ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА

  • А. В. Шестопалова Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков
  • Д. Б. Анищенко Харьковский государственный университет, пл. Свободы, 4, 310077, Харьков
  • В. Я. Малеев Институт радиофизики и электроники НАН Украины, ул. Академика Проскуры 12, 310085, Харьков

Анотація

Методом Монте Карло изучены процессы ассоциации нейтральной и протонированной по N3 положению форм цитозина в воде и влияние протонирования на взаимодействие ассоциатов цитозина с водным окружением. Получены энергетические и структурные характеристики систем, содержащих водородносвязанную (ВС-) пару нейтрального (С) и протонированного (С+) цитозина, стэкинг-димеры обеих форм цитозина и 200 молекул воды. Показано, что образование ВС-пары в воде энергетически невыгодно, а вакууме такая пара стабильна. Образование стэкинг-димеров С-С и С+-С+ в воде энергетически выгодно. Энергетическая предпочтительность образования стэкинг-димера С-С в воде обусловлена как взаимодействием димер-вода, так и энергетически выгодным изменением структуры воды при образовании стэкинг-димера из двух изолированных цитозинов. Энергетическая предпочтительность формирования стэкинг-димера С+-Ст в воде определяется сильным взаимодействием димер-вода и образованием водных  мостиков между цитозинами, которые стабилизируют такой ассоциат. Определены схемы гидратации трех ассоциатов

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: ассоциаты цитозина, протонирование, гидратация, метод Монте Карло

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Посилання

1. Семенов М. А., Стариков Е. Б., Больбух Т.В., Малеев В.Я. //Биофизика, 1989, т.34, № 3, с.38-46.


2. Шестопалова A.B., Анищенко В.Д., Малеев В.Я. // Bісник ХДУ №450, Біофізичний вісник, 1999, №2, с. 17-22.


3. Maleev V.Ya.and oth. // Spectroscopy of biological molecules: new directions, Abs.8th Eur.Conf., 29 Aug.-9 Sept. 1999, The Netherlands, p.227-228.


4. Arnott S., Chandrasekaran R., Leslie A.G.W. // J.Mol.Biol.,1976, v.106, p.735-748.


5. Chou C.H., Thomas G.J. //Biopolymers, 1977, v.16, N5, p.765-775.


6. Egli M., Portman S., Usman N. // Biochemistry, 1996, v.35, N 26, p.8489-8494.


7. Ts'o P.O.P. // Basic Principles in Nucleic Acids Chemistry, Ed., Ts'o P.O.P..New York; London:Acad.Press, 1974, v.1,p.453-584.


8. Yanson I.K., Teplitsky A.B., Sukhodub L.F.// Biopolymers, 1979, v. 18, N 11, p. 1149-1170.


9. Danilov V.I., Tolokh I.S. // J.Biomol.Struct.Dyn., 1990, v.7,N. 5, p. 1167-1183.


10. Danilov V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1997, V.15,N 1,p.69-80.


11. Sponer J, Leszczynsky J,Vetterl V, Hobza P. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1996, v. 13, N.4. p.695-706.


12. Poltev V.I. and oth. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v. 16, N 2,p.289-300.

13. Poltev V.I, Groklina T.I, Malenkov G.G. // J.Biomol.Struct.Dyn, 1984. v.2, N 3, p.413-429.


14. Florian J, Baumruk V, Leszczynski J. // J.Phys.Chem, 1996, v.100, N 13, p.5578-5589 .

15. Kulinska K,Kulinski T, Stawinski J,Laaksonen A. //J.Biomol.Struct.Dyn, 1998, v.15, N 5. p. 987-998.
Цитовано
Як цитувати
Шестопалова, А. В., Анищенко, Д. Б., & Малеев, В. Я. (1). ИЗУЧЕНИЕ ГИДРАТАЦИИ РАЗЛИЧНЫХ СТРУКТУРНЫХ ФОРМ ПОЛИРИБОЦИТИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ И ЕЕ КОМПОНЕНТОВ МЕТОДОМ МОНТЕ КАРЛО. 2. ВЛИЯНИЕ ПРОТОНИРОВАНИЯ НА ГИДРАТАЦИЮ АССОЦИАТОВ ЦИТОЗИНА. Біофізичний вісник, 3(5). вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2456
Номер
Том 3 № 5 (1999): Біофізичний вісник
Розділ
Молекулярна біофізика

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  3. Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).