Комп'ютерне моделювання гідратації фрагментів різних структурних форм полірібоаденілової кислоти
Ключові слова:
метод Монте Карло, полірібоаденілова кислота, протонування, гідратація
Анотація
Методом Монте Карло виконано моделювання взаємодії фрагментів нейтральної одноцепочечної і протонованої двухцепочечної спіральних форм полірібоаденілової кислоти (ро1угА) з водним оточенням. Отримано енергетичні та структурні характеристики та визначено схеми гідратації вивчених структурних компонентів ро1угА. Проведено порівняння з експериментальними результатами і показано, що додаткова стабілізація одно- і дволанцюжкових спіральних форм ро1угА може здійснюватися в результаті утворення впорядкованої структури води в гідратном оточенні ро1угА.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Edmonds M, Winters MA. Prog.Nucl.Acid Res.Mol.Biol. 1976;17:149-79.
Ahlquist P, Kaesberg P. Nucl.Acids Res. 1978;7:1195-204.
Gee AH, Kasprzak W, Shapiro BA. J.Biomol.Str.Dyn. 2006;23:417-28.
Gueron M, Leroy J-L. The i-motif in nucleic acids. Cur.Opin.Struct.Biol. 2000;10:326-31.
Snoussi K, Nonin-Lecomte S, Leroy J-L. The RNA i-motif. J.Mol.Biol. 2001;309:139-53.
Zenger V. Printcipypy strukturnoi organizatcii nukleinovykh kislot. M.:Mir; 1987. p. 584. (in Russian)
Maleev VIa, Semenov MA, Gasan AI, Kashpur VA. Biofizika. 1993;38:768-90. (in Russian)
Semenov MA, Bereznyak EG. J.Comments on Mol.Cell.Biophys. 2000;1:1-23.
Semenov MA, Bolbukh TV, Sagaidakova NN, Maleev VIa. Biofizika. 2000;45:34-9. (in Russian)
Maleev V, Semenov M, Kashpur V. J. Mol.Structure. 2002;605:51-61.
Anishchenko DB, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vestnik. 2000;6:26-32. (in Russian)
Semenov MA, Bolbukh TV, Starikov EB. Studia biophysica. 1985;106:181-92.
Bolbukh TV, Starikov EB, Semenov MA. Studia biophysica. 1985;108:199-207.
Semenov MA, Kashpur VA, Bolbukh TV. Biopolimery i kletka. 1987;3:18-22. (in Russian)
Semenov MA, Starikov EB, Bolbukh TV. Studia biophysica. 1985;123: 217-24.
Kashpur VA, Maleev VIa. Effekty neplovogo vozdeistviia mm izlucheniia na biologicheskie obekty. M., IRE AN SSSR; 1983. p. 163-72. (in Russian)
Metropolis N, Rosenbluth AW, Rosenbluth MN. J.Chem.Phys. 1953;21:1087-92.
Danilov VI, Tolokh IS. J.Biomol.Struct. Dyn. 1990;7:1167-83.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1997;15:69-80.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1999;16:1107-17.
Saenger W, Riecke J, Suck D. J.Mol.Biol. 1975;93:529-34.
Finch JT, Klug AI. J.Mol.Biol.1969;46:597-8.
Lerner DB, Kearns DR. Biopolymers. 1981;20:803-16.
Rich A, Davies DR, Crick FHC, Watson JD. J.Mol.Biol.1961;3:71-86.
Poltev VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1998;16:289-300.
Zhurkin VB, Poltev VI, Florentev VL. Mol. biol. 1980;14:1116-30. (in Russian)
Poltev VL, Groklina TI, Malenkov GG. J.Biomol.Struct.Dyn. 1984;2:413-29.
Granonovsky AA. http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
Schmidt MW, Baldrige KK, Boatz JA, et al. J. Comput. Chem. 1993;14:1347-63.
Subramanian PS, Beveridge DL. J.Biomol.Struct.Dyn. 1989;6:1093-122.
Malenkov GG, Tytik DL, Zheligovskaya EA. J.Mol.Liquids. 1999;82:27-38.
Arai S, Chatake T, Ohhara T. Nuc.Acids Res. 2005;33:3017-24.
