Вивчення впливу розміру ліпідного домену на тривалість його життя: дослідження динаміки дисипативної частинки
Анотація
У цьому дослідженні використана дисипативна динаміка частинок (DPD), мезоскопічна техніка моделювання, для дослідження динаміки ліпідних доменів при температурі, близькій до критичної. Наша спеціальна увага була зосереджена на дослідженні впливу розміру ліпідного домену на його тривалість життя, що імітує поведінку ліпідних плотів у клітинних мембранах. Ліпідні мембрани, використані в цьому дослідженні, складалися з насичених і ненасичених ліпідів, які були занурені у воду. Завдяки моделюванню цих мембран, близьких до їх критичної температури, ми успішно створили флуктуаційні домени, які імітують ліпідні плоти, що спостерігаються в клітинних системах. Ми запропонували метод визначення тривалості життя флуктууючих доменів шляхом аналізу розмірів ліпідних доменів через певні проміжки часу. Дослідження виявили лінійну кореляцію між початковим розміром ліпідного домену та часом його життя. Результати дослідження дають зрозуміти основні механізми, які керують ліпідними плотами, і їх життєво важливу роль у різних клітинних процесах.
Завантаження
Посилання
L.J. Pike, Journal of lipid research 47(7), 1597 (2006). https://doi.org/10.1194/jlr.E600002-JLR200
D. Lingwood, and K. Simons, Science, 327(5961), 46 (2010). https://doi.org/10.1126/science.1174621
I. Levental, K.R. Levental, and F.A. Heberle, Trends in cell biology, 30(5), 341 (2020). https://doi.org/10.1016/j.tcb.2020.01.009
K. Simons, and E. Ikonen, Nature, 387(6633), 569 (1997). https://doi.org/10.1038/42408
K. Simons, and D. Toomre, Nature reviews Molecular cell biology, 1(1), 31 (2000). http://dx.doi.org/10.1038/35036052
M. Sorice, R. Misasi, G. Riitano, V. Manganelli, S. Martellucci, A. Longo, T. Garofalo, and V. Mattei, Frontiers in Cell and Developmental Biology, 8, 618296 (2021). https://doi.org/10.3389/fcell.2020.618296
F. Mollinedo, and C. Gajate, Journal of lipid research, 61(5), 611 (2020). https://doi.org/10.1194/jlr.tr119000439
S.L. Veatch, and S.L. Keller, Biophysical journal, 85(5), 3074 (2003). https://doi.org/10.1016%2FS0006-3495(03)74726-2
S.L. Veatch, P. Cicuta, P. Sengupta, A. Honerkamp-Smith, D. Holowka and B. Baird, ACS chemical biology, 3(5), 287 (2008). https://doi.org/10.1021/cb800012x
W. K. Subczynski, and A. Kusumi, Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes 1610(2), 231 (2003). https://doi.org/10.1016/S0005-2736(03)00021-X
R. Brewster, P.A. Pincus, and S.A. Safran, Biophysical journal, 97(4), 1087 (2009). https://doi.org/10.1016%2Fj.bpj.2009.05.051
K. Sornbundit, Journal of the Korean Physical Society, 73, 1899 (2018). https://doi.org/10.3938/jkps.73.1899
B. Palmieri, and S. A. Safran, Physical Review E, 88(3), 032708 (2013). https://doi.org/10.1103/PhysRevE.88.032708
K. Sornbundit, Journal of the Korean Physical Society, 76, 860 (2020). https://doi.org/10.3938/jkps.76.860
S. Yamamoto, Y. Maruyama, and S.-A. Hyodo, The Journal of chemical physics, 116(13), 5842 (2002). https://doi.org/10.1063/1.1456031
M. Laradji, and P.S. Kumar, The Journal of chemical physics, 123(22), 224902 (2005). https://doi.org/10.1063/1.2102894
M. Laradji, and P.S. Kumar, Physical review letters, 93(19), 198105 (2004). https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.93.198105
P. Espanol, and P. Warren, Europhysics letters, 30(4), 191 (1995). https://doi.org/10.1209/0295-5075/30/4/001
P. Nikunen, M. Karttunen, and I. Vattulainen, Computer physics communications, 153(3), 407 (2003). https://doi.org/10.1016/S0010-4655(03)00202-9
G. Besold, I. Vattulainen, M. Karttunen, and J.M. Polson, Physical Review E, 62(6), R7611 (2000). https://doi.org/10.1103/PhysRevE.62.R7611
J.G. Amar, F.E. Sullivan, and R.D. Mountain, Physical Review B, 37(1), 196 (1988). https://doi.org/10.1103/PhysRevB.37.196
R.F. de Almeida, L.M. Loura, A. Fedorov and M. Prieto, Journal of molecular biology, 346(4), 1109 (2005). https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.12.026
Авторське право (c) 2023 Кан Сорнбундіт
Цю роботу ліцензовано за Міжнародня ліцензія Creative Commons Attribution 4.0.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
