Аналіз тонкої CpG структури послідовностей ДНК
Ключові слова:
метилювання ДНК, CpG сайти, метилцитозин, ізохори, гістонові білки, CG острівці, інтрон, екзон
Анотація
Запропоновано методи опису розподілу CpG сайтів у послідовностях ДНК за допомогою числових характеристик та графічно. Нормалізація кривої графіка на довжину послідовності дозволяє порівнювати послідовності за характером накопичення CpG і класифікувати їх на зразок накопичення, а не тільки за частотою зустрічальності. За допомогою введених числових характеристик та принципу подібності показано існування відмінностей у накопиченні CpG сайтів у ДНК генів організмів, що відрізняються за еволюційним станом та наявністю системи метилювання ДНК. Для видів, у яких метилювання ДНК не має регуляторного значення в процесах імпринтингу та клітинної пам'яті, характерний випадковий розподіл CpG сайтів.
Завантаження
##plugins.generic.usageStats.noStats##
Посилання
Szczepanik D, Mackiewicz P, Kowakczuk M. J. Mol. Evol. 2001;52:426-33.
Kowalczuk M, Mackiewicz P, Mackiewicz D. J. Appl. Genet. 2001;42:553-77.
Cebart S, Dudek MR, Mackiewicz P. Theory Biosci. 1998;117:78-89.
Singer M, Berg P. Geny i genomy. I.:Mir; 1998. 373p. (in Russian)
Bulmer M. Mol. Biol. Evol. 1987;4:395-405.
Kowalczuk M, Mackiewicz P, Mackiewicz D, Nowicka A, Dudkiewicz M, Dudek MR. BMC evolutionary biology. 2001;17:1-13.
Aissani B, Bernardi G. Gene. 1991;106:173-83.
Mouchiroud D, D’Onofrio G, Aissani B. Gene. 1991;100:181-7.
Glazko VI, Shulga EV, Dyman T, Glazko GV. DNK tekhnologii i bioinformatika v reshenii problem biotekhnologii mlekopitaiushchikh. Belaia Tcerkov:Belotcerkovskii gosudarstvennyi agrarnyi universitet; 2001. 487p. (in Russian)
Singer M, Berg P. Geny i genomy. M.:Mir; 1998. 391p. (in Russian)
Liuin B. Geny. M.:Mir; 1987. 544p. (in Russian)
Bird A. Genes and Development. 2002;16:6-21.
Ramsahoye B, Biniszkiewicz D, Lyko F, Clark V, Bird AP, Jaenisch R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000;97:5237-42.
Low DA, Weyand NJ, Mahan MJ. Infection and Immunity. 2001;69:7197-204.
Yoon J-H, Smith LE, Feng Z, Tang M-S. Cancer research. 2001;1:7110-7.
Bird AP. Nature. 1986;321:209-13.
Antequera F, Bird A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993;90:11995-9.
Bird AP. Nucleic acids research. 1980;8:1499-504.
Gardiner-Garden M, Frommer M. J. Mol. Biol. 1987;196:261.
Venter JC, Adams MD, Myers EW. Science. 2001;291:1304-51.
Antonarakis SE. Genome linkage scanning: Systematic or intelligent? Nature Genet. 1994;8:211-2.
Cross SH. Mamm. Genome. 2000;11:373.
Vu TH, Li T, Nguyen D, Nguyen BT, Yao X-M, Hu J-F, et al. Genomics. 2000;64:132-43.
Puzyrev VP, Stepanov VA. Patologicheskaia anatomiia genoma cheloveka. Novosibirsk: Nauka; 1997. 265p. (in Russian)
Nakao M, Sasaki H. J. Biochem. 1996;120:467-73.
Zerova TE, Buzhievska TI. Genetyka i selektciia v Ukraiini na mezhi tysiacholit. Kiiyv:Logos; 2001.482-93. (in Ukrainian)
Lyon MF. Cytogenet. Cell Genet. 1998;80:133-7.
Kanaya S, Yamada Y, Kinouchi M, Kudo Y, Ikemura T. J. Mol. Evol. 2001;53:290-8.
