiev: AN USSR; 1951.
Semenov MA, Bolbukh TV. Rezonansnye vzaimodeistviia karbonilnykh kolebanii v spiralnykh polipeptidakh. Kharkov; 1982. p.28.
Berisio R, Vitagliano L, Mazzarella L, Zagari A. rystal structure of the collagen triple helix model [(PRO-PRO-GLY)10)3. Protein Sci.2002;11:262-70.
Gribov LA. Teoriia infrakrasnykh spektrov polimerov. M.:Nauka; 1977. (in Russian)
Basharov MA, Volkenshtein MV, Golovanov IB, Lazarev IuN, Sobolev VM. Nπ-sviazi v amidakh i peptidakh. Dokl. AN SSSR. 1986;287:211-5. (in Russian)
Semenov MA. Gidratatciia i strukturnoe sostoianie nukleinovykh kislot v kondensirovannom sostoianii. Dis. dok. fiz.-mat. nauk. Moskva:MGU. 1990. (in Russian)
Gasan AL, Maleev VYa, Semenov MA. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen. Studia. Biophysica. 1990;136(2-3):171-8.
Engle J, Chen H-T, Prockop DJ. The triple helix-coil conversion of collagen-like polytripeptides in aqueous and nonagueous solvents. Comparison of the thermodynamic parameters and the binding of water to (L-Pro-L-Pro-Gly)n and (L-Pro-L-Hyp-Gly)n. Biopolymers. 1977;16:601-22.
Eliot A. Infrakrasnye spektry i struktura polimerov. M.:Mir; 1972. (in Russian)
Lazarev YuA, Chishkovsky BA, Chromova TB. Amid I band of IR spectrum and structure of collagen and related polypeptides. Biopolymers. 1985;24(7):1449-78.
Yonath A, Traub W. Polymers of as collagen models IV. Structure analysis of poly (L-proly-glycy-L-prolyne). J. Molecular Biol. 1969;43(3):461-77.
Okuyuma K, Arnott S. Crystal and molecular structure of a collagen-like polypeptide (pro-pro-gly)10. J. Mol. Biol. 1981;152(2):427-43.
Lazarev IuA. Strukturoobrazovanie spirali kollagenovogo tipa v sinteticheskikh oligo- i politripeptidakh. Dis. dok. fiz.-mat. Nauk, Moskva, MGU, 1987.
Miyazawa TJ. Pertubation treatment of the characteristic vibrations of polypeptide chains in various configuraytions. J. Chem. Phys. 1960;32:1647-52.
Krimm S, Abe Y. Intermolecular interaction effects in the Amide I vibrations of B polypeptides. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1972;69(10):2788-92.
Chirgadze IuN, Nevskaia NA. Rezonansnye vzaimodeistviia osnovnykh amidnykh kolebanii v uporiadochennykh peptidnykh strukturakh. Dokl. AN SSSR. 1973;208(2):447-50.
Fukushima K, Jdeguchi Y, Miyazawa T. The normal vibrations of polyglycine I. Bull. Chem. Soc. Japan. 1963;36:1301-7.
Semenov MA, Bolbuch TV. Carbonyl vibration resonance interactions helical polynucleotides Poly(dA)-Poly(dT) and PolyG-PolyC. Studia biophysica. 1984;102(3):215-20.
Semenov MA, Bereznyak EG. Hydration and stability of nucleic acids in the condenced state. Comments Mol. Cel. Biophys. 2000;10(1):1-23.
Davydov AS. Teoriia pogloshcheniia sveta v molekuliarnykh kristallakh. Kiev: AN USSR; 1951.
Semenov MA, Bolbukh TV. Rezonansnye vzaimodeistviia karbonilnykh kolebanii v spiralnykh polipeptidakh. Kharkov; 1982. p.28.
Berisio R, Vitagliano L, Mazzarella L, Zagari A. rystal structure of the collagen triple helix model [(PRO-PRO-GLY)10)3. Protein Sci.2002;11:262-70.
Gribov LA. Teoriia infrakrasnykh spektrov polimerov. M.:Nauka; 1977. (in Russian)
Basharov MA, Volkenshtein MV, Golovanov IB, Lazarev IuN, Sobolev VM. Nπ-sviazi v amidakh i peptidakh. Dokl. AN SSSR. 1986;287:211-5. (in Russian)
Semenov MA. Gidratatciia i strukturnoe sostoianie nukleinovykh kislot v kondensirovannom sostoianii. Dis. dok. fiz.-mat. nauk. Moskva:MGU. 1990. (in Russian)
Gasan AL, Maleev VYa, Semenov MA. Role of water in stabilizing the helical biomacromolecules DNA and collagen. Studia. Biophysica. 1990;136(2-3):171-8.
Engle J, Chen H-T, Prockop DJ. The triple helix-coil conversion of collagen-like polytripeptides in aqueous and nonagueous solvents. Comparison of the thermodynamic parameters and the binding of water to (L-Pro-L-Pro-Gly)n and (L-Pro-L-Hyp-Gly)n. Biopolymers. 1977;16:601-22.
Опубліковано
2018-06-25
Цитовано
Як цитувати
Melezhik, Y. P., & Semenov, M. A. (2018). Резонансные взаимодействия карбонильных колебаний в коллагеновых структурах. Біофізичний вісник, 2(13), 62-67. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12411
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
