Молекулярні механізми взаємодії кофеїну з різними структурними формами полірибоаденілової кислоти: експеримент і комп'ютерне моделювання
Анотація
Методами ІЧ-спектроскопії, пьезогравіметріі і комп'ютерного моделювання (метод Монте Карло) виконано дослідження взаємодії нейтральної односпіральної (polyrA) і протонованої двоспиральної (рolyr (AH-AH)) форм полірибоаденілової кислоти з кофеїном (Cf). Отримано ізотерми гідратації і ІК-спектри комплексів. Показано, що Cf не впливає на формування впорядкованих форм polyrA і рolyr (AH-AH). При утворенні комплексів з Cf гідратація односпіральної polyrA зменшується, а гідратація двоспиральної рolyr (AH-AH) збільшується в порівнянні з гідратацією полінуклеотидів у вільному стані. Отримані при комп'ютерному моделюванні енергетичні та структурні характеристики і миттєві конфігурації досліджених комплексів рolyrA і рolyr (AH-AH) з Cf дозволили запропонувати їх молекулярні моделі. Для комплексу односпіральної рolyrA з Cf можливі два типи зв'язування - часткова інтеркаляція молекули Cf між площинами сусідніх аденінів і зовнішнє зв'язування Cf. При утворенні комплексу двоспиральної рolyr (AH-AH) з Cf можливо тільки зовнішнє зв'язування молекул Cf поблизу сахарофосфатного остова полінуклеотидної матриці. Для всіх досліджених систем результати моделювання методом Монте Карло якісно узгоджуються з експериментальними результатами.
Завантаження
Посилання
Brauer LH, Buican B, De Wit H. Behav. Pharmaco. 2002;5:111-8.
Sivak A, Rudenko L, Teaque LG. Environ.Mutag. 1982;4:143-62.
Vexler ZB, Eidus LKh, Vexler AM. Studia biophys. 1984;45:157-9.
Selby CP, Sancar A. Proceed.Nat Acad.Sci. USA. 1990;87:3522-5.
Tempel K, von Zallinger C. Z.Naturforsch. 1997;52:466-74.
Kan L-S, Borer PN, Cheng DM, Ts'o POP. Biopolymers. 1980;19:1641-54.
Fritzsche H, Lang H, Sprinz H, Pohle W. Biophys.Chem. 1980;11:121-31.
Lang H. Studia Biophys. 1976;55:137-56.
Shestopalova AV, Starikov EB, Semenov MA, Bolbukh TV. Issledovanie gidratatcii kofeina i kompleksa DNK-kofein vo vlazhnykh plenkakh metodami IK-spektroskopii i pezogravimetrii. 1987. 22p. (in Russian)
Frizsche H, Petri I, Schutz H, Weller K, Sedmera R, Lang H. Biophys. Chem.1980;11:109-19.
Jafari M, Rabbani A. Metabolism. 2004;53:687-92.
Brauer LH, Buican B, De Wit H. Oncogene. 2003;22:8283-92.
Marheineke K, Hyrien O. J.Biol.Chem. 2004;279:28071-81.
Vavrova J, Marekova-Rezacova M, Vokurkova D. Radiat.Environ Biophys. 2003;42:193-9.
Bedher E, Du L, Traganos F, Darzynkiewicz Z. Cytometry. 2001;43:38-45.
Lyles MB, Cameron IL. Cell Biology International. 2002;26:145-54.
Johnson IM, Bhuvan Kumar SG, Malathi R. J.Biomol.Stuc.Dyn. 2003;20:687-92.
Semenov MA, Bolbukh TV, Starikov EB. Studia biophysica. 1985;106:181-92.
Bolbukh TV, Starikov EB, Semenov MA. Studia biophysica. 1985;108:199-207.
Semenov MA. Molekuliarnaia biologiia i biofizika. KGU. 1984;9:25-33. (in Russian)
Bolbukh TV, Semenov MA, Maleev VIa, Sechkin VV. Ispolzovanie metoda kvartcevogo rezonatora dlia izucheniia izoterm gidratatcii polinukleotidov. 1983. 19p. (in Russian)
Danilov VI, Tolokh IS. J.Biomol.Struct. Dyn. 1990;7:1167-83.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1997;15:69-80.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1999;16:1107-17.
Saenger W, Riecke J, Suck D. J.Mol.Biol. 1975;93:529-34.
Finch JT, Klug A. J.Mol.Biol.1969;46:597-8.
Lerner DB, Kearns DR. Biopolymers. 1981;20:803-16.
Rich A, Davies DR, Crick FHC, Watson JD. J.Mol.Biol. 1961;3:71-86.
Zenger V. Printcipy strukturnoi organizatcii nukleinovykh kislot. M.:Mir; 1987. 584p.(in Russian)
Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI. J. Amer. Chem. Soc. 1995;117:5179-97.
Shestopalova AV. Croatica Chem.Acta. 1989;62:825-34.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
