Взаємодія 6-азацітідіна з молекулами ДНК
Ключові слова:
ДНК, 6-азацітідін, спектрофотометрія, чисельні методи розрахунку параметрів зв'язування в системі ліганд- ДНКАнотація
У роботі за допомогою методу спектрофотометрії у видимій і УФ областях і чисельних методів розрахунку параметрів зв'язування досліджено взаємодію біологічно активного нуклеозіду 6-азацітідіна (6AZC) з молекулами ДНК з різними структурними змінами. Розглянуто суміші 6AZC-ДНК і 6AZC - ДНК - бромистий етидій (ЕБ). Для кожної розглянутої моделі взаємодії оптимальні величини n, К і ε комплексів, що утворюються при зв'язуванні 6AZC з ДНК розраховувалися в програмах оптимізації DALS, COMP і DALSMOD. Показано, що 6AZC не зв'язується з повністю денатурірованою ДНК. При цьому взаємодіє з нативною ДНК (К = 5 × 102 М-1), частково денатурірованою ДНК (К = 2 × 103 М-1) і ДНК в комплексі з ЕБ (К = 1,3 × 104 М-1). Найбільша константа зв'язування 6AZC з ДНК отримана для суміші 6AZC -ДНК - ЕБ. Показано, що не тільки 6AZC впливає на зв'язування ЕБ з ДНК, але існує і зворотний ефект - в присутності ЕБ 6AZC зв'язується з нативною ДНК з більшою константою. Найкращим поясненням такої поведінки при зв'язуванні 6AZC з ДНК може виявитися те, що вторинна структура ДНК була змінена в наслідок інтеркаляції ЕБ. Стехіометрія зв'язування нуклеозіда залишається постійною для всіх систем 6AZC з ДНК (n = 1), тобто ЕБ не конкурує безпосередньо за місця зв'язування з 6AZC, а зростання константи комплексоутворення говорить тільки про те, що зміни структури матриці дозволяють молекулі 6AZC збільшити активність зв'язування з ДНК. Мабуть, збільшення зв'язування 6AZC з модельними зразками ДНК також сталося через порушення її нативної вторинної структури, але такі зміни менш вигідні з точки зору можливості вбудовування нуклеозіда.
Завантажити
Завантаження
Номер
Розділ
Ліцензія
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