Coutinho K, Ludwig V, Canuto S. Phys.Rev. E- Statistical Physics, Plasmas, Fluids and Related Interdisciplin Topics. 2004; 69:61902-8.
Ahlquist P, Kaesberg P. Nucl.Acids Res. 1978;7:1195-204.
Gee AH, Kasprzak W, Shapiro BA. J.Biomol.Str.Dyn. 2006;23:417-28.
Gueron M, Leroy J-L. The i-motif in nucleic acids. Cur.Opin.Struct.Biol. 2000;10:326-31.
Snoussi K, Nonin-Lecomte S, Leroy J-L. The RNA i-motif. J.Mol.Biol. 2001;309:139-53.
Zenger V. Printcipypy strukturnoi organizatcii nukleinovykh kislot. M.:Mir; 1987. p. 584. (in Russian)
Maleev VIa, Semenov MA, Gasan AI, Kashpur VA. Biofizika. 1993;38:768-90. (in Russian)
Semenov MA, Bereznyak EG. J.Comments on Mol.Cell.Biophys. 2000;1:1-23.
Semenov MA, Bolbukh TV, Sagaidakova NN, Maleev VIa. Biofizika. 2000;45:34-9. (in Russian)
Maleev V, Semenov M, Kashpur V. J. Mol.Structure. 2002;605:51-61.
Anishchenko DB, Shestopalova AV, Maleev VIa. Biofizicheskii vestnik. 2000;6:26-32. (in Russian)
Semenov MA, Bolbukh TV, Starikov EB. Studia biophysica. 1985;106:181-92.
Bolbukh TV, Starikov EB, Semenov MA. Studia biophysica. 1985;108:199-207.
Semenov MA, Kashpur VA, Bolbukh TV. Biopolimery i kletka. 1987;3:18-22. (in Russian)
Semenov MA, Starikov EB, Bolbukh TV. Studia biophysica. 1985;123: 217-24.
Kashpur VA, Maleev VIa. Effekty neplovogo vozdeistviia mm izlucheniia na biologicheskie obekty. M., IRE AN SSSR; 1983. p. 163-72. (in Russian)
Metropolis N, Rosenbluth AW, Rosenbluth MN. J.Chem.Phys. 1953;21:1087-92.
Danilov VI, Tolokh IS. J.Biomol.Struct. Dyn. 1990;7:1167-83.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1997;15:69-80.
Danilov VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1999;16:1107-17.
Saenger W, Riecke J, Suck D. J.Mol.Biol. 1975;93:529-34.
Finch JT, Klug AI. J.Mol.Biol.1969;46:597-8.
Lerner DB, Kearns DR. Biopolymers. 1981;20:803-16.
Rich A, Davies DR, Crick FHC, Watson JD. J.Mol.Biol.1961;3:71-86.
Poltev VI. J.Biomol.Struct.Dyn. 1998;16:289-300.
Zhurkin VB, Poltev VI, Florentev VL. Mol. biol. 1980;14:1116-30. (in Russian)
Poltev VL, Groklina TI, Malenkov GG. J.Biomol.Struct.Dyn. 1984;2:413-29.
Granonovsky AA. http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
Schmidt MW, Baldrige KK, Boatz JA, et al. J. Comput. Chem. 1993;14:1347-63.
Subramanian PS, Beveridge DL. J.Biomol.Struct.Dyn. 1989;6:1093-122.
Malenkov GG, Tytik DL, Zheligovskaya EA. J.Mol.Liquids. 1999;82:27-38.
Arai S, Chatake T, Ohhara T. Nuc.Acids Res. 2005;33:3017-24.
Coutinho K, Ludwig V, Canuto S. Phys.Rev. E- Statistical Physics, Plasmas, Fluids and Related Interdisciplin Topics. 2004; 69:61902-8.
Опубліковано
2007-06-05
Цитовано
Як цитувати
Shestopalova, A. V. (2007). Комп’ютерне моделювання гідратації фрагментів різних структурних форм полірібоаденілової кислоти. Біофізичний вісник, 1(17), 5-14. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12839
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2007 Біофізичний вісник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
