ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА

  • А. В. Шестопалова Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков
  • Д. Б. Анищенко Харьковский государственный университет, пл. Свободы, 4, 310077, Харьков
  • В. Я. Малеев Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков

Анотація

Методом Монте Карло изучены процессы ассоциации нейтральной и протонированной по N3 положению форм цитозина в воде и влияние протонирования на взаимодействие ассоциатов цитозина с водным окружением. Получены энергетические и структурные характеристики систем, содержащих водородносвязанную (ВС-) пару нейтрального (С) и протонированного (С+) цитозина, стэкинг-димеры обеих форм цитозина и 200 молекул воды. Показано, что образование ВС-пары в воде энергетически невыгодно, а вакууме такая пара стабильна. Образование стэкинг-димеров С-С и С++ в воде энергетически выгодно. Энергетическая предпочтительность образования стэкинг-димера С-С в воде обусловлена как взаимодействием димер-вода, так и энергетически выгодным изменением структуры воды при образовании стэкинг-димера из двух изолированных цитозинов. Энергетическая предпочтительность формирования стэкинг-димера С+т в воде определяется сильным взаимодействием димер-вода и образованием водных  мостиков между цитозинами, которые стабилизируют такой ассоциат. Определены схемы гидратации трех ассоциатов

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: ассоциаты цитозина, протонирование, гидратация, метод Монте Карло

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Посилання

1. Семенов М. А., Стариков Е. Б., Больбух Т.В., Малеев В.Я. //Биофизика, 1989, т.34, № 3, с.38-46.


2. Шестопалова A.B., Анищенко В.Д., Малеев В.Я. // Bісник ХДУ №450, Біофізичний вісник, 1999, №2, с. 17-22.


3. Maleev V.Ya.and oth. // Spectroscopy of biological molecules: new directions, Abs.8th Eur.Conf., 29 Aug.-9 Sept. 1999, The Netherlands, p.227-228.


4. Arnott S., Chandrasekaran R., Leslie A.G.W. // J.Mol.Biol.,1976, v.106, p.735-748.


5. Chou C.H., Thomas G.J. //Biopolymers, 1977, v.16, N5, p.765-775.


6. Egli M., Portman S., Usman N. // Biochemistry, 1996, v.35, N 26, p.8489-8494.


7. Ts'o P.O.P. // Basic Principles in Nucleic Acids Chemistry, Ed., Ts'o P.O.P..New York; London:Acad.Press, 1974, v.1,p.453-584.


8. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F.// Biopolymers, 1979, v. 18, N 11, p. 1149-1170.


9. Danilov V.I., Tolokh I.S. // J.Biomol.Struct.Dyn., 1990, v.7,N. 5, p. 1167-1183.


10. Danilov V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1997, V.15,N 1,p.69-80.


11. Sponer J, Leszczynsky J,Vetterl V, Hobza P. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1996, v. 13, N.4. p.695-706.


12. Poltev V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v. 16, N 2,p.289-300.

13. Poltev V.I, Groklina T.I, Malenkov G.G. // J.Biomol.Struct.Dyn, 1984. v.2, N 3, p.413-429.


14. Florian J, Baumruk V, Leszczynski J. // J.Phys.Chem, 1996, v.100, N 13, p.5578-5589 .

15. Kulinska K,Kulinski T, Stawinski J,Laaksonen A. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v.15, N 5. p. 987-998.
Цитовано
Як цитувати
Шестопалова, А. В., Анищенко, Д. Б., & Малеев, В. Я. (1). ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА. Біофізичний вісник, 3(5). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2456
Розділ
Молекулярна біофізика