Розрахунок зміни конфігураційної ентропії при зв'язуванні ліганду у малу канавку ДНК

Автор(и)

  • V. V. Kostjukov Севастопольський національний технічний університет image/svg+xml Автор
  • M. P. Evstigneev Севастопольський національний технічний університет image/svg+xml Автор

Ключові слова:

мала канавка, ступені свободи, внутрішнє обертання, конфігураційна ентропія

Анотація

Методами молекулярного моделювання проведено обчислення енергетичних еквівалентів зміни
трансляційних, ротаційних, вібраційних ступенів свободи і внутрішнього обертання (ротамерії) 10
лігандів при комплексоутворенні з малою канавкою двоспіральної ДНК. Показано, що втрата поступальних, обертальних і високочастотних коливальних (коливання хімічних зв'язків) ступенів
свободи є енергетично істотно невигідною. У той же час, низькочастотні залишкові коливання у
комплексі значно стабілізують його. Внесок конформаційної ентропії, зумовленої ротамерією, є
незначним і не перевищує 2 ккал/моль.

Завантажити

Дані для завантаження поки недоступні.

Біографії авторів

  • автор V. V. Kostjukov, афіліація Севастопольський національний технічний університет

    вул. Університетська, 33, Севастополь, 99053, Україна

  • автор M. P. Evstigneev, афіліація Севастопольський національний технічний університет

    вул. Університетська, 33, Севастополь, 99053, Україна

Завантаження

Номер

Том 2 № 25 (2010): Біофізичний вісник

Розділ

Молекулярна біофізика

Ліцензія

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  3. Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).

Як цитувати

Розрахунок зміни конфігураційної ентропії при зв’язуванні ліганду у малу канавку ДНК. (2015). Біофізичний вісник, 2(25). https://periodicals.karazin.ua/biophysvisnyk/article/view/2719

Статті цього автора (цих авторів), які найбільше читають