Моделювання структурних перебудов ДНК. Статистичні деформації
Анотація
Розглянуто рухливість структурних елементів макромолекули ДНК на проміжних (мезоскопічних) масштабах. Використовуючи двокомпонентну модель конфомаційної рухливості подвійної спіралі досліджено статистичні стани системи (основний, метастабільний та статистично збудження), які можуть спостерігатися безпосередньо в експерименті. Визначено вигляд потенційної енергії системи в умовах вигідності однієї з конформацій та в умовах бістабільності форм макромолекули. Знайдено форму статистичного збудження для внутрішньої і зовнішньої компонент макромолекули з еквівалентними і нееквівалентними стабільними станами мономерної ланки. Показано згоду між теорією і відомими експериментами для деформованих фрагментів подвійної спіралі ДНК. Відзначено кореляцію між реформованістю макромолекули і кількістю конфірмаційних збуджень, що в тній реалізуються.
Завантаження
Посилання
Kim Y, Geiger JH, Hahn S, Sigler PB. Nature. 1993;365:512-20.
Kim JL, Nikolov DB, Burley SK. Nature. 1993;365:520-7.
Nikolov DB, Burley SK. Proc Natl Acad Sci USA. 1997;94:15-22.
Jacobo-Molina A, Ding J. Proc Natl Acad Sci USA. 1993;90:6320-4.
Takara PM, Frederic CA, Lippard SJ. J Am Chem Soc. 1996;118:12309-21.
Ding J,Hughes SH, Arnold E. J Mol Biol. 1997;244:125-38.
Lu X-J, Shakked Z, Olson WK. J Mol Biol. 2000;200:819-40.
Van Aalten DMF, Erlanson DA, Verdine GL, Joshua-Tor L. Proc Nat Ac Sci USA. 1999;96:11809-14.
Crothers DM, Haran TE, Nadeau JG. J Biol Chem. 1990;265:7093-6.
Chan SS, Breslauer KJ. Biochemistry. 2009;29:6161-71.
Olson WK, Marky NL, Jernigan RL, Zhurkin VB. J Mol Biol. 1993;232:530-54.
Smith SB, Finzi L, Bustamante C. Science. 1992;258:1122-6.
Cluzel P, Lebrun A, Heller C, Lavery R, Violy J-L, Chatenay D et al. Science. 1996;271:792-4.
Smith SB, Cui Y, Bustamante C. Science. 1996;271:795-8.
Lebrun A, Lavery R. Current Opinion in structural biology. 1997;7:348-54.
Volkov SN. Biophysical bulletin. 2000;2(7):7-15.
Volkov SN, Kosevich AM. Molecular Biology. 1987;21:797-806.
Volkov SN, Kosevich AM, Vajnreb GE. Biopolymers and Cell. 1989;5:32-9.
Volkov SN, Kosevich AM. J biomolec struct dynamics. 1991;8:1069-83.
Saenger V. Principles of Nucleic Acid Structure. M:Mir; 1987.
Lavery R. Adv Comput Biol. 1994;1:69-145.
Matsumoto A, Olson WK. Biophys J. 2002;83:22-41.
Volkov SN. J Theor Biol. 1990;143:485-96.
Zhon H, Zhang Y, Ou-Yang Z. Phys Rev. 2000;62:1045-58.
Ivanov VI. Molecular Biology. 1983;17:616-21.
Ivanov VI, Minchenkova LE, Burckhard G, Birch-Hirschfeld E, Fritzsche H, Zimmer Ch. Biophys J. 1996;71:3344-9.
Nesterova EN, CHuprina VP, Poltev VI. Molecular Biology. 1999;33:845-54.
Fick KE, Jurica MS, Monmat RJ, Stoddard BL. Nature. 1998;394:96-101.
Olson WK, Zhurkin VB. Current opinion in structural biology. 2000;10:286-97.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
