Прогностичне значення маркерів в асоціативній генетиці
Анотація
В статті представлено алгоритм генетико-статистичного аналізу рідкісного хронічного захворювання із спадковою схильністю. Використані результати генотипування, одержані одним з авторів методом асоциативної генетики. Досліджені хворі на розсіяний склероз та здорові мешканці південного Ірану. Розсіяний склероз – захворювання із спадковою схильністю. До теперішнього часу вже визначені його асоціації з великою кількістю генів, однак генетичний контроль остаточно ще не з’ясовано. Важливим етапом протидії захворюванню з генетичною схильністю можуть бути профілактичні заходи серед осіб підвищеного ризику. У даній статті на прикладі генетичного поліморфізму C677T гена MTHFR показано, як з'ясувати ефективність виявлення осіб з підвищеним ризиком до захворювання, використовуючи знайдені асоціації захворювання з генетичним маркером. Були використані результати генотипування 180 хворих на розсіяний склероз і 231 здорового індивіда. За цими даними розраховані популяційно-генетичні показники і статистичні характеристики тесту. Розподіл генотипів у здорових людей: СС – 65 %, СТ – 29 %, ТТ – 6 %, у хворих на розсіяний склероз СС – 35 %, СТ – 46 %, ТТ – 19 %. Мажорним алелем в популяції південного Ірану є С (pC = 0,797; qT = 0.203). Частота мінорного алеля Т підвищена в групі хворих у порівнянні зі здоровими в два рази (qT = 0.419). Алель Т розглядається як провокативний, алель С є протективним. Генотип СС знижує ймовірність розсіяного склерозу майже в два рази в порівнянні з емпіричним ризиком. У гетерозигот СТ ризик збільшений у півтора рази, у гомозигот ТТ – в три рази. Довірчі інтервали 95 % CI для показника відношення шансів OR складають: СС (0,19–0,44), СТ (1,36–3,10), ТТ (1,99–7,61), CT + TT (2,29–5,21). Чутливість при тестуванні на наявність алеля Т в генотипі (СТ + ТТ) становить 65 %. Дуже низьке прогностичне значення позитивного тесту (менше 1 %) робить недоцільним його використання для масового скринінгу, але цей тест може бути корисним при індивідуальному генетичному консультуванні пацієнтів з розсіяним склерозом, а також їхніх родичів. Схема аналізу може бути використана в інших дослідженнях ознак з генетичною компонентою.
Завантаження
Посилання
Alatab S., Hossein-nezhad A., Mirzaei K. et al. (2011). Inflammatory profile, age of onset, and the MTHFR polymorphism in patients with multiple sclerosis. J. Mol. Neurosci., 44(1), 6–11. https://doi.org/10.1007/s12031-010-9486-y
Armitage P., Berry G. (1994). Statistical methods in medical research. Blackwell Scientific Publications, Oxford, 620 p.
Atramentova L.A. (2015). Design and statistics of biological research. Kharkiv: NTMT, 269 p. (in Russian)
De Marco P., Calevo M.G., Moroni A. et al. (2002). Study of MTHFR and MS polymorphisms as risk factors for NTD in the Italian population. J. Hum. Genet., 47(6), 319–324. https://doi.org/10.1007/s100380200043
Fekih Mrissa N., Mrad M., Klai S. et al. (2013). Association of methylenetetrahydrofolate reductase A1298C polymorphism but not of C677T with multiple sclerosis in Tunisian patients. Clin. Neurol. Neurosurg., 115(9), 1657–1660. https://doi.org/10.1016/j.clineuro.2013.02.025
Izadi S., Nikseresht A.R., Poursadeghfard M. et al. (2015). Prevalence and incidence of multiple sclerosis in Fars Province, Southern Iran. Iran J. Med. Sci., 40(5), 390–395.
Jonasdottir A., Thorlacius T., Fossdal R. et al. (2003). A whole genome association study in Icelandic multiple sclerosis patients with 4804 markers. J. Neuroimmunol., 143(1–2), 88–92. https://doi.org/10.1016/j.jneuroim.2003.08.018
Klotz L., Farkas M., Bian N. et al. (2010). The variant methylenetetrahydrofolate reductase c.1298A>A(p.E429A) is associated with multiple sclerosis in German case-control study. Neuroscience Lett., 468, 183–185. https://doi.org/10.1016/j.neulet.2009.10.057
Levin L.I., Munger K.L., Ruberstone M.V. et al. (2005). Temporal relationship between elevation of Epstein–Barr virus antibody titers and initial onset of neurological symptoms in multiple sclerosis. JAMA, 293(20). – P. 2496–2500. https://doi.org/10.1001/jama.293.20.2496
Naghibalhossaini F., Ehyakonandeh H., Nikseresht A., Kamali E. (2015). Association between MTHFR genetic variants and multiple sclerosis in a Southern Iranian Population. Int. J. Mol. Cell Med., 4(2), 87–93.
Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої її публікації на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License 4.0 International (CC BY 4.0), яка дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи.
