Врахування впливу теплоємності при аналізі термодинаміки утворення дуплексів самокомплементарних дезоксиолігонуклеотидів у водному розчині
Ключові слова:
олігонуклеотид, нуклеїнова кислота, ДНК, самоасоціація, хімічне зрушення, теплоємність, ентальпія, ЯМР - спектроскопія
Анотація
Досліджено термодинаміку утворення дуплексів самокомплементарних дезоксиолігонуклеотидів 5-d(TpGpCpA), 5-d(ApGpCpT), 5-d(CpGpCpG), 5-d(GpCpGpC), 5-d (CpGpCpGpCp (GpCpApTpGpC) у водному розчині методом 1H ЯМР спектроскопії (500МГц). Термодинамічні параметри визначені за температурними залежностями протонних хімічних зрушень олігомерів з використанням моделі, що враховує кінцеву величину зміни теплоємності та температурну залежність ентальпії утворення дуплекса. Середнє значення зміни теплоємності при утворенні дуплексів досліджених дезоксиолігонуклеотидних послідовностей <дельта Cp >= - (86±32) кал/(моль пар основ К) знаходиться у добрій згоді з даними, отриманими калориметричними методами для більш довгих дезоксиолігонуклеотилів та полінуклеотидних послідовностей.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Lane AN, Jenkins TS. Quart. Rev. Biophys. 2000;33:255-306.
Veselkov AN, Davies DB. Anti-Cancer Drug Design: Biological and Biophysical Aspects of Synthetic Phenoxazone Derivatives: SevNTU Press; 2002. 259p.
Plum GE, Breslauer KJ. J. Molec. Biol. 1995;248:679-95.
SantaLucia J. Proc. Nath. Acad. Sci. USA.1998;95:1460-5.
Chalikian TV, Volker T, Plum GE, Breslauer KJ, Proc. Nath. Acad. Sci. USA. 1999;96:7853-8.
Jelesarov I. Grane-Robinson C, Privalov PL. J. Molec. Biol. 1999;294:981-95.
Veselkov AN,Devis D, Dymant LN, Parkes Kh, Shipp D. Biopolimery i kletka. 1991;7(5):15-22. (in Russian)
Veselkov AN, Dymant LN, Kodintcev VV, Lisiutin VA, Parkes Kh, Devis D. Biofizika. 1995;40:283-92. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Iton RDzh, Devis DB. Biofizika. 2000;45(1):20-6. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Rogova OV, Volynkin VS, Dymant LN, Iton RDzh, Devis DB. Biofizika. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Iton RDzh, Devis DB. Doklady NAN Ukrainy. 2001;5:95-101. (in Russian)
Hopkins HP, Fumero JrJ, Wilson WD. Biopolym. 1990;29:449-59.
Veselkov AN, Devis D, Dymant LN, Parkes Kh. Biofizika. 1993;38:627-35. (in Russian)
Albergo D, Turner DH, Marky LA, Breslauer KJ. Biochemistry. 1981;20(6):1409-13.
Veselkov AN, Djimant LN, Karawajew LS, Kulikov EL. Studia Biophysica. 1985;120:171-80.
Gusnin SIu, Omelianov GA, Reznikov GV, Sirotkin VS. Minializatciia v inzhenernykh raschetakh na EVM. Biblioteka programm. M.: Mashinostroenie; 1981. 120p. (in Russian)
Holbrock JA, Capp MW, Saecker RM, Record MTJr. Biochemistry. 1999;38:8409-22.
Virnik KM, Gasan AI, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vestnik. 1998;1:41-9. (in Russian)
Chalikian TV, Sarvazian AP, Plum E, Breslauer K. 1994;33:2394-2401.
Veselkov AN, Davies DB. Anti-Cancer Drug Design: Biological and Biophysical Aspects of Synthetic Phenoxazone Derivatives: SevNTU Press; 2002. 259p.
Plum GE, Breslauer KJ. J. Molec. Biol. 1995;248:679-95.
SantaLucia J. Proc. Nath. Acad. Sci. USA.1998;95:1460-5.
Chalikian TV, Volker T, Plum GE, Breslauer KJ, Proc. Nath. Acad. Sci. USA. 1999;96:7853-8.
Jelesarov I. Grane-Robinson C, Privalov PL. J. Molec. Biol. 1999;294:981-95.
Veselkov AN,Devis D, Dymant LN, Parkes Kh, Shipp D. Biopolimery i kletka. 1991;7(5):15-22. (in Russian)
Veselkov AN, Dymant LN, Kodintcev VV, Lisiutin VA, Parkes Kh, Devis D. Biofizika. 1995;40:283-92. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Iton RDzh, Devis DB. Biofizika. 2000;45(1):20-6. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Rogova OV, Volynkin VS, Dymant LN, Iton RDzh, Devis DB. Biofizika. (in Russian)
Veselkov AN, Pakhomov VI, Iton RDzh, Devis DB. Doklady NAN Ukrainy. 2001;5:95-101. (in Russian)
Hopkins HP, Fumero JrJ, Wilson WD. Biopolym. 1990;29:449-59.
Veselkov AN, Devis D, Dymant LN, Parkes Kh. Biofizika. 1993;38:627-35. (in Russian)
Albergo D, Turner DH, Marky LA, Breslauer KJ. Biochemistry. 1981;20(6):1409-13.
Veselkov AN, Djimant LN, Karawajew LS, Kulikov EL. Studia Biophysica. 1985;120:171-80.
Gusnin SIu, Omelianov GA, Reznikov GV, Sirotkin VS. Minializatciia v inzhenernykh raschetakh na EVM. Biblioteka programm. M.: Mashinostroenie; 1981. 120p. (in Russian)
Holbrock JA, Capp MW, Saecker RM, Record MTJr. Biochemistry. 1999;38:8409-22.
Virnik KM, Gasan AI, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vestnik. 1998;1:41-9. (in Russian)
Chalikian TV, Sarvazian AP, Plum E, Breslauer K. 1994;33:2394-2401.
Опубліковано
2003-06-05
Цитовано
Як цитувати
Барановський, С., Болотін, П. А., Ернандес СантьягоA., Осетрів, С. Г., Мухіна, Ю., & Веселків, О. (2003). Врахування впливу теплоємності при аналізі термодинаміки утворення дуплексів самокомплементарних дезоксиолігонуклеотидів у водному розчині. Біофізичний вісник, 2(13), 23-29. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12368
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2003 Биофизический вестник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
