Молекулярні механізми релаксації структурної деформації ДНК типу «кінк»
Ключові слова:
ДНК, структурні деформації, кінк, механізми релаксації, молекулярна динаміка, час релаксаціїАнотація
Для вивчення механізму релаксації згинальної деформації ДНК типу Кінк (злам) було проведено моделювання молекулярної динаміки та порівняльний аналіз структури ДНК з комплексу з пуріновим репрессором і структури вільної В-ДНК. У роботі розглядалася тимчасова еволюція як параметрів, що описують структуру ДНК на рівні дінуклеотідного контакту, так і параметрів, які описують структуру дуплексу ДНК в цілому. Показано, що релаксація Кінка дімерного контакту відбувається стрибкоподібно на початкових стадіях динаміки. У той же час, така релаксація Кінка супроводжується перерозподілом вигину між декількома сусідніми контактами і дуплекс в цілому залишається зігнутим. Повна релаксація дуплексу відбувається плавно і займає значно більший часовий інтервал. Таким чином, отримані результати дозволяють зробити висновок про наявність різних рівней структурної релаксації дуплексу ДНК, які характеризуються різними часовими шкалами.
Завантажити
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
