Теоретичний аналіз амілоїдогенного потенціалу лізоциму, цитохрому С та аполіпопротеїну А-І
DOI:
https://doi.org/10.26565/2075-3810-2016-36-01Ключові слова:
амілоїдні фібрили, агрегаційний потенціал, комп’ютерне моделювання, лізоцим, цитохром с, аполіпопротеїн А-ІАнотація
З використанням 8 веб-алгоритмів, що включали Pasta2, AmylPred2, Tango, MetAmyl, Waltz, Aggrescan, BetaScan та FoldAmyloid, було проведено теоретичний аналіз амінокислотних послідовностей лізоциму, цитохрому с та N-термінального фрагменту аполіпопротеїну А-І та ідентифіковано їх амілоїдогенні фрагменти. Фрагмент вважався амілоїдогенним, якщо він був ідентифікований щонайменше чотирма алгоритмами. Порівняльний аналіз амілоїдогенних фрагментів нативного та мутантного білків, проведений з використанням різних методів прогнозування, виявив, що усі мутанти характеризуються тими ж амілоїдогенними ділянками, що й нативний білок, однак для мутантних білків агрегаційний потенціал кожної ділянки вище. Показано, що агрегаційні сегменти усіх білків характеризуються збагаченістю гідрофобними аліфатичними (Ile, Val, Leu, Ala) та ароматичними (Trp, Phe, Tyr) амінокислотними залишками. Висловлено припущення щодо ключової ролі гідрофобних взаємодій у процесі агрегації білків.
Завантажити
Завантаження
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
