Комп'ютерне моделювання комплексоутворення похідної актиноцину та двоспіральної полірибоцитидилової кислоти
Анотація
На підставі аналізу результатів молекулярного докінгу і відомих експериментальних даних з вивчення комплексоутворення похідної актиноцину (ActIII) і двоспіральної полірибоцитидилової кислоти (ро1угС) отримано п'ять найбільш ймовірних комплексів ActIII – polyrC, в яких розраховані енергії взаємодії мішень-ліганд мінімальни та комплекси стабілізуються міжмолекулярними водневими зв”язками між донорно-акцепторними групами ActIII та polyrC.В утворенні водневих зв'язків з боку ро1угС беруть участь групи цитозину та/або атоми кисню сахарофосфатного остова, а з боку ActIII - NН2 С=0, NH -групи феноксазонового хромофора та бічних аміноалкільних радикалів. За допомогою методу Монте Карло визначено вплив розчинника – молекул води на структуру комплексів, одержаних молекулярним докінгом. Моделювання виконано з урахуванням 800 молекул води. Показано, що молекули води можуть додатково стабілізувати комплекси полінуклеотидної мішені та ліганду, займаючи місткові положення між їхніми донорно-акцепторними групами. На основі аналізу результатів моделювання та експерименту один із комплексів ActIII - polyrC обраний як найімовірніший.
Завантаження
Посилання
2 Больбух Т.В., Близнюк Ю.Н, Круглова Е.Б. и др. // Вісн. ХНУ №637. Біофізичний вісник. 2004. Вип.1(14). С.38-42.
3. Prescott B., Gamache R., Livramdo J., Thomas G.J. // Biopolymers. 1974. V.13, N 10. P. 1821-1845.
4. Yang J.T., Samejima T // Prog.Nid.Acid.Res.Mol.Biol. 1976. V.9. N 2. P.223-300.
5. Leslie A.G.W., Arnott S. // J. Mol.Bi 1978. V.l 19. P.399-414.
6. Langridge R.A., Rich A. // Nature.1963. V.198. N 4882. P.725-728.
7.Cornell W.D., Cieplak P., Bayly C.I. et al. // J. Amer. Chem. Soc. 1995. V.117. P.5179-5192.
8. Jorgensen W.L., Chandrasekhas J., Madura J.D., Impey R.W., Klein M.L. // J. Chem. Phys. 1983. V.79. P.926-935
9. Morris G.M., Goodsell D.S., Halliby R.S. et al. // J. Comput. Chem. 1998. V.19. P. 1639-1651.
1O. Mehler E.L., Solmajer T. //Protein Engineering. 1991. V.4. P.903-910
11. Stouten P.F.W., Frommel C, Nakamura H. et. al. // Mol. Simulation. 1993. V.10. P.97-120
12. Metropolis N., Rosenhluth A.W., Rosenbluth M. N., Teller A.N., Teller E. //J.Chem.Phys. 1953. V.21. P.1087-1092.
13. Danilov V.I., Zheltovsky N.V., Slyusarchuk O.N., Poltev V.I., Alderfer J.L. // J.Biomol.Struct. Dyn. 1997. V. l5. P. 69-80.
14. Maleev V., Semenov M., Kashpur V., Bolbukh T., Shestopalova A., Anishchenko D. // Journal of Mol. Structure.2002. V.605. P.51-61.
15. Maleev V.Ya., Semenov M.A., Kruglova E.B., Bolbukh T.V, Gasan A.I., Bereznyak E.G., Shestopalova A.V. // Journal of Molecular Structure. 2003. V.645. P. 145-158.
16. Teplukhin A.V., Malenkov G.G., Poltev V.I. // J. Biomol. Struct.Dyn. 1998. V.16. N 2. P.289-300
17. Журкин В.Б., Полтев В.И., Флорентьев В.Л. // Мол.биол. 1980. Т.Н. Вып.5. С11116-1130.
18. Poltev V. L, Groklina T.I., Malenkov G.G. // J.Biomol. StructDyn. 1984. V.2. N 3. P.413-429.
19. Qu X., Chaires B. Hydration changes for DNA intercalation reactions. //J.Amer.Chem.Soc. 2001. V.123. P. 1-7.
20. Breusegem S.Y., Sadat-Ebrahimi S.E., Douglas K.T., Bichenkova E.V., Clegg R.M., Loontiens F.G. // J.Med.Chem. 2001.V.44. P. 2503-2506.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
