Спосіб моделювання просторової структури білку за нуклеотидною послідовністю, що його детермінує
Ключові слова:
персональний структурний шаблон білку, генетичний код просторової структури білку, конфігурація пептидного зв’язку, α-суб’єдиниця гемоглобіну, основний актин, αактин 1Анотація
Розроблено новий спосіб моделювання просторової структури білку за нуклеотидною послідовністю, що його детермінує. Вводиться поняття конфігурації пептидного зв’язку в якості основного елементу просторової структури білку, що закодований у геномі разом з амінокислотами. Представлена таблиця генетичного коду просторової структури білку, використання якої надає можливість побудувати структурний шаблон білку, а також декодувати наявність і розташування фрагментів його вторинної структури. Суттєвою перевагою метода є та обставина, що можна побудувати структурний шаблон індивідуально для будь-якого невідомого білку лише «прочитавши» нуклеотидну послідовність, яка його детермінує. Порівняльний аналіз схем вторинної структури, що були декодовані за нуклеотидними послідовностями, та схем з Protein Data Bank,які були побудовані на основі експериментальних даних спектроскопії ядерного магнітного резонансу і рентгено-структурного аналізу, для α-суб’єдиниці гемоглобіну, основного актину і α-актину 1 засвідчив більшу чутливість (до 1 амінокислотного залишка), точність (100%), однозначність (індивідуальний структурний шаблон) і простоту способу моделювання, який запропоновано у наявній роботі.
Завантажити
Завантаження
Номер
Розділ
Ліцензія
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
