Конформаційні можливості молекули гліцерину
Ключові слова:
гліцерин, етиленгліколь, набір конформерів, молекулярна механіка, силове поле ММ2
Анотація
Методом молекулярної механіки проведено систематичне дослідження конформаційного простору молекули гліцерину та виявлено повний набір її стабільних невироджених конформацій. Набір представлений 90 конфомерами. Досліджено розподіл ротамерів гліцерину в межах основних типів конформації кістяка молекули: aa, ab, ay, bb, by, yy. Проведено порівняння можливостей різних силових полів молекулярної механіки ММ2 під час опису систем з Н-зв'язками. Показано, що для коректного опису систем з Н-зв'язуванням необхідно як збільшення відносного вкладу водневого зв'язування, так і облік спрямованості цих взаємодій.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Lenindzher A. BIuiokhimiia. Molekukliarnye osnovy struktury i funktcii kletki. I.:Mir; 1976. 597p. (in Russian)
Pushkar NS, Shrago MI, Belous AM, Kalugin IuV. Krioprotektory. K.: Nauk. dumka; 1978. 204p. 3.
Franks F, Griguera R. Water Sci. Res. 1990;5:187. (in Russian)
Siuzdak G. Mass Spectrometry for Biotechnology. San Diego:Academic Press, 1996. 162 p.
Cook KD, Todd PJ, Friar DH. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1989;18:492.
Bastiansen O. Acte Chem. Scand. 1949;3:415.
Maccaferi G, Caminati W, Favero PG. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1997;93:4115.
Champeney DC, Joarder RN, Dore JC. Mol. Phys. 1986;58:337.
Garawi M, Dore JC, Champeney DC. Mol.Phys. 1987;62:475.
Dawidowsky J, Bermejo FJ, Fayos R, Fernandez-Pernandez-Perea R, Bennington SM, Criado A. Phys. Rev. E. 1996;53:5079.
Van Koningsvled H. Rec. Trav. Chim. 1968;87:243.
Mooij WT, van Eijck BP, Kroon J. J. Am. Chem. Soc. 2000;122:3500.
Pardo JA, Saiz L, Guardia E. Mol. Struc. 1997;416:243.
Teppen BJ, Cao M, Frey RF, van Alsenoy C, Miller DM, Schafer L. J. Mol. Struct. 1994;314:169.
Chelli R, Procacci P, Cardini G, Valle RG, Califano S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999;1:871.
Chelli R, Procacci P, Cardini G, Califano S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999;1:879.
Chelli R, Gervasio FL, Gellini C, Procacci P, Cardini G, Schettino V. Phys. Chem. A. 2000;104:5351.
Chelli R, Gervasio FL, Gellini C, Procacci P, Cardini G, Schettino V. Phys. Chem. A.2000;104:11220.
Van den Enden L, van Alsenoy C, Scardale JN, Schafer L. J. Mol. Struc. 1983;104:471.
Van Alsenoy C, Klimkowski VJ, Ewbank JD, Schafer L. J. Mol. Sruc. 1985;121:153.
Jonsdottir SO, Klein RA. Fluid Phase Equilibria. 1997;132:117.
Leach AR. Molecular Modelling. Principles and Applications. Addison Wesley Longman Ltd; 1996. 598.
Burkert U, Ellindzher N. Molekuliarnaia mekhanika. M.:Mir. 1986. 365p. (in Russian)
Burkert U. Tetrahedron. 1979;35:209.
Burkert U. Tetrahedron. 1977;33:2237.
Radom L, Lathan WA, Henre WJ, Pople JA. J. Am. Chem. Soc. 1973;95:693.
Tu K, Tobias DJ, Blasie JK, Klein ML. Biophys. J. 1996;70:595.
Pearson RH, Pascher I. Nature. 1979;281:499.
Pushkar NS, Shrago MI, Belous AM, Kalugin IuV. Krioprotektory. K.: Nauk. dumka; 1978. 204p. 3.
Franks F, Griguera R. Water Sci. Res. 1990;5:187. (in Russian)
Siuzdak G. Mass Spectrometry for Biotechnology. San Diego:Academic Press, 1996. 162 p.
Cook KD, Todd PJ, Friar DH. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1989;18:492.
Bastiansen O. Acte Chem. Scand. 1949;3:415.
Maccaferi G, Caminati W, Favero PG. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1997;93:4115.
Champeney DC, Joarder RN, Dore JC. Mol. Phys. 1986;58:337.
Garawi M, Dore JC, Champeney DC. Mol.Phys. 1987;62:475.
Dawidowsky J, Bermejo FJ, Fayos R, Fernandez-Pernandez-Perea R, Bennington SM, Criado A. Phys. Rev. E. 1996;53:5079.
Van Koningsvled H. Rec. Trav. Chim. 1968;87:243.
Mooij WT, van Eijck BP, Kroon J. J. Am. Chem. Soc. 2000;122:3500.
Pardo JA, Saiz L, Guardia E. Mol. Struc. 1997;416:243.
Teppen BJ, Cao M, Frey RF, van Alsenoy C, Miller DM, Schafer L. J. Mol. Struct. 1994;314:169.
Chelli R, Procacci P, Cardini G, Valle RG, Califano S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999;1:871.
Chelli R, Procacci P, Cardini G, Califano S. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999;1:879.
Chelli R, Gervasio FL, Gellini C, Procacci P, Cardini G, Schettino V. Phys. Chem. A. 2000;104:5351.
Chelli R, Gervasio FL, Gellini C, Procacci P, Cardini G, Schettino V. Phys. Chem. A.2000;104:11220.
Van den Enden L, van Alsenoy C, Scardale JN, Schafer L. J. Mol. Struc. 1983;104:471.
Van Alsenoy C, Klimkowski VJ, Ewbank JD, Schafer L. J. Mol. Sruc. 1985;121:153.
Jonsdottir SO, Klein RA. Fluid Phase Equilibria. 1997;132:117.
Leach AR. Molecular Modelling. Principles and Applications. Addison Wesley Longman Ltd; 1996. 598.
Burkert U, Ellindzher N. Molekuliarnaia mekhanika. M.:Mir. 1986. 365p. (in Russian)
Burkert U. Tetrahedron. 1979;35:209.
Burkert U. Tetrahedron. 1977;33:2237.
Radom L, Lathan WA, Henre WJ, Pople JA. J. Am. Chem. Soc. 1973;95:693.
Tu K, Tobias DJ, Blasie JK, Klein ML. Biophys. J. 1996;70:595.
Pearson RH, Pascher I. Nature. 1979;281:499.
Опубліковано
2004-06-03
Цитовано
Як цитувати
Лісняк, Ю., Косевич, М., & Губська, А. (2004). Конформаційні можливості молекули гліцерину. Біофізичний вісник, 12(14), 5-15. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12394
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2004 Биофизический вестник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
