Статистичні збудження макромолекули ДНК з гетерономною конформацією
Ключові слова:
ДНК, альтернована послідовність, гетерономна конформація, моделювання, ТАТА-бокс
Анотація
Побудовано модель структурної рухливості макромолекули ДНК в гетерономній конформації, для якої характерно співіснування різних форм цукрі (C3' endo, C2' endo) в парі нуклеотидів. Для гетерономної ДНК розглянуто конфірмаційну перебудову двотяжевої структури з одночасною зміною конформацій цукрів в парі. Нелінійність системи враховано формою потенційної функції переходу C3 '-C2' в цурках і взаємозв’язком переходу з деформацією макромолекули. З’ясовано, що в області переходу зміщення мономерів описується конфірмаційним солітоном, який спричиняє макроскопічну деформацію макромолекули. Співставлення одержаних результатів з експериментом дозволяє стверджувати, що виявлені конформаційні збудження можуть реалізуватися в ТАТА-боксі ДНК.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Zenger V.Printcipy strukturnoi organizatcii nukleinovykh kislot. Moskva:Mir; 1987. (in Russian)
Klug A, Jack A, Viswamitra MA. J. Mol. Biol. 1979;131:669-80.
Shindo H, Simpson RT, Cohen JS. J. Biol. Chem. 1979;254:8125-8.
Shindo H, Zimmerman SB. Nature. 1980;283:690-1.
Taillander E, Ridox JP. Biochemistry. 1987;26:3361-8.
Thomas GA, Peticolas. J. Am. Chem. Soc. 1983;105:993-6.
Patapoff TW, Thomas GA, Wang Y, Peticolas WL. Biopolymers. 1988;27:493-507.
Miskovsky P, Chinsky L, Laiglr A, Turpin PK. J. Biomol. Struct & Dyn. 1989;7:623-36.
Thomas GA, Benevides JM. Biopolymers. 1985;24:1101-5.
Adam S, Liquier J, Taboury JA, Taillandier E. Biochemistry. 1986;25:3220-5.
Liquiers J, Taillandier E, Peticolas, Thomas GA. J. Biomol. Struct. & Dyn. 1990;8:295-302.
Brahms S, Fritch V, Brahms JG, Westhot E. J. Mol. Biol. 1992;223:455-76.
Klug A. Nature. 1993;365:486-7.
Kim Y, Geiger JH, Hahn S, Sigler PB. Nature. 1993;365:512-27.
Kim JL. Burley SK. Nature Struct. Biol. 1994;1:638-51.
Juo ZS, Chiu TK, Leiberman PM, Baikalov I, Berk J, Dickerson RE. J. Mol. Biol. 1996;261:2390-254.
Star DB, Heopes BC, Hawley DK. J. Mol. Biol. 1995;250:434-46.
Guzikevich-Guersten G, Shakked Z. Nature Struct. & Dyn. 1996;13:593-600.
Lavery R, Flatters D. Biophys. J. 1998;75:372-81.
Nesterova EN, Chuprina VP, Poltev VI. Mol. Biol. 1999;33:845-54. (in Russian)
Volkov SN, Kosevich AM. Molekuliarnaia biologiia. 1987;21:797-806. (in Russian)
Volkov SN, Kosevich AM, Vainreb GE. iopolimery i kletka. 1989;5:32-9. (in Russian)
Levitt M, Warshel A. J. Amer. Chem. Soc. 1978;100:2607-13.
Olson WK, Sussman JL. J. Amer. Soc. 1982;104:270-87.
Lu X, Shakked Z, Olson WK. J. Mol. Biol. 2000;300:819-40.
Ivanov VI. Biopolimery i kletka. 1990;1:21-31. (in Russian)
Volkov SN. J. Theor. Biol. 1990;143:485-96.
Klug A, Jack A, Viswamitra MA. J. Mol. Biol. 1979;131:669-80.
Shindo H, Simpson RT, Cohen JS. J. Biol. Chem. 1979;254:8125-8.
Shindo H, Zimmerman SB. Nature. 1980;283:690-1.
Taillander E, Ridox JP. Biochemistry. 1987;26:3361-8.
Thomas GA, Peticolas. J. Am. Chem. Soc. 1983;105:993-6.
Patapoff TW, Thomas GA, Wang Y, Peticolas WL. Biopolymers. 1988;27:493-507.
Miskovsky P, Chinsky L, Laiglr A, Turpin PK. J. Biomol. Struct & Dyn. 1989;7:623-36.
Thomas GA, Benevides JM. Biopolymers. 1985;24:1101-5.
Adam S, Liquier J, Taboury JA, Taillandier E. Biochemistry. 1986;25:3220-5.
Liquiers J, Taillandier E, Peticolas, Thomas GA. J. Biomol. Struct. & Dyn. 1990;8:295-302.
Brahms S, Fritch V, Brahms JG, Westhot E. J. Mol. Biol. 1992;223:455-76.
Klug A. Nature. 1993;365:486-7.
Kim Y, Geiger JH, Hahn S, Sigler PB. Nature. 1993;365:512-27.
Kim JL. Burley SK. Nature Struct. Biol. 1994;1:638-51.
Juo ZS, Chiu TK, Leiberman PM, Baikalov I, Berk J, Dickerson RE. J. Mol. Biol. 1996;261:2390-254.
Star DB, Heopes BC, Hawley DK. J. Mol. Biol. 1995;250:434-46.
Guzikevich-Guersten G, Shakked Z. Nature Struct. & Dyn. 1996;13:593-600.
Lavery R, Flatters D. Biophys. J. 1998;75:372-81.
Nesterova EN, Chuprina VP, Poltev VI. Mol. Biol. 1999;33:845-54. (in Russian)
Volkov SN, Kosevich AM. Molekuliarnaia biologiia. 1987;21:797-806. (in Russian)
Volkov SN, Kosevich AM, Vainreb GE. iopolimery i kletka. 1989;5:32-9. (in Russian)
Levitt M, Warshel A. J. Amer. Chem. Soc. 1978;100:2607-13.
Olson WK, Sussman JL. J. Amer. Soc. 1982;104:270-87.
Lu X, Shakked Z, Olson WK. J. Mol. Biol. 2000;300:819-40.
Ivanov VI. Biopolimery i kletka. 1990;1:21-31. (in Russian)
Volkov SN. J. Theor. Biol. 1990;143:485-96.
Опубліковано
2018-06-25
Цитовано
Як цитувати
Kanevska, P. P., & Volkov, S. N. (2018). Статистичні збудження макромолекули ДНК з гетерономною конформацією. Біофізичний вісник, 2(13), 48-54. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12375
Розділ
Молекулярна біофізика
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