Shimizu TS, Takahashi K, Tomita M. Gene. 1997;205:103-7.
Hsiao K, Cheng C-HC, Fernandes IE. Proc. Natl. Acad Sci. USA. 1990;87:9265-9.
Tykosinski ML, Max EE. Nucl. Acid Res. 1984;12:4385-96.
Kowalczuk M, Mackiewicz P, Mackiewicz D. J. Appl. Genet. 2001;42:553-77.
Cebart S, Dudek MR, Mackiewicz P. Theory Biosci. 1998;117:78-89.
Singer M, Berg P. Geny i genomy. I.:Mir; 1998. 373p. (in Russian)
Bulmer M. Mol. Biol. Evol. 1987;4:395-405.
Kowalczuk M, Mackiewicz P, Mackiewicz D, Nowicka A, Dudkiewicz M, Dudek MR. BMC evolutionary biology. 2001;17:1-13.
Aissani B, Bernardi G. Gene. 1991;106:173-83.
Mouchiroud D, D’Onofrio G, Aissani B. Gene. 1991;100:181-7.
Glazko VI, Shulga EV, Dyman T, Glazko GV. DNK tekhnologii i bioinformatika v reshenii problem biotekhnologii mlekopitaiushchikh. Belaia Tcerkov:Belotcerkovskii gosudarstvennyi agrarnyi universitet; 2001. 487p. (in Russian)
Singer M, Berg P. Geny i genomy. M.:Mir; 1998. 391p. (in Russian)
Liuin B. Geny. M.:Mir; 1987. 544p. (in Russian)
Bird A. Genes and Development. 2002;16:6-21.
Ramsahoye B, Biniszkiewicz D, Lyko F, Clark V, Bird AP, Jaenisch R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000;97:5237-42.
Low DA, Weyand NJ, Mahan MJ. Infection and Immunity. 2001;69:7197-204.
Yoon J-H, Smith LE, Feng Z, Tang M-S. Cancer research. 2001;1:7110-7.
Bird AP. Nature. 1986;321:209-13.
Antequera F, Bird A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993;90:11995-9.
Bird AP. Nucleic acids research. 1980;8:1499-504.
Gardiner-Garden M, Frommer M. J. Mol. Biol. 1987;196:261.
Venter JC, Adams MD, Myers EW. Science. 2001;291:1304-51.
Antonarakis SE. Genome linkage scanning: Systematic or intelligent? Nature Genet. 1994;8:211-2.
Cross SH. Mamm. Genome. 2000;11:373.
Vu TH, Li T, Nguyen D, Nguyen BT, Yao X-M, Hu J-F, et al. Genomics. 2000;64:132-43.
Puzyrev VP, Stepanov VA. Patologicheskaia anatomiia genoma cheloveka. Novosibirsk: Nauka; 1997. 265p. (in Russian)
Nakao M, Sasaki H. J. Biochem. 1996;120:467-73.
Zerova TE, Buzhievska TI. Genetyka i selektciia v Ukraiini na mezhi tysiacholit. Kiiyv:Logos; 2001.482-93. (in Ukrainian)
Lyon MF. Cytogenet. Cell Genet. 1998;80:133-7.
Kanaya S, Yamada Y, Kinouchi M, Kudo Y, Ikemura T. J. Mol. Evol. 2001;53:290-8.
Shimizu TS, Takahashi K, Tomita M. Gene. 1997;205:103-7.
Hsiao K, Cheng C-HC, Fernandes IE. Proc. Natl. Acad Sci. USA. 1990;87:9265-9.
Tykosinski ML, Max EE. Nucl. Acid Res. 1984;12:4385-96.
Опубліковано
2003-06-05
Цитовано
Як цитувати
Дуплій, Д. Р., & Шкорбатов, Ю. Г. (2003). Аналіз тонкої CpG структури послідовностей ДНК. Біофізичний вісник, 2(13), 5-15. вилучено із https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/12353
Розділ
Молекулярна біофізика
Авторське право (c) 2003 Биофизический вестник
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
