ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА

  • А. В. Шестопалова Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков
  • Д. Б. Анищенко Харьковский государственный университет, пл. Свободы, 4, 310077, Харьков
  • В. Я. Малеев Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков

Abstract

Методом Монте Карло изучены процессы ассоциации нейтральной и протонированной по N3 положению форм цитозина в воде и влияние протонирования на взаимодействие ассоциатов цитозина с водным окружением. Получены энергетические и структурные характеристики систем, содержащих водородносвязанную (ВС-) пару нейтрального (С) и протонированного (С+) цитозина, стэкинг-димеры обеих форм цитозина и 200 молекул воды. Показано, что образование ВС-пары в воде энергетически невыгодно, а вакууме такая пара стабильна. Образование стэкинг-димеров С-С и С+-С+ в воде энергетически выгодно. Энергетическая предпочтительность образования стэкинг-димера С-С в воде обусловлена как взаимодействием димер-вода, так и энергетически выгодным изменением структуры воды при образовании стэкинг-димера из двух изолированных цитозинов. Энергетическая предпочтительность формирования стэкинг-димера С+-Ст в воде определяется сильным взаимодействием димер-вода и образованием водных  мостиков между цитозинами, которые стабилизируют такой ассоциат. Определены схемы гидратации трех ассоциатов

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: ассоциаты цитозина, протонирование, гидратация, метод Монте Карло

Downloads

Download data is not yet available.

References

1. Семенов М. А., Стариков Е. Б., Больбух Т.В., Малеев В.Я. //Биофизика, 1989, т.34, № 3, с.38-46.


2. Шестопалова A.B., Анищенко В.Д., Малеев В.Я. // Bісник ХДУ №450, Біофізичний вісник, 1999, №2, с. 17-22.


3. Maleev V.Ya.and oth. // Spectroscopy of biological molecules: new directions, Abs.8th Eur.Conf., 29 Aug.-9 Sept. 1999, The Netherlands, p.227-228.


4. Arnott S., Chandrasekaran R., Leslie A.G.W. // J.Mol.Biol.,1976, v.106, p.735-748.


5. Chou C.H., Thomas G.J. //Biopolymers, 1977, v.16, N5, p.765-775.


6. Egli M., Portman S., Usman N. // Biochemistry, 1996, v.35, N 26, p.8489-8494.


7. Ts'o P.O.P. // Basic Principles in Nucleic Acids Chemistry, Ed., Ts'o P.O.P..New York; London:Acad.Press, 1974, v.1,p.453-584.


8. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F.// Biopolymers, 1979, v. 18, N 11, p. 1149-1170.


9. Danilov V.I., Tolokh I.S. // J.Biomol.Struct.Dyn., 1990, v.7,N. 5, p. 1167-1183.


10. Danilov V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1997, V.15,N 1,p.69-80.


11. Sponer J, Leszczynsky J,Vetterl V, Hobza P. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1996, v. 13, N.4. p.695-706.


12. Poltev V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v. 16, N 2,p.289-300.

13. Poltev V.I, Groklina T.I, Malenkov G.G. // J.Biomol.Struct.Dyn, 1984. v.2, N 3, p.413-429.


14. Florian J, Baumruk V, Leszczynski J. // J.Phys.Chem, 1996, v.100, N 13, p.5578-5589 .

15. Kulinska K,Kulinski T, Stawinski J,Laaksonen A. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v.15, N 5. p. 987-998.
Cited
How to Cite
Шестопалова, А. В., Анищенко, Д. Б., & Малеев, В. Я. (1). ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА. Biophysical Bulletin, 3(5). Retrieved from https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2456
Issue
Vol. 3 No. 5 (1999): Біофізичний вісник
Section
Molecular biophysics

Authors who publish with this journal agree to the following terms:

  1. Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
  2. Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
  3. Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).