Термодинамічний аналіз конформаційних переходів у подвійних і потрійних спіралях, утворених молекулами полі dA та полі dT у розчинах з іонами Na+ та Mg2+

  • Ю.П. Благий Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України
  • В.М. Зозуля Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України
  • С.А. Єгупов Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України
  • В.В. Онищенко Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України
Ключові слова: полінуклеотиди, триплекси, дуплекси, конформаційні переходи, іони Mg2

Анотація

Вивчено можливість застосування теорії "застібка-блискавка" (ЗМ) для опису фазових рівноваг у системах, утворених синтетичними оліго- та полінуклеотидами: (dAn і dTn) у розчинах з іонами Mg2+. В рамках моделі ЗМ отримані формули для опису переходів триплекс-дуплекс (3 -> 2), дуплекс-однониткові клубки (2 -> 1). З використанням експериментальних даних для температури Tm та ентальпії ΔH для цих переходів розраховані значення ентропії та параметрів, що характеризують залежність вільної енергії Гіббса від концентрації іонів. Визначено залежності Tm та ширини інтервалів переходів ΔT від довжини полімерів, їх концентрації в розчині та від вмісту іонів Mg2+. Отримані розрахункові значення добре узгоджуються з наявними експериментальними даними.

Завантаження

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Біографії авторів

Ю.П. Благий, Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України

пр-т Леніна. 47, 61103, Харків, Україна

В.М. Зозуля, Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України

пр-т Леніна. 47, 61103, Харків, Україна

С.А. Єгупов, Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України

пр-т Леніна. 47, 61103, Харків, Україна

В.В. Онищенко, Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І.Веркіна НАН України

пр-т Леніна. 47, 61103, Харків, Україна

Посилання

I. M D. Frank-Kamenetskii, S.M. Mirkin// Annu Rev. Biochem., 64: 65-95, (1997)

2. S.T. Crooke // Medical Research Reviews , 16: 319-344,(1966)

3. J. G. Hoggett, G. Maass// Berichte der Bunscn Gesellschaft fur Phvs. Chemie., 75. N 1. 45-54. (1971)

4. R.W. Roberts, D.M. Crothers//Proc. Natl. Acad. Sci. USA (Biochemistry), 88: 9397-9401.(1991)

5. Santa Lucia. J. Jr. T.A. Hatim, P.S. Ananda//Biochemistry, 35: 3555-3562, (1996)

6. G.E. Plum// Biopolymers. 44: 241-256, (1998)

7. C. L. Stevens. G.Felsenfeld// Biopolymers. 2: 293-314. (1964)

8. D. Porschke// Biopolymers. 10: 1989-2013. (1971)

9. H.P. Hopkins, D.D. Hamilton, D. Wilson, G. Zon // J. Phys. Chen.. 97: 6555-6563, (1993)

10. L. Kibler-Herzog, B. Kell, G. Zon., K Shinozuka, Sh.Mizan. W.D. Wilson// Nucleic Acids Research. 16. N 12: 3545.(1990)

II. J. Applequist. V. Damle// J. Chem. Phys.. 39: 2719-3555. (1963)

12. J. Applequist, V. Damle//J. Amer. Chem. Soc., 87. N.7: 1450-1458, (1965)

13. B.H. Zimm // J. Chem Phys.. 33: 1349-(1960)

14. Ю.П. Благой, В.Н.Зозуля, А.С. Щербакова// Біофізичний вісник. Выпуск 1. 1998. с. 21-32

15. Yn. P Blagoi, V.N. Zozulya, S.A Egupov, O.A. Ryazanova, A.S. Shcherbakova// Biophysical Bulletin. 2. N 9: 10-16. (2001)

16. Yu.P. Blagoi. V.N. Zozulya, S.A. Egupov, O.A. Ryazanova, A.S. Shcherbakova// Biophysical Bulletin. 1. N. 10: 2-11 (2002)

17. D.S. Pilch, R Brousseau, R, R. H. Shafer // Nucleic Acids Res . 18. N 19: 5743-5750. (1990)

18. Wing I.ok Abe Kurtz Chiu. Chun Ngai Sze, Lai Nang Jp. Sze Ki-Chan. Steve Chil Fun Au-Yeung// Nucleic Acids Res.. 29. N. 1: 230-233. (2001)

19. F. Seela. P. Leonard// Helvetica Chimica Acta, 80, N. 4: 1301-1318. (1997)

20. V.N. Zozurya. A. B. Nesterov, O.A. Ryazanova, Yu.P. Blagoi// Int. J. Biol. Macromo., 33: 183-191. (2003)

21. N. Sugimoto, S. Nakani, M. Yoneyama M., K. Honda// Nucleic Acids Res., 24. N. 22: 4501-4505. (1996)

22. M. Kamiya, H. Torigoe, H. Shindo, A. Sarai // J. Amer. Chem.. 118: 4532-4538. (1966)

23. R.W Roberts, D.M. Crothers// Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Biochemistry. 93: 4320-4325. (1996)

24. D.S. Pilch, M.A. Kitolos, K.J. Breslauer//Biochemistry. 34, N. 49: 16107-16123. (1995)

25. C. Delisi. D.M. Crothers// Biopolymers, 10: 1809-1827. (1971)
Опубліковано
2005-06-06
Цитовано
Як цитувати
Благий, Ю., Зозуля, В., Єгупов, С., & Онищенко, В. (2005). Термодинамічний аналіз конформаційних переходів у подвійних і потрійних спіралях, утворених молекулами полі dA та полі dT у розчинах з іонами Na+ та Mg2+. Біофізичний вісник, 1(15), 24-28. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/17999
Номер
Том 1 № 15 (2005): Біофізичний вісник
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2005 Биофизический вестник

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  3. Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).