In silico аналіз потенційних гем-зв'язувальних сайтів у протеїнових комплексах, що містять repulsive guidance molecule BMP co-receptor B (RGMB) людини

Анотація

BMP сигналінг і рівень гему задіяні у регуляції метаболізму заліза, розвитку оксидативного стресу і запалення. Накопичення вільного гему внаслідок деструкції гемопротеїнів веде до пошкоджень клітин та/або модуляції сигналінгу. Передбачення потенційних гем-зв'язувальних сайтів у протеїнових комплексах, що містять repulsive guidance molecule BMP co-receptor B (RGMB), було проведено за допомогою онлайн програм PatchDock і HemeBIND з використанням даних щодо структури RGMB комплексів з неогеніном (PDB ID 4bq6) та/або BMP2 (PDB ID 4uhz і 4ui2). Молекулярний докінг виявив, що природний тетрамерний комплекс неогеніну та його корецептору RGMB надає декілька сайтів для зв'язування гему поруч з ділянками контакту ланцюгів, в той час як взаємодія гему з мономерними компонентами менш вірогідна. Тільки окремі передбачені сайти містили амінокислоти, здатні формувати стабільні зв’язки з гемом (His, Cys або Tyr), але неспецифічне приєднання гему до декількох ланцюгів комплексу одночасно могло б спричинити короткочасний конформаційний ефект. Беручи до уваги прозапальну дію BMP сигналінгу на ендотелій, зв’язування гему з BMP рецепторним комплексом може обговорюватись як неспецифічний механізм судинного патогенезу при накопиченні гему внаслідок стресу.