Термодинамічний аналіз переходу 3->2 в триспіральних олігонуклеотидних комплексах dAn-2dTm
Анотація
В роботі розглянуто можливість термодинамічного опису переходу в олігомерних комплексах dA15-2dT10 та dA19-2dT19 із триплексної форми в дуплекс + одна спіраль (перехід 3—>2) за допомогою моделі "Staggering Zipper" ("Застібка-блискавка") та за умов припущення, шо перехід є бімолекулярною реакцією A·2B<=>AB+B. Було показано, шо при фізично обгрунтованих значеннях термодинамічних параметрів (ΔH23, ΔS23, параметра нуклеації β23 та інших) модель адекватно описує експериментальні криві плавлення для триплексів з різною довжиною ланцюгів олігонуклеотидів і за різними іонними умовами.Крім того, в роботі вивчено вплив на параметри переходу ковалентно приєднаного до dT10 барвника, інтеркалюючого поміж A·T парами дуплекса. Проаналізовано можливі причини, зумовлюючі значну дисперсію експериментальних даних, отриманих для ΔH32 різними методами (DSC, ITC, аналіз за ван'т Гоффом та іншими). Показано, що розупорядкування кінців триплексів і дуплексів має значний вплив на форму кривих плавлення та на термодинамічні параметри переходів.
Завантаження
Посилання
2. Roberts, R.W., Crothers, DM.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1996, v. 93, p. 4320-4325.
3. Plum, G.E., Breslauer, K.J.// J. Mol. Biol. 1995, v. 248, p. 679-695.
4. Plum, G.E., Park, Y.-W., Singleton, S.F., Dervan, P.B., Breslauer, K.J.// Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1990, v. 87, p. 9436-9440.
5. Pilch, D.S., Brousseau, R., Shafer, R.H // Nucl. Acids Research. 1990, v. 18, N 19, p. 5743-5750.
6. Hopkins, H.P., Hamilton, D.D., Wilson, W.D., Zon, G // J. Phys. Chem. 1993, v. 97. p. 6555-6563.
7. Kamiya, M., Torigoe, H., Shindo, H, Sarai, A.// J. Amer. Chem. Soc. 1996, v. 118, p. 4532-4538.
8. Pilch, D.S., Kirolos, M.A., Breslauer, K.J.// Biochemistry. 1995, v. 34, N 49, p. 16107-16124.
9. Xodo, L.E.// Eur. J. Biochem. 1995, v. 228, p. 918-926.
10. Zimm, B.H.// J. Chem. Phys. 1960, v. 33, p. 1349.
11. Applequist, J., Damle, V.// J. Chem. Phys. 1963, v. 39, p. 2719.
12. Applequist, J., Damle, V.// J. Amer. Chem. Soc. 1965, v. 87, N 7, p. 1450-1458.
13. Porschke, D., Eigen, M// J. Mol. Biol. 1971, v. 62, p. 361-381.
14. Porschke, D. // Biopolymers. 1971, v. 10, p. 1989-2013.
15. Blagoi, Yu.P., Zozulya, V.N., Egupov, S.A., Ryazanova, O.A., Shcherbakova, A.S.// Biophysical Bulletin 2001, N 2(9), p.10-16.
16. Massoulie, J.// Europ. J. Biochem. 1968, v. 3, p. 428.
17. Zozulya, V., Blagoi, Yu., Lober, G. et al.// Biophys. Chem. 1997, v. 65, p. 55-63.
18. Delisi, C, Crothers, D.M.// Biopolymers. 1971, v. 10, p. 1809-1827.
19. Зозуля, В.Н., Благой, Ю.П., Дубей, И.Я. и др.// Биополимеры и клетка. 1998. Т. 14, № 1, с. 1-8.
20. Makitruk, V.L., Yarmolik, S.N., Shalamay, A.S. et al.// Nucl. Acids. Symp. Ser. 1991, N 24, p. 244.
21. Kibler-Herzog. L., Kell, B., Zon, G, Shinozuka, K, Mizan, S., Wilson, W.D.//Nucl. Acids. Research. 1990, v. 18, N 12, p. 3545-3555.
22. Klump, H.// Ber. Bunsenges. Phys. Chem. 1978, v. 82, p. 805.
23. Marky, L.A., Breslauer, K.J.// Biopolymers. 1982, v. 21, p. 2185-2194.
24. Wilson, W.D., Hopkins, H.P., Mizan, S., Hamilton, D.D., Zon, G. // J. Am. Chem. Soc. 1994. v. 116, N 8, p. 3606-3609.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
