Изучение молекулярных механизмов взаимодействия кофеина и производных актиноцина с ДНК методом молекулярной динамики. Роль различных факторов при образовании комплекса ДНК-лиганд
Ключові слова:
ДНК, производное актиноцина, кофеин, молекулярная динамика, гидратацияАнотація
Методом молекулярной динамики изучены два типа комплексов между фрагментами ДНК и лигандами - кофеином и производными актиноцина. Получены молекулярные модели интеркаляции кофеина и производного актиноцина в GC-сайт дуплекса d(AGCT)2 и их внешнего связывания в малом желобке дуплекса d(GATAC)2. Проанализированы энергетические характеристики изученных систем и изменения первичных гидратных оболочек взаимодействующих компонентов при их комплексообразовании. Показано, что образование комплексов производного актиноцина с ДНК является энергетически и структурно более выгодным, чем комплексов кофеина с ДНК. Установлено, что степень разрушения моногидратного слоя двойной спирали при образовании комплекса ДНК-лиганд определяется способом связывания лиганда, его возможностью образовывать водородные связи с молекулами воды и мало зависит от линейных размеров лиганда.
Завантажити
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
